朱慈烺自然知曉李邦華為官清廉，見他因自己方才對督察院的評價面露尷尬，便上前拍了拍他的肩頭，笑著說道：“李卿不必誤會。你入閣之前任職於兵部，本就不算純粹的御史官員，本宮深知你一生清廉，從未沾染貪腐之氣。此次讓你兼任左都御史，目的便是要讓你牽頭，徹底整治督察院的歪風邪氣。”
他頓了頓，目光掃過在場的幾位閣臣，語氣愈發堅定：“本宮已經取締了御史‘風聞奏事’的權力，如此一來，六科給事中的存在也失去了意義。希望內閣能儘快商議，草擬一份奏書呈給父皇，請求廢除六科給事中這一職位。你們記住，只要是有利於大明中興的事，儘管放手去做，不必有任何顧慮。本宮就是你們最堅強的後盾，無論此事會惹出什麼亂子，本宮都會幫你們一一擺平！”
李邦華雖是文官，卻一向耿直清廉，從不拉幫結派、選邊站隊，畢生只做對大明有利的事。也正因如此，他在朝堂上屢屢被群臣孤立排擠，甚至幾度被下放至地方任職，仕途坎坷。自皇太子朱慈烺監國以來，他終於看到了中興大明的希望，本只想在原有職位上盡最大努力為朝廷效力，卻沒想到竟被皇太子看中，保薦進入內閣，還一躍成為大明內閣首輔。
這份知遇之恩，讓孤傲半生的李邦華深受感動。他早已在心中發誓，要誓死效忠大明，效忠這位慧眼識珠的皇太子。如今，朱慈烺又將整治督察院的大權交予他手中，更是讓他激動不已。他早就對那些只會空談誤國的 “嘴炮” 言官厭惡至極，此刻連忙躬身拱手，語氣堅定地謝恩：“謝殿下信任！老臣定不辜負殿下的期望，內閣所有閣臣，也願為大明鞠躬盡瘁，死而後已！”
在場的其他幾位閣臣，除了楊嗣昌之外，都是由朱慈烺保薦入閣的。他們對朱慈烺早已心生敬畏，甘願唯其馬首是瞻。聽聞皇太子的承諾，也紛紛躬身拱手，齊聲說道：“謝殿下天恩！臣等定當盡心竭力，輔佐殿下中興大明！”
朱慈烺滿意地點點頭，隨即想起了兵部尚書一職空缺之事，又開口說道：“如今流寇在中原地區猖獗作亂，東擄（建奴）也時常派兵寇邊，侵擾我大明邊境。自張鳳翼自殺後，兵部尚書之職便一直空缺。眼下正是多事之秋，兵部身為軍事中樞，絕不能長期無人坐鎮指揮。你們不妨議一議，盧象升與孫傳庭二人，哪個更適合擔任兵部尚書一職？”
李邦華與其他幾位閣臣相互對視一眼，幾位年過花甲的老臣頓時陷入了沉思。孫傳庭與盧象升都是大明難得的將才，論能力，二人都遠勝此前自殺的張鳳翼，完全有資格勝任兵部尚書一職。可細細想來，二人又各有特點：孫傳庭為人桀驁不馴，性格剛直，若是讓他擔任兵部尚書，恐怕很難聽從內閣的排程，日後難免會與內閣產生矛盾；而盧象升不僅軍事才能出眾，在為人處世方面也更為圓滑謙和，顯然更容易被內閣接納。
不過，幾位閣臣心中也有顧慮。他們更想知道，皇太子心中的人選究竟是誰。畢竟，如今朝堂之上，皇太子的話語權早已遠超皇帝，最終的決定，恐怕還是要看他的態度。
就在李邦華、馮英、程國祥等人沉思之際，站在一旁的楊嗣昌卻心中七上八下，難受至極。自他進入內閣以來，便一直將兵部尚書的位置視為自己的囊中之物。以他對崇禎皇帝的瞭解，只要自己主動開口請求，再加上平日裡對皇帝的奉承，這一職位十有八九會落到自己手中。可按照朝堂規矩，他不能毛遂自薦，必須要有其他官員推薦才行。
