蕭承燁的聖旨如一塊投入湖面的巨石，在朝堂內外激盪起層層漣漪。“天下設堂”之策的最終確立，象徵著皇權對皇后林晚夕及其所倡導的蠱醫之道的最高背書，任何明面上的反對之聲都不得不暫時蟄伏。然而，政治的妥協並不意味著思想的統一，更不意味著學術分歧的消弭。當外部的壓力稍減，太醫院內部，那潛流暗湧多時的學術理念衝突，終於無可避免地浮上了水面，並迅速升溫，演變成一場公開而激烈的論戰。
這場爭論的根源，深植於兩種截然不同的醫學哲學體系。傳統醫學，源遠流長，講究陰陽平衡、五行生剋、四診八綱，用藥遣方注重君臣佐使，強調循序漸進，固本培元。其理論體系宏大而精微，歷經千百年實踐檢驗，早已深入人心，成為醫者奉行的圭臬。而蠱醫之道，雖亦古老，卻因長期被蒙上神秘、詭異甚至邪惡的面紗，其理論核心更偏向於“以奇制勝”、“以毒攻毒”、“以微瀾引動洪流”，利用蠱蟲、蠱植乃至更精微的“蠱”之概念（能量、資訊）來干預人體，手段往往直接、迅猛，甚至在某些傳統醫者看來，近乎“霸道”而“險峻”。
《淨雪蠱經》的頒行和蠱醫科的設立，像一股清新的、卻也帶著刺骨寒意的風，吹進了太醫院這座代表著帝國最高醫學權威的古老殿堂。起初，礙於帝后的權威以及北境戰事的輝煌成果，大多數傳統醫官選擇了沉默觀望，或僅限於私下議論。但隨著“天下設堂”的推進，尤其是蠱醫科開始接診更多來自宮外、病情千奇百怪的病例，並取得一些令人瞠目結舌的療效時，這種沉默被打破了。疑慮、不解、甚至是被挑戰權威的惱怒，開始在一些資深太醫心中滋生、蔓延。
爭論的導火索，是由一例來自隴右道的奇症患者點燃。
患者是一名年輕的採石匠，在一次山體小規模滑坡後被救出，表面僅有些許擦傷，但歸家後卻日漸萎靡，食慾不振，夜間驚悸盜汗，渾身肌肉不受控制地輕微震顫，且體溫異常，時高時低。當地郎中斷為“驚悸傷神，邪客少陽”，用了安神定志、和解少陽的方子，卻毫無起色，病人反而愈發虛弱。
病人被家人千里迢迢送入京城，經人引薦，最終輾轉來到了太醫院蠱醫科。
接診的是蠱醫科一位新晉的年輕醫官，名為秦夙，心思敏銳，對《淨雪蠱經》中關於“瘴蠱”、“石精之異”等篇目頗有鑽研。他仔細檢查了患者，尤其關注其瞳孔反應、舌苔細微色澤變化以及脈搏中一種幾不可察的、類似金石摩擦的奇異澀感。隨後，他動用了一種名為“引脈蠱”的微小蠱蟲——此蠱無色無味，能融入患者氣血，感知其體內異常的能量淤積點。
引脈蠱最終在患者肝經與膽經的交匯區域，反饋出一種極其微弱但異常尖銳的“金石煞氣”反應。秦夙結合患者職業與發病經歷，判斷其並非普通驚嚇或外感，而是在滑坡時，無意中吸入或經由皮膚滲入了深埋地底、蘊含特殊“金石之毒”的微塵。這種毒素極其微量，傳統診斷手段難以捕捉，卻如附骨之疽，緩慢侵蝕人體元氣與神經，故表現為種種怪誕症狀。
秦夙的方案，並非用藥石直接攻伐或補益，而是選用了一種名為“噬金蠱”的溫順蠱蟲。此蠱以微量金屬元素為食，對人體無害。他讓患者服下精心培育的噬金蠱幼蟲，輔以調和氣血的溫和湯藥。噬金蠱入體後，便會循著那“金石煞氣”而去，緩慢吞噬、分解那些異種微粒。同時，湯藥滋養患者虧虛的元氣，穩住根本。
治療過程持續了七日。前三天，患者症狀未見明顯改善，甚至因蠱蟲活動，偶爾感到被噬咬的輕微刺癢感。這引起了負責協同護理的一位傳統太醫學徒的擔憂，將情況彙報給了其師——專精傷寒雜病、素以用藥穩健著稱的副院判，張太醫。
張太醫聞訊，親往探視。他望聞問切一番，見患者形容憔悴，脈象雖虛但並無顯著邪實之象，對秦夙所謂的“金石煞氣”之說嗤之以鼻，認為純屬臆測。尤其對使用“蠱蟲入體”這種方法，他更是勃然變色。
