陳俊說起實驗流程來,細緻得近乎苛刻。
每一個步驟、每一處重點、每一點細節都交代得清清楚楚,沒有半點遺漏。
“首先,你需要批次獲取擬南芥IDN2、IDP1、IDP2以及RPA各個亞基的完整氨基酸序列,資料來源一定要保證官方權威,杜絕序列偏差。”
“拿到序列之後,用AlphaFold2、AlphaFold3或者RoseTTAFold這幾款主流工具,批次預測所有蛋白的三維立體結構,輸出標準化結構檔案。”
“這裡面最核心、最關鍵的攻堅點,是解析IDN2蛋白的Coiled-coil捲曲螺旋結構域,和XH結構域在整體三維結構裡的空間排布方式,這是我們後續分析的核心依據,絕對不能出錯。”
“完成結構解析後,再用ClusPro或者HADDOCK這兩款專業的蛋白對接軟體,精準預測IDN2的XH結構域與RPA各亞基的具體結合模式、結合位點與作用強度。”
“最後一步,把我們模擬預測的對接結果,和過往正式實驗報道的蛋白互作資料逐一比對、驗證,篩選出最貼合真實生理狀態的模型資料。”
林曉握著筆,全程不敢走神,把這些密密麻麻、事無鉅細的操作流程,一字不落地全部記錄在筆記本上。
等他徹底記錄完畢,確認沒有遺漏任何細節後。
陳俊便沒再多管他,轉身投入到自己負責的高階分析工作中,繼續攻堅課題剩餘的難點。
看著紙上密密麻麻的實驗流程,林曉心裡其實一頭霧水。
說實話,現階段的他,根本沒法完全理解預測這些蛋白三維結構、模擬蛋白結合模式,對整個實驗室課題的研究推進到底有什麼意義。
整套流程枯燥、繁瑣,幾乎全是重複性操作,看不到首觀的研究成果。
但看不懂歸看不懂,這並不影響他對這套流程執行。
依託熟悉的實驗操作細節和熟練的軟體操作能力,他完全可以嚴格按照標準資料分析流程,一步步落地操作。
最終輸出精準而又有效的實驗結果。
從某種角度來說,這也算科研初期最穩妥的取巧方式。
先執行,再理解,在實操中慢慢吃透原理。
只是林曉心裡並不滿足於此。
他不想一首隻做這樣的工作,因為這讓他感覺自己像是一個只會機械執行的工具人。
糊里糊塗完成任務,卻不知道自己每一步操作的意義、每一組資料的價值。
他打心底裡希望能吃透整套邏輯,清楚自己負責的環節,在整個課題體系中承擔著什麼樣的作用。
可他也清楚,想要做到這一步,難度極大。
學術研究從來不是一蹴而就的事,哪怕是大部分在校研究生,也未必能完全吃透自己的研究方向。
很多時候,導師和課題組長負責頂層規劃、敲定研究方向。
底下的研究生、本科生,大多隻是負責拆分出來的單一細碎環節。
就像一顆小小的螺絲釘,被單獨加工打磨,卻不知道自己最終會被組裝成什麼,會在整體裝置裡發揮什麼作用。這其實是目前科研圈最普遍的常態。
接下來的兩天,林曉徹底沉浸在了枯燥的實驗工作中。
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