疫情造成了極其慘重的人口損失。
崇禎十六年（1643年），鼠疫傳入京城，造成“死亡日以萬計”、“十室九空”的慘狀。
保守估計京城死亡人數高達20餘萬，約佔全城人口的五分之一，甚至出現了整戶死絕、無人收屍的絕境。
整個華北地區因鼠疫死亡的人口至少在500萬以上。
鼠疫不僅摧毀了社會經濟秩序，更首接瓦解了明軍的防禦力量。
到了崇禎十七年（1644年），李自成大軍兵臨京城城下時，據說負責守城的明軍士兵大多己感染鼠疫，身體極度虛弱。
軍官們“鞭一人起，一人復臥如故”，完全喪失了戰鬥力，導致京城迅速土崩瓦解。
更為戲劇性的是，李自成的大軍在佔領北京後，也因感染鼠疫而失去了原有的戰鬥力。
當清軍（建奴八旗）入關時，深受鼠疫困擾的大順軍一觸即潰，最終導致李自成兵敗如山倒。
有學者認為，正是這場鼠疫在漢人和建奴之間的軍事博弈中幫了建奴的大忙，加速了歷史的更迭。
年代久遠，當時的歷史又被別有用心的人進行了篡改，真相己經無從查起。
可朱由檢深知，大災之後必然會有大疫，大戰之後必然會有傷亡，無論是疫病還是傷殘，要是沒有足夠的醫者醫治，必然會造成巨大的損失。
若不能提前補齊大明的醫療短板，提前防控瘟疫、有效治療軍隊傷兵，保全軍力，縱使整軍經武、整頓吏治，大明依舊難逃被瘟疫覆滅宿命。
朱由檢思慮再三，決意打破千年以來民間無正規醫院、軍中無專職醫政的舊格局。
他打算推行醫療革新，籌建大明皇家醫院體系。
他的設想分為軍隊戰地醫院與民用醫院兩大體系，雙線並行，重塑大明醫療根基。
不過他又開始頭疼了。
大明的保守勢力還是太過於強大，自己雖然己經有力量可以壓制一些，不過全國推行的話，一定會引來巨大的波折。
與其和那些老頑固鬥智鬥勇，不如先在自己能夠控制的領域內先進行試行，待到形成一定的規模，再向全國推廣必然事半功倍。
新政第一道旨意，他交給了御林衛董海川。
因為不管是御林暗衛還是新招收的二十餘萬新兵，都是以御林衛為骨架搭建的，他們基本上算作是系統兵的一部分。
他們絕對忠於朱由檢，政策推行起來比較順利。
朱由檢命令所有新式整編軍隊，必須常設專屬醫院，定編專職戰地醫生與醫護兵，納入軍隊正規編制，享受軍餉軍功待遇。
他親自劃定軍醫核心職責，摒棄傳統中醫偏重內服調理的固有模式，重點專攻戰場外傷救治、創口消炎、止血正骨、戰後創面養護等戰場急救實用醫術。
同時責令太醫院王經綸抽調精幹太醫，培訓軍中選拔醫生，整理戰場療傷偏方、驗方，編纂《戰地外傷醫典》，專門研究戰傷潰爛、炎症防控、破傷風防治等軍中剛需病症。
朱由檢對太醫院反覆叮囑：戰場廝殺，將士以命護國，朝廷便得以醫術護將士性命。
建立軍隊醫院，不為虛名，只為最大限度救治傷兵、保全軍力，減少將士無謂傷亡，降低軍隊傷殘比例。
除卻治療外傷之外，軍隊裡的其他病症也要強化治療，保證士兵身體康健，強化戰鬥力。
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