“胡鬧！簡直是胡鬧！”張太醫在蠱醫科的診室外，便忍不住對聞訊趕來的幾位同僚斥道，“病人本就元氣大傷，正氣不足，豈能再引入異種蟲豸入體？此非治病，實乃引狼入室！若蠱蟲失控，反噬宿主，豈非雪上加霜？我太醫院立世數百載，何曾用過如此兇險詭異之法？”
秦夙試圖解釋噬金蠱的特性與安全性，以及其針對性的療效，但在張太醫聽來，不過是年輕後輩的強詞奪理。爭論迅速從個案上升到理論層面。
“爾等蠱醫，動輒以‘蠱’為萬能鑰匙，全然不顧人體陰陽自和之大道！此症明明乃驚悸傷神，波及少陽，導致樞機不利，氣血暗耗。只需重用鎮驚安神、疏利少陽之品，佐以扶正之藥，假以時日，必能痊癒。爾等卻行此險招，置病人安危於何地？”張太醫鬚髮皆張，言辭激烈。
支援秦夙的幾位蠱醫官則據理力爭：“張大人！傳統方劑若能奏效，病人何至於此？‘金石煞氣’雖微，卻如燈油中之雜質，不除則燈焰難明！噬金蠱目標明確，直指病根，正符合《淨雪蠱經》所言‘微痾需用微引，滯澀當以活絡’之理！此乃‘精準祛邪’，何來兇險之說？”
“精準？以蟲豸為刀兵，談何精準！醫者仁心，當以草木之溫和，調人體之偏頗，豈能效仿蠻夷巫盅，行此詭奇之道？”另一位擅長婦科，德高望重的老太醫也加入了張太醫的陣營。
“詭奇與否，當以療效論斷！北境萬千將士性命，難道也是‘詭奇’所能挽救？”蠱醫官們搬出了最有力的例證。
“北境是北境，尋常病症是尋常病症！豈可一概而論？若天下疾病皆以蠱術應對，還要我等研習經典何用？”
爭論迅速從這例採石匠的病例擴散開來。太醫院內，平日共同研習、看似和睦的同僚，無形中分成了界限漸明的兩派：
一派以張太醫等資深傳統醫官為首，堅守傳統醫學理論，對蠱醫的許多理念和方法持懷疑甚至否定態度，認為其“違背醫理”、“過於兇險”、“可能埋下未知隱患”，尤其對“活蠱入體”這一核心手段極為排斥，視其為對醫學純潔性的玷汙。他們並非全然否認蠱醫在某些特定領域（如解毒、驅瘴）的有效性，但堅決反對將其作為普適性的醫療手段，尤其反對在“天下設堂”的體系中，讓蠱醫佔據主導地位，擔心會導致傳統醫學的式微和醫學倫理的滑坡。
另一派，則以孫仲景院令（雖力求中立，但其支援蠱醫發展的立場眾所周知）和蠱醫科的醫官們為核心，積極為蠱醫辯護。他們強調實效，列舉大量成功病例，論證蠱醫理論的獨特價值和針對性優勢，認為傳統醫學與蠱醫並非對立，而是互補，應當取其精華，融會貫通，共同發展。他們指出，醫學的本質是解除病痛，拯救生命，不應固守門戶之見，拒絕新的可能性。
還有數量不少的醫官，則處於中間觀望狀態。他們或許對蠱醫的某些神奇療效感到驚奇，但也對其理論基礎和潛在風險心存疑慮。這場突如其來的公開爭論，讓他們陷入了深深的思考，難以輕易做出判斷。
太醫院的議事廳，往日是商討醫案、制定章程的肅穆之地，如今卻成了學術交鋒的戰場。幾乎每日，都會有或大或小的辯論在此發生。爭論的焦點主要集中在幾個方面：
其一，藥性理念之爭。
傳統醫官認為，萬物皆具藥性，然其性有寒熱溫涼，味有酸苦甘辛鹹，升降浮沉，各歸其經。用藥講究配伍，以平和糾偏為要。
蠱醫官則提出，藥性之外，更有“蠱性”。“蠱性”更側重於能量層面的引導、資訊層面的干預、以及特定物質（如毒素、異種能量）的靶向清除。例如，噬金蠱的“藥性”並非其本身，而是其“吞噬特定金石微粒”這一行為所帶來的治療效果。這種理念，在傳統醫官看來，近乎“玄學”，難以用現有的藥學理論框架理解和驗證。
其二，病理認知之爭。
傳統醫學對疾病的認知，多從陰陽失調、氣血津液失常、臟腑功能紊亂、外邪入侵等宏觀、系統角度出發。
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