前幾日，他曾在與幾位內閣同僚閒聊時，有意無意地提及此事，暗示自己有意競爭兵部尚書之職，可那幾位老狐狸卻都假裝聽不懂他的話外之音，始終不肯主動提及推薦之事，這讓他心中頗為鬱悶。如今，聽到朱慈烺直接提出在盧象升與孫傳庭二人中選擇兵部尚書，楊嗣昌只覺得猶如五雷轟頂，頭腦一片空白。他的希望，似乎瞬間破滅了。
片刻之後，李邦華率先從沉思中回過神來，躬身對朱慈烺說道：“殿下，孫傳庭與盧象升二人都頗有軍事才能，皆可勝任兵部尚書一職。不過，微臣認為，盧象升或許更加適合。孫傳庭雖然能力出眾，但性格過於孤傲，在處理人際關係與朝堂協作方面，還有待改進。若是讓他擔任兵部尚書，恐怕會與內閣及其他部門產生摩擦，不利於軍政協調。”
李邦華話音剛落，其他幾位閣臣也紛紛從沉思中醒來，連忙躬身附議：“殿下，李閣老所言極是！盧象升將軍不僅善戰，更懂得顧全大局，確實比孫傳庭更適合擔任兵部尚書一職。”
幾位閣臣說完，見楊嗣昌始終低著頭，一言不發，站在他身旁的姜逢元便輕輕拉了拉他的衣袖，低聲問道：“文弱老弟（楊嗣昌字文弱），你對此事有何看法？不妨也說說你的意見。”
在姜逢元的提醒下，楊嗣昌才猛然醒悟過來。他心中清楚，此時若是再不表態，不僅會給皇太子留下不好的印象，自己覬覦已久的兵部尚書之位，恐怕也會徹底與自己無緣。於是，他定了定神，連忙躬身拱手，對朱慈烺說道：“殿下，目前清剿流寇已是兵部的重中之重。但與此同時，我們也不能忽視東擄的威脅，必須防止他們趁我大軍全力剿寇之時，再次派兵入關報復。臣以為，清剿流寇之事，可以分為三步走：第一，攘外必先安內；第二，足食然後足兵；第三，保民方能蕩寇。”
緊接著，楊嗣昌便將自己早已構思好、自認為完美無缺的剿寇計劃，詳細地說了一遍。他的對策，主要集中在 “攘外必先安內” 與 “足食然後足兵” 這兩點上。
對於 “攘外必先安內”，楊嗣昌解釋道：“殿下，如今的天下大勢，好比一個人的身體。京師乃是頭腦，宣府、薊州等邊境重鎮是肩臂，而黃河以南、大江以北的中原之地，則是腹心。當前的局勢，是烽火在肩臂之外燃起，來勢洶洶；流寇則在腹心之內作亂，危害深遠。外患固然不可輕視，不能拖延，但內憂更不能忽視。因為流寇之亂，就如同毒瘤在腹心之中蔓延，若是聽任‘腹心流毒，臟腑潰癰，精血日就枯乾’，即便肩臂再強壯，又有什麼用呢？所以，臣主張，應當先與清朝（建奴）進行和談，暫時穩住京師附近的邊境局勢，然後集中全國之力，一鼓作氣剿滅中原地區的農民軍，徹底消除內憂。”
而對於 “足食然後足兵”，楊嗣昌則建議道：“要想剿滅流寇，必須要有足夠的兵力與軍餉。臣建議，朝廷應當增兵十二萬，其中步兵十萬，馬兵兩萬。同時，還要增加餉銀兩百八十萬兩。至於餉銀的籌措，可以透過四個途徑：一是‘均輸’，即向富裕地區徵收額外的賦稅；二是‘溢地’，清查地方隱瞞的土地，按畝徵稅；三是‘寄監學生事例’，允許富家子弟透過捐錢獲得監生資格；四是‘驛遞’，改革驛站制度，裁撤冗餘人員，節省開支。”
楊嗣昌所提出的這三點綱領，其實都是為了實現他心中 “四正六隅、十面張網” 的圍剿計劃。所謂 “四正”，是指以陝西、河南、湖廣、江北四省為正面戰場，全力圍剿流寇；“六隅”，則是指以延綏、山西、山東、江南、江西、四川六省為輔助戰場，配合 “四正” 地區圍堵流寇，防止其流竄。這一計劃的執行，主要依靠五省總督洪承疇與五省總理王家楨的配合。
