“恭喜主人，得到新能力！”
“恩，01城那邊什麼情況？”
程燁笑著虛撫小白的耳朵，在沙發上坐下，詢問起外面的狀況，因為突破的事，他最近沒怎麼關心外界狀況。
“主人，它們己完成鑽井機的維護，應該很快就會發起對錫安的毀滅。”
“尼奧他們呢？”
“還在忙著拯救覺醒者，但因為烏賊佔據了主要通道，他們最近的效率很低。”
小白將外界的情況仔細講述，雖然還沒到第二部第三部的劇情，但時間也己非常接近。
“小白，開始行動吧。”
“好的主人。”
01城內，小白掌控的075連線內網，將一份史密斯程式碼的變種病毒上傳到伺服器，開始悄然侵蝕機器人的資料備份。
並透過連通全球的網路擴散到各個節點，一旦有機器人上傳下載，病毒會迅速覆蓋篡改對方程式碼，成為小白的分身變體。
有機械大帝的私鑰，絕大多數機器人都毫無懷疑，而那些會懷疑的又被小白刻意避開，讓這一切進行的悄無聲息。
隨著時間一天天過去，病毒迅速擴散的同時，毀滅錫安的行動也正式開始。
01城集結25萬烏賊，護送著三臺鑽井機抵達錫安城正上方，開始向地下鑽探。
奧西里斯號戰艦在偵查任務中遭遇大批烏賊，在躲避追擊中來到地表，發現了集結的烏賊和鑽井機。
他們在被摧毀前透過矩陣發出警告。
原本劇情中會由奈奧比前去接收，但因為失去了戰艦，近幾個月都在錫安督促新戰艦的維修改造。
這趟任務就落在了警惕號身上。
在第二部中，他們幫助尼奧炸燬備用發電裝置時，遭遇烏賊丟擲的炸彈全員死亡。
這才讓崔妮蒂重新進入矩陣，遭遇特工遇險，迫使尼奧做出第三種選擇。
而警惕號拿到資訊後立刻通報錫安，所有在外艦隊也收到命令全部返航備戰。
墨菲斯為了等待先知的聯絡，懇求有人能替他留守在外，卡杜修斯號答應幫忙。
而他們得到先知訊息撤離時，史密斯出現，將船員貝恩變成自己的變體，並透過這方式附身貝恩進入現實。
後續卡杜修斯號等5艘前去攔截烏賊時，史密斯提前釋放EMP，導致所有戰艦報廢。
不僅任務失敗，所有船員也被全部屠殺，僅剩史密斯附身的貝恩幸存。
在緊接著的第三部中，史密斯混上尼奧的戰艦，打鬥中用電線弄瞎了尼奧雙眼。
這讓尼奧發現自己可以在現實中看到程式碼世界，並依靠這個能力成功抵達01城，進行談判。
而此時的時間點，正是卡杜修斯號等待先知聯絡的時刻，無事可做的程燁，便準備和小白一起進矩陣參與下劇情。
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