從此以後，他的船隊，從百餘艘暴漲到千餘艘，部眾從數千人擴充到三萬餘人，控制了從福建、浙江到臺灣、日本、東南亞的所有航道。他設立“五商”體系：山路金、木、水、火、土五行，總部在杭州，負責採購大陸生絲、瓷器、茶葉；海路仁、義、禮、智、信五行，總部在廈門，負責販運海外貨物。
上到京師權貴，下到市井小民，都跟鄭氏有生意往來；日本、荷蘭、葡萄牙、西班牙商人，想跟中國做生意，必須先過鄭一官這一關，交保護費，籤貿易協定，否則船貨兩空。
時人記載：“凡海舶不得鄭氏旗號，不能行，商賈有二十倍之利，芝龍盡以海利交通朝貴，歲入千萬計，富可敵國。”
一官在福建安平修築城堡，城牆高聳，炮臺林立，海船可以首接開進府內碼頭，家中金銀堆積如山，姬妾成群，僕從如雲，比明朝藩王還要風光。他徹底擺脫了窮小子的身份，成了東海之上，說一不二的“海上皇帝”。
但他很清醒：海盜做不大，做大必招安。在封建王朝，民間勢力再強，終究是“賊”，只有披上官方外衣，才能名正言順掌控海權，長久立足。
他一邊跟明朝官府打游擊，打敗了福建水師，卻不趕盡殺絕；一邊派人暗中接觸福建巡撫熊文燦，表達歸順之意：“我鄭一官不想反明，只想為朝廷守海疆，剿海盜，護商船。”
崇禎元年（1628），大明內憂外患，李自成、張獻忠起義席捲北方，遼東清軍壓境，朝廷無力剿滅鄭氏，只能順水推舟，招撫鄭芝龍，封他為五虎游擊將軍，負責福建海防，剿滅海盜。
鄭芝龍從“海上巨寇”，搖身一變成了“朝廷命官”，黑白兩道通吃，官商一體，勢力更上一層樓。
招安當天，部下有人不解：“大哥，咱們當海上皇帝不好嗎？為啥要給明朝當奴才？”
鄭芝龍哈哈大笑，拍著部下的肩膀：“你們懂個屁！當賊，遲早被滅；當官，名正言順！用朝廷的旗號，賺咱們的銀子，守咱們的海疆，這叫借殼上市，空手套白狼！”
眾人恍然大悟，紛紛豎起大拇指：“大哥高明！”
鄭芝龍受撫後，最大的對手，不是海盜，而是荷蘭東印度公司。
荷蘭人號稱“海上馬車伕”，船堅炮利，野心勃勃，佔據臺灣大員，妄圖壟斷東亞貿易，逼迫明朝開埠通商，多次劫掠鄭氏商船，襲擊福建沿海，挑釁不斷。
此前，鄭芝龍為了生意，跟荷蘭人虛與委蛇，當翻譯、做代理，忍氣吞聲。如今成了朝廷命官，手握重兵，再也不用慣著這幫番鬼。
崇禎六年（1633），荷蘭駐臺司令官普特曼斯，率領九艘戰艦，聯合海盜劉香五十艘帆船，突襲廈門，燒燬鄭氏戰船二十餘艘，氣焰囂張至極。
訊息傳到安平，鄭芝龍拍案而起，怒髮衝冠：“紅夷欺人太甚！真當我鄭氏無人？”
他立刻集結水師，湊齊一百五十艘戰船，其中五十艘巨型三桅炮船，載紅夷大炮八門、佛郎機炮西十門，水兵萬餘人，發出檄文：“誓滅紅夷，收復海疆，有進無退，退者斬！”
十月二十二日，金門料羅灣，決定東亞海權的決戰，正式打響。
荷蘭戰艦船堅炮利，火炮射程遠，威力大，佔據上風；鄭氏戰船數量多，水手勇猛，熟悉海況，擅長近戰。
鄭芝龍站在旗艦船頭，手持令旗，大喊一聲：“兄弟們，咱們不跟番鬼比炮遠，咱們跟他們玩狠的！火船出擊，鉤住就燒，登船白刃戰！”
幾十艘火船，滿載柴草油脂，順著風勢，像火龍一樣衝向荷蘭戰艦。鄭氏水兵揮舞鐵鉤，鉤住荷蘭船尾，點火焚燒，火借風勢，瞬間吞噬荷蘭戰艦。水兵們跳上敵船，揮刀砍殺，喊殺聲、爆炸聲、火燒聲震徹海灣。
荷蘭人從未見過如此不要命的打法，嚇得魂飛魄散，戰艦一艘被擊沉，一艘被俘獲，其餘七艘狼狽逃竄，海盜劉香見勢不妙，臨陣脫逃。
料羅灣大捷，鄭氏水師大獲全勝，殲滅荷蘭精銳，俘獲百餘名荷蘭士兵，繳獲大量火炮、物資，威震東亞。
這是我國海軍史上，第一次大規模擊敗歐洲殖民艦隊，打破了荷蘭人壟斷東亞貿易的美夢，打出了中國海上的尊嚴。
捷報傳到北京，崇禎帝龍顏大悅，下旨嘉獎，升鄭芝龍為福建總兵官，署都督同知，執掌東南海防大權。
鄭芝龍站在料羅灣海灘，望著遠去的荷蘭戰船，哈哈大笑：“從今天起，東亞之海，由我鄭氏說了算！番鬼再敢來犯，來一艘，沉一艘，來十艘，沉十艘！”
經此一戰，鄭芝龍徹底掌控東海、南海制海權，荷蘭人再也不敢隨意挑釁，只能乖乖跟鄭氏簽訂貿易協定，繳納保護費；東南沿海海盜盡數被剿滅，海道清平，商船往來如梭，百姓安居樂業，時人稱“八閩以鄭氏為長城”。
他的生意，做到了極致：對日貿易佔日本長崎港總額的80%，東南亞貿易獨佔鰲頭，每年光保護費、舶稅、貿易利潤，就達千萬兩白銀，富可敵國，權勢滔天。
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