就在東尾張、三河、奧羽兩州等各地戰場捷報頻傳之際，一則噩耗突然傳至上杉家本據小田原城之中——上杉家旗下大名齋藤喜太郎（齋藤龍興、一色義棟、一色義糺）後見役齋藤義龍猝死。
對於上杉家來說，作為握有齋藤家實權的齋藤義龍猝死可並不是一件小事。
因為齋藤家的政治體制已經從齋藤道三時期的家督專政制，被齋藤義龍發起下克上之後改成了宿老合議。
若是齋藤義龍健在，那麼還能以他個人的威望和能力來壓制住家中的反對勢力。
可是，隨著齋藤義龍的突然身亡，加上齋藤家名義上的家督齋藤喜太郎過於年幼，且無法處理任何政務，更無人望。這就使得齋藤家中曾站在齋藤道三一方，被戰後清算過的美濃國人領主們也開始蠢蠢欲動起來。
作為齋藤家宿老，同時還是齋藤義龍之叔的老臣長井道利，當即與安藤守就、稻葉一鐵、氏家卜全、竹腰尚光（竹腰道塵之子）、日根野弘就等家中宿老們達成一致，將陳兵於美濃與近江、尾張兩國境目地帶的大部分軍勢撤回，並進一步加強齋藤家本據稻葉山城的戒備，以及派出大量物見監視織田家、六角家、淺井家、朝倉家等與齋藤家接壤大名們的動向。
不僅如此，齋藤義龍在猝死之前還做了一件驚天動地之事——別傳之亂。
事情是起因便是齋藤義龍在發起下克上成功後，將自己的苗字從藤原氏後裔的“齋藤氏”改為源氏後裔的“一色氏”，便廢黜了父祖時期信仰的日蓮宗常在寺的菩提寺之地位，開始在稻葉山城下修築起帶有源氏信仰的禪宗寺院“傳燈護國寺”。
當時扶桑境內各地的禪宗下分為許多派系，往下分有臨濟宗、曹洞宗、普化宗、黃檗宗等等。
其中，臨濟宗是室町時代大部分武家所信仰的宗派。
而臨濟宗之下下又分為妙心寺派、相國寺派、天龍寺派、南禪寺派等等，這傳燈護國寺正是“妙心寺派”的寺院。
不過，妙心寺派裡也是個小麻將館，又分為東海、龍泉、聖澤、靈雲四個派系，當時在美濃國十分有影響力的僧人快川紹喜就是東海派。而齋藤義龍任命的傳燈護國寺住持別傳宗龜則是最弱的靈雲派。
齋藤義龍這麼做大概是不願意見到東海派在美濃一國之中進一步提升影響力，從而威脅到齋藤家的統治。
但是，快川紹喜在獲知此事後卻不樂意了，他可是當時在扶桑全國都非常有名的高僧。
所以，在快川紹喜的極力抗議之下，美濃一國的僧人們紛紛離開了寺院。
同時，快川紹喜還對齋藤義龍表示：“你只是一州的太守而已，而貧僧卻是三界之中的法師。”
快川紹喜的所作所為就引起了齋藤義龍極大的不滿，他要求妙心寺削去快川紹喜的僧籍。但是，齋藤義龍此舉反而引起更大的連鎖反應，導致了齋藤家與整個臨濟宗妙心寺派的對立。
不僅僅是美濃境內的臨濟宗妙心寺派，還有駿河國清見寺、臨濟寺等靈雲派寺院都站到了快川紹喜的一邊，極力譴責齋藤義龍以及別傳宗龜二人。
當然，僧人們的譴責對強硬的齋藤義龍來說不痛不癢，他直接另闢蹊徑，向朝廷、足利將軍家進行大力獻金，讓朝廷、足利將軍家將傳燈護國寺晉升為與南禪寺一樣寺格的寺院，堅決與快川紹喜等和尚對抗到底。
然而，還沒等朝廷、足利將軍家將傳燈護國寺的寺格進行提升，齋藤義龍就突然在稻葉山城本丸的寢殿裡暴斃而亡，年僅二十八歲。
齋藤家的重臣們本來就很不支援齋藤義龍與快川紹喜對立。在齋藤義龍屍骨未寒之際，把持著齋藤家大權的六宿老（長井道利、安藤守就、稻葉一鐵、氏家卜全、竹腰尚光、日根野弘就）就以家督齋藤喜太郎的名義立即召回了快川紹喜。不但廢掉了傳燈護國寺的菩提寺地位，甚至摁著齋藤義龍的棺材板讓快川紹喜主持葬禮。
儘管別傳之亂以齋藤義龍的死亡，以及齋藤家高層的放低身段而告一段落。
但並不代表上杉家認同此事。
在上杉清定看來，這快川紹喜曾經與武田家之間有著深厚的關係，還一度擔任過齋藤家對武田家的取次。
雖說武田家已經被上杉家攻滅，但快川紹喜卻透過自己得道高僧的身份，因不滿上杉軍在攻入甲斐後大肆株連武田一族，以及武田家譜代家臣，便暗中庇護了諸角賴重（本田重政之子，諸角虎定之孫）、八重森家昌（諸國御使者眾）、橫田康景（原虎胤之子，橫田高松女婿）、相川甚五兵衛（目付眾）、伊藤玄蕃（御藏前眾）、內田監物、大村忠堯（大村眾旗頭）、大井攝元（奈神社神主）等武田家的舊臣，甚至還有甲斐飛助、甲斐六郎（甲斐飛助外甥）等原先效忠於武田家的忍者。
若是快川紹喜只是與齋藤義龍對立，上杉清定自然不會過於關注美濃一國的內政以及宗教事務，可經過加藤段藏、玄鬼、覺馬等軒轅眾上忍們的探查後，發現武田家的舊臣們也有參與三河一向一揆的跡象，甚至還有一小部分人趁機潛回了信濃，意圖趁著上杉家調集信濃諸將大舉南下之際，於信濃一國煽動國人一揆，妄圖恢復武田家的家名。
鑑於信濃一國大部分的兵力，以及有力武將被清定抽調南下前去協助北條家彈壓三河一向一揆，使得眼下的信濃境內並無太多的兵力、人力去搜捕潛入的武田家舊臣。
為了避免信濃境內爆發國人一揆，以及徹底消除武田家在信濃一國的殘存影響力，清定便想到了原先世襲罔替信濃守護職的小笠原家。
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