在楊嗣昌看來，洪承疇在之前圍剿農民軍的過程中已經立下不少功勳，能力毋庸置疑，但王家楨卻是個庸碌無能之輩，根本無法勝任五省總理一職，難以配合洪承疇完成 “十面張網” 的計劃。於是，他又向朱慈烺推薦道：“殿下，五省總督洪承疇能力出眾，可堪大用，但五省總理王家楨卻難當此任。臣以為，應當罷免王家楨，任命兩廣總督熊文燦接替五省總理一職。熊文燦在任期間，曾成功招撫海盜鄭芝龍，頗有手段，定能配合洪承疇，完成圍剿流寇的大業。”
事實上，在原本的歷史中，楊嗣昌被崇禎皇帝任命為兵部尚書時，提出的正是這套剿寇計劃。當時，為了推行 “攘外必先安內” 的策略，他首先秘密啟動了與清朝的議和行動。崇禎十一年三月，遼東巡撫方一藻按照楊嗣昌的授意，派遣瞽者周元忠出使瀋陽，試探清朝的議和態度。皇太極對周元忠頗為禮遇，並明確表示：“如有確議，則撤兵東歸”，表達了願意議和的意願。
楊嗣昌接到方一藻的報告後，立即向崇禎皇帝建議，允許方一藻與總監太監高起潛便宜行事，儘快促成議和，以穩住邊境局勢。崇禎皇帝雖然心中贊同，卻因顧及 “天朝上國” 的顏面，並未明確表態，只是暗中默許了此事。周元忠從瀋陽返回寧遠後，帶回了皇太極致高起潛的書信，信中稱：“仍言講款，若不許，夏秋必有舉動”，以武力威脅明朝儘快同意議和。
楊嗣昌見清朝態度明確，便再次上疏，極力勸說崇禎皇帝把握時機，與清朝達成和議。同時，他還在奏疏中批評那些反對議和的言官，指責他們不顧兵部的艱難處境，只會空言誤國，請求崇禎皇帝 “聖鑑允行”，明確批准方一藻與高起潛的議和行動。
然而，此事很快便洩露出去，楊嗣昌主導議和的行為被公開化，立即引起了朝臣的激烈非議，不少官員紛紛上疏彈劾楊嗣昌，掀起了一場大規模的彈劾運動。其中，攻訐最猛烈的是少詹事黃道周。黃道周等人表面上是反對楊嗣昌 “奪情入閣”（楊嗣昌此前因父親去世，本應丁憂守制，卻被崇禎皇帝奪情起用，入閣輔政），實際上是反對他主導的對清和議。
崇禎皇帝為了平息爭議，於當年七月五日召叢集臣於平臺，讓楊嗣昌與黃道周在御前展開辯論。最終，崇禎皇帝選擇袒護楊嗣昌，不僅駁回了黃道周等人的彈劾，還將黃道周等反對議和的官員貶斥外放。儘管楊嗣昌暫時擺脫了彈劾危機，但崇禎皇帝礙於群臣的反對，始終不敢公開支援議和，對方一藻、高起潛與清朝的和議之事也不再提及，議和最終不了了之。
與此同時，新被起用為兵部尚書的盧象升，也堅決反對與清朝議和，與楊嗣昌形成了尖銳的對立。皇太極見明朝內部政見分歧嚴重，議和之事遲遲沒有進展，便在崇禎十一年九月，親自率領大軍大舉入塞，對明朝展開了一場懲罰性的打擊。
由於明廷內部意見不一，總督天下援兵的盧象升在戰場上處處受到楊嗣昌與高起潛的掣肘。二人不僅不給他調撥糧草與援軍，甚至在他陷入清軍包圍時見死不救。最終，盧象升在鉅鹿賈莊陷入重圍，力戰而亡。清軍在此次入塞中，先後攻破明朝七十餘座城池，俘獲百姓四十六萬人（其中包括德王朱由樞），直到崇禎十二年三月，才帶著掠奪的物資與人口，揚長而去。
事後，朝臣紛紛上疏彈劾楊嗣昌，指責他因私怨陷害盧象升，導致明軍大敗。但崇禎皇帝念及楊嗣昌此前的功勞，又對他頗為信任，最終還是保住了他，只是象徵性地對其進行了一番斥責，並未給予實質性的懲罰。
