只有神明才能打敗神明，只有使徒才能打敗使徒。
E計劃，便是打造屬於人類的使徒。
靠著從南極獲得的亞當生物樣本，克隆複製，製造出了終極泛用人型決戰兵器EVANGELION零號機；在黑之月裡發現了莉莉絲之後，以莉莉絲的身體為素材，打造了EVA初號機。
製造的問題解決了，那麼駕駛操作的問題就擺在了面前，從黃金黎明這裡他們並沒有得到相應的技術。
而在明確了有靈魂的存在之後，人工進化研究所提出了兩種辦法。
人工製造的使徒，是沒有靈魂的存在，那麼，把人類的靈魂寄宿在這具空虛的軀體當中，再讓駕駛員搭乘EVA，兩個靈魂同步，就可以成功地駕駛EVA了。
而在這入駐EVA的靈魂與駕駛員的關係，最好是雙胞胎，同卵雙胞胎，並且是那種極具天賦，存在著心靈感應的雙胞胎，能夠模糊或清晰地感受到對方的存在，某種程度上能夠達到思維的同步。
有人說，這種雙胞胎在靈魂上是同一個人，而這靈魂上的關係，使得駕駛員可以靠著雙生子之間的關係掌握EVA。
這一方案代號為幽冥騎士計劃。
另外一個方案，是以母親的魂進入EVA當中，讓其子女成為駕駛員。
提出來這個方案的碇唯，沒有讓別人犧牲，而是選擇犧牲自己，把自己靈魂融入了初號機當中，把自己的生命賭在了人類的未來當中。
碇唯是瞭解人類補完計劃的，建設EVA用來抵抗使徒她是同意的，但是反對人類合而為一，她這樣做，是必要的犧牲。
失去了靈魂，碇唯的身體無法維持，溶解成了LCL液體。
而親眼目睹這一切的碇真嗣，無法承受這一切，精神世界都快崩潰了，留下了巨大的心理陰影，變得自閉起來。
不過，作為預定的EVA初號機駕駛員，碇唯這樣做也是一種必要的選擇。
駕駛員的心理問題越嚴重，心之壁壘就越厚，展開的AT力場也就越強大。
而在幾乎是差不多的時間，在德意志那邊，EVA的二號機實驗中也出現了類似的情況，只不過參與實驗的人員只是一半的靈魂融入了二號機當中，但這也導致對方發了瘋——而那個人員的女兒，便是預定的二號機駕駛員惣流·明日香·蘭格雷。
袁大古知道這一點，卻是來自黃金黎明的訊息，在實驗事故之後，對方的機構便聯絡上了黃金黎明，希望得到黃金黎明的幫助——畢竟有大腦植入晶片的前例在，補全大腦機能，讓該人員恢復正常，成為了一個重要的猜想。
不過，靈魂方面的問題，和大腦損傷是兩碼事，黃金黎明這邊終究是無計可施。
而在碇唯消失之後，碇真嗣就被他的父親碇源堂送到了親戚家，而SEELE準備趁機對碇真嗣施加影響，讓這個問題兒童變得更加自閉，從而操控著他，走上人類補完計劃的道路。
再然後碇真嗣就落到了黃金黎明的手中，被送到了袁大古這裡。
至於碇源堂這個人，他也是一個妙人，對於碇真嗣這個親生兒子，他的感情並非是愛而是嫉妒，嫉妒這個兒子分走了碇唯的愛。
為什麼婆媳關係緊張，那就是當婆婆的嫉妒媳婦分走了她的兒子。
總之所有的謀算和壓力，最後都彙總在了碇真嗣身上。
大人犯的錯，反倒讓小孩子來承擔後果。
袁大古揉了揉碇真嗣的腦袋，像是揉著寵物狗的頭一樣，說到：“以後，你就在這裡住下吧，如果不嫌棄的話，認我做一個義父，我給你改個名字，我姓袁，你也就姓圓，叫做圓翼吧，袁大古的兒子叫做圓翼很正常。”
“為什麼？”碇真嗣終於開口了。
“因為你的名字是我給取的。”袁大古說到：“因為你媽媽想讓你去拯救世界，有人想要利用你來摧毀這個世界，這兩件事我都不想讓你做，只是讓你健康地長大就行，過上平凡而安穩的生活。”
”。你養收我那，你要不爸爸你，的說麼什有還我，了字名取子孩的給我請邀都是但，的話句幾有只間之們我，悉太是不並媽媽的你和我然雖“
。度態的何任示表不，言一發不嗣真碇，話的古大袁著聽
。著拉古大袁被是則，箱李行的他於屬個那，上背他讓包書的旁一起拿，嗣真碇拍了拍古大袁”。排安要需邊那校學有還，西東的用居家些一買去再，飯吃去你帶先我，吧走“
。來起了行都部全，人路的調空蹭裡這在，員人作工的掃打是論無，表了換都人有所的堂大店旅，後之館旅個這開離人個兩
。員人保安是們他，然顯很
。裡這在古大袁為因是則，半小一外另，的在存而所究研化淨水海為因是員人半大一，上鎮小個這在
。的子孩小應適種那是都，餐兒的來出究研廳餐家這以所，的樣一不是人大和慣習食飲和蕾味的兒，餐套兒份一了點嗣真碇給也，餐套份一了點己自給古大袁，廳餐家一了到找，店旅了開離嗣真碇著領古大袁
。了是確的，裡這了到帶路一被他，著吃地嚥慢嚼細嗣真碇，頭著低
。聲吭不頭著低是終始年的閉自個這是但，意主拿嗣真碇讓古大袁，候時的西東擇選，需所常日的類之等等罩被單床、睡的子孩小買購，購採去嗣真碇著帶是就後然再
。擇選的己自出做有沒是也嗣真碇是但，住的歡喜個一選裡間房的著空在他讓，子房的住古大袁了到帶是怕哪
。別差有沒並實其，養收裡這古大袁被和，養寄家戚親到送親父被，說來嗣真碇於對
。的要需被不，的棄拋人被是他
”。嗣真碇我，字名個這要想不我，的麼什翼圓“：到說才嗣真碇，字名的翼圓個一取嗣真碇給要地笑玩開古大袁，候時的訊資人個記登在，事的學園兒了好排安等
”？嗎行不二神做寫“
。到說地決堅常非候時個這嗣真碇”。行不“
。了鬧熱就邊那ELEES而，活生的嗣真碇著排安邊這古大袁
。好是何如可這，品祭的要重了去失劃計完補類人的們他，了蹤失員駛駕機號初AVE的定預
