第二次衝擊不僅是一場生態大滅絕的天災，也是一聲戰爭的號角。
在四十億年前沉睡的使徒們，正在陸陸續續地醒來，但因為它們那龐大而悠久的生命力，起床的過程註定是很漫長的。
而甦醒之後的使徒們會靠近亞當，將自己的生命本質迴歸亞當，從而引發第三次衝擊，那樣的話，所產生的影響是會波及整個地球的，地球上所有的生命形式都會被抹去。
為了阻止這一切，才有了E計劃的出現。
雖然沒有了初號機的駕駛員並不代表SEELE無計可施了，作為實驗機型的零號機，還有真正意義上的定型款二號機的存在，都是可以投入實戰的，他們相信，憑藉自己所掌握的力量是可以把那些使徒全部打敗掉的。
因為戰場是他們選定的，在發現黑之月的土地上，他們改組了人工進化研究所，將其重新明明為NERV，意為神經元，並賦予了NERV極大的許可權，可以獲得基地所在地區行政與司法權，可以調動核武器之外的一切軍事裝置與人員。
修建了要塞都市第三新東京市，用以迎戰使徒。
而能夠確保使徒到來的原因，便是那第二使徒莉莉絲了。
使徒是毫無智慧的生物，人類靠著莉莉絲欺騙了它們，讓使徒們誤以為那裡其實是第一使徒亞當。
可是，SEELE的目的不是什麼阻止第三次衝擊保護人類，而是執行人類補完計劃，無數對這個計劃一無所知的人以為自己肩負著偉大的使命，為其辛勤工作，殊不知，自己卻是為毀滅人類種族的陰謀家而效勞，所有的努力都是在把人類推往毀滅的邊緣。
而現在，意外出現了，最關鍵的那個道具消失了。
不過，對於SEELE來說，這並不是一件值得困擾的事情，因為他們掌握著克隆技術，黃金黎明可以說是世界上克隆技術最先進的組織了，而內部人員的調動，使得SEELE同樣也掌握著克隆技術。
只不過，黃金黎明內部恪守著一個教條，那就是絕對不允許克隆人類。
但是對於與SEELE來說，就不一樣了，他們毫無底線可言，其他人對於他們來說是愚昧的存在，是可以被使用的工具，僅此而已。
雖然失去了碇真嗣，但是，他們完全可以靠著克隆技術來複製出許許多多的碇真嗣。
碇真嗣的出生都是在SEELE的掌控之下的，獲得他的臍帶血不要太容易，並且，克隆人就不在是人類，而是流水線上製造的產品，他們可以絲毫不用顧忌地培養克隆體碇真嗣，把他打造成最為趁手的工具。
這種非自然誕生的克隆人，再加上人工藥物催熟，必然會帶來很嚴重的心理問題，
而這一切，碇源堂一無所知，他還以為自己的兒子被送到了親戚家裡，得到了妥善的安置。
在袁大古這邊，那頭超古代生物的培育也到了最後階段。
大劑量的麻醉劑使得它一直保持著沉睡的狀態，黃金黎明的工作人員乘坐著潛航機械，一點點地對其進行機械化改造，在大腦內植入控制晶片，在全身鋪設超導線材的神經控制網路，在體表覆蓋偽裝用的裝甲，散熱系統等等。
僅僅是外部裝甲，哪怕是採用了輕型材料，也用掉了上百噸的素材。
等到它完工以後，袁大古邀請了黃金黎明的加盟成員，一同到那位於北太平洋地區的秘密基地進行參觀，以此來獲得各地區的注資與許可權開放。
畢竟，黃金黎明做事講究一個光明正大，而不是像SEELE那樣，在暗中玩弄權術，操控著傀儡完成他們的目的——對於NERV的存在，很多地區都表示了不滿。
沒有人想要自己頭頂上有個太上皇，對方隨時可以從自己手中奪走權力，調動己方的資源，雖然那是在緊急事態之下，但什麼是緊急事態呢？
雖然對外宣傳中，第二次衝擊是由隕石撞擊地球所引起的，但是有渠道的人都能知道，那絕對不會是隕石所能造成的動靜。
在加入了黃金黎明之後，一些被隱匿起來的情報，也在內部進行了小範圍的公開。
包括衛星對於南極地區的監控，那能量讀數，絕對不會是隕石所能造成的。
誰家隕石能夠把海洋生物給滅絕了的。
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