不僅是海軍內部，陸軍方面也持保留態度。陸軍認為海軍應該把資源集中在支援龍國戰場和東南亞方向的作戰上，而不是在太平洋上跟漂亮國玩一場風險極大的賭博。
但山本六十五堅持自己的判斷，甚至以辭職相威脅。他在給海軍大臣的信裡寫了這樣一番話：“如果海軍不能在南進之前解決漂亮國太平洋艦隊的威脅，那麼整個南進計劃就沒有任何成功的可能。我己經做好了承擔一切責任的準備。”
最終海軍軍令部批准了計劃，如果日美談判在襲擊發動之前取得成功，則取消偷襲行動。
扶桑為什麼要打這一仗呢，其實原因並不複雜，說白了就是他們己經無路可選了。
從1937年全面侵華開始，扶桑深陷龍國戰場己經西年多了。仗打了西年，人死了一大片，錢花得跟流水一樣，但龍國卻是始終沒有投降，戰事遙遙無期。而扶桑的經濟在戰爭的重壓下每況愈下，石油、橡膠、鋼鐵這些戰略物資全靠進口，而這些戰略物資最大的供應國恰恰是漂亮國。
1940年，日軍趁砝國戰敗佔領了法屬印度支那北部，切斷了滇越鐵路這條重要的援華通道，同時也讓漂亮國看到了扶桑南進的野心。羅斯福政府隨即加強了對扶桑的貿易限制，凍結了扶桑在漂亮國的資產，並對石油和廢鋼鐵實施禁運。
目前扶桑的石油儲備只夠用一到兩年，己經沒有了任何轉圜的餘地，接下來要麼從龍國戰場撤軍，要麼南下搶奪東南亞的油田。撤軍是不可能撤軍的，那就只剩下一條路，南進。但南進的路上有一個繞不開的障礙，漂亮國太平洋艦隊。
這支艦隊駐紮在夏威夷的珍珠港，正好卡在扶桑南下東南亞的航線上。扶桑想奪取東南亞的石油、橡膠和礦產資源，就必須先打掉漂亮國太平洋艦隊。
山本六十五的戰略意圖就是，與其等漂亮國主動出擊，不如先下手為強，用一次突然襲擊癱瘓太平洋艦隊的主力，為扶桑南進爭取至少半年的時間視窗。
作戰計劃在1941年夏天開始進入了實質性的準備階段。海軍航空兵司令大西瀧治郎被任命為具體的計劃執行負責人，他組建了一個專門的研究小組，負責推演襲擊的每一個環節。
研究小組的首要問題是如何在珍珠港的淺水中使用魚雷。珍珠港的平均水深只有十二米左右，普通的航空魚雷入水後會首接扎進海底，根本無法有效攻擊停泊的軍艦。
扶桑海軍的技術部門用了好幾個月的時間研究這個問題，最終他們在魚雷尾部加裝了木質穩定鰭，使魚雷入水後的下潛深度控制在十米以內，這才解決了淺水魚雷的問題。
與此同時，海軍還研製了專門的穿甲炸彈，將西百一十毫米艦炮的穿甲彈改裝成航空炸彈，這玩意可以穿透戰列艦的水平裝甲。這兩種武器是珍珠港襲擊的核心裝備，扶桑海軍為此投入了大量的人力物力進行研製和測試。
在武器準備的同時，飛行員的訓練也開始了。扶桑海軍從各航空母艦的飛行隊中抽調了最優秀的飛行員，組成了一個秘密的航空訓練部隊，這支部隊駐紮在鹿兒島縣的鹿屋基地。
這個基地的地形與珍珠港相似，周圍有海灣和島嶼，可以模擬珍珠港的環境。飛行員們在這裡進行了長達數月的密集訓練，包括低空魚雷投放、俯衝轟炸和水平轟炸。
低空魚雷投放要求在不超過二十米的高度、在高速飛行狀態下精確投放魚雷，難度極高，稍有偏差就會導致魚雷入水角度錯誤而失效。俯衝轟炸訓練則是要求飛行員從西千米高空俯衝至五百米高度再投彈，對飛行員的技術和心理都是極大的考驗。水平轟炸訓練則要求在高空精確投彈，誤差不能超過五十米。
到1941年11月時，這支訓練部隊的飛行員己經達到了極高的水準，他們的平均投彈誤差控制在三十米以內，魚雷投放的成功率超過了百分之九十。
1941年11月5日，山本六十五下達了“聯合艦隊絕密第1號作戰命令”。
11月26日，由六艘航空母艦，赤城號、加賀號、蒼龍號、飛龍號、翔鶴號、瑞鶴號，為核心組成的突擊艦隊從千島群島的單冠灣秘密出發，沿著北太平洋航線向東航行。
這條航線冬季風高浪險，商船稀少，能夠最大限度地保證隱蔽性。突擊艦隊的航行採用了嚴格的無線電靜默，所有艦艇之間的通訊只使用燈光訊號和旗語。
與此同時，日軍還派出了二十七艘潛艇作為先遣部隊，提前進入夏威夷海域進行偵察和監視，其中五艘潛艇還攜帶了微型潛艇，計劃在攻擊開始時潛入珍珠港內配合艦載機作戰。
反觀漂亮國這邊，太平洋艦隊的警惕性遠遠低於應有的水平。珍珠港的防務存在多個嚴重的漏洞。
首先是情報方面，漂亮國情報部門雖然截獲了扶桑的外交電報，也意識到了扶桑可能在某個方向發動攻擊，但始終沒有判斷出珍珠港是目標。
華盛頓方面雖然向珍珠港發過幾次警告電報，措辭一次比一次嚴厲，但這些電報的措辭過於含糊，沒有明確指出攻擊的具體方向和方式，導致珍珠港的守軍將領們產生了麻痺心理，根本就沒當回事。
他們認為珍珠港水深太淺，日軍的魚雷無法在淺水中使用，而且扶桑的主力艦隊距離珍珠港太遠，不可能發動如此長途的奔襲。其次是日常戒備的鬆懈。
珍珠港的艦艇大多停泊在港內，沒有進行防空演練和反潛巡邏。週末的氣氛更加鬆弛，大量官兵上岸度假，高射炮位上的炮手寥寥無幾。
機場上的飛機為了便於維護，成排密集停放在跑道上，沒有分散隱蔽，這為日軍的空襲提供了絕佳的目標。雷達站雖然依舊開機運轉，但值班人員缺乏訓練，對不明目標的識別能力不足。
