南北戰事暫歇，荊、益、潁川、陳留、漢中諸地烽煙平息，劉琦趁這難得安穩視窗期，全盤梳理全境文武官吏。他以沙場戰功、地方治績為唯一標尺，論功行賞，裁汰庸碌怠政舊吏，破格提拔實幹有功之人，重新理清文武兩套體系，劃定軍政權責，一掃戰時權責混雜、各方官吏各自為政的亂象。
大局初定之後，劉琦伏案修表，遣快馬信使直送許都漢廷。表中詳述荊益兩州安定民生、拓荒屯田、開山冶礦、興辦工坊的累累功績，懇請天子頒下詔書，准許楚王自領大司馬，總攬荊、益全境軍政、屯田、糧儲、邊防、通商諸事，開大司馬幕府理政。
幕府中樞屬官全部敲定，權責清晰，各司其職：拜諸葛亮為軍師將軍，全權署理大司馬府一切政務，全境內政、實業開發、糧草儲備、官吏人事排程，盡歸諸葛亮統籌決斷。
龐羲由益州調來宛城，擢升幕府司馬，專掌全軍兵籍、兵役徵調、軍營法度。
賈詡為幕府長史，總攬機要文書、密探情報、邦交斡旋、戰略謀策。
伊籍授從事中郎，輔佐長史處置往來公文，負責安撫各州郡世家士族。
徐庶出任議曹從事，執掌官吏考課、民間輿情收集、律法推行督查，各州屯田、礦場、工坊官吏優劣考評，統一由徐庶彙總呈報幕府。
四方重將以軍功高低授前後左右四方將軍，分鎮腹地要道，居中策應。
趙雲為前將軍，統轄中軍精銳，常年隨大司馬居中排程，四方戰事隨時馳援；
馬超左將軍，遙領涼州刺史，招撫、震懾西涼諸羌部落，穩固西北穩定；
黃忠右將軍，鎮守荊南四郡，彈壓南疆蠻夷部族，安撫邊境百姓，穩定荊南安定；
張任後將軍，駐守益州腹地成都，統籌巴蜀本土軍事防務，安定蜀中人心。
益州單獨設立一套軍政班子，專人全權坐鎮治理巴蜀：
法正拜護軍將軍、益州刺史，總攬益州全境軍政民生，統籌巴蜀屯田、礦山、官營工坊所有新政落地推行；
吳懿為安漢將軍、益州別駕從事，輔佐法正、張任統轄益州兵馬，戍守蜀地各處關隘險道；
李嚴授興業將軍、益州治中從事，專管益州荒地開墾、河渠水利修建、各類官營工坊督辦；
黃權升安西將軍、益州門下督，協理邊境防務；
李恢為益州從事祭酒，專職安撫蜀中各大士族、推行地方教化、交涉邊境蠻夷部族。
邊境重鎮各遣獨當一面的大將鎮守，手握一方防務全權：
魏延鎮北將軍，兼漢中太守，扼守荊益北方門戶，抵禦曹魏關中軍團南下；
霍峻鎮東將軍、陳留太守，坐鎮新收復的陳留之地，穩固中原前沿防線；
文聘鎮南將軍、江夏太守，控扼江夏長江水道，統領沿江水師，防備江東水師西進；
張繡鎮西將軍，總領荊益全部騎兵主力，專司長途野戰、邊境巡哨奔襲。
荊州本土舊臣同步升賞，安撫荊襄老牌士族，夯實荊州根基：
蒯良出任荊州刺史，總管荊州各郡縣民政、糧賦統籌排程；
蒯越中都護，總督全軍。
蔡瑁、甘寧常年執掌荊襄水師、經營長江江防，分別任命為水軍左右大都督；
趙儼遙領豫州刺史，掌汝南軍政之事。
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