隨後，王直與蔣洲一起經過博多，於嘉靖三十五年（扶桑弘治二年）四月抵達豐後，會見了大友宗麟，又派使僧向大內義長傳達了宣諭扶桑的意向。
蔣洲本來認為宣諭的第一個物件是扶桑國王，但是根據王直、王滶等人提供的情報，覺察到即使與現任徵夷大將軍接觸也不能期待有很大的成果。蔣洲便認為說服大友家、大內家等實力派大名之外，還要說服與倭寇有關係的對馬宗家等諸大名，才是更為高明的方針。
對馬宗家一有關於倭寇的情報，就緊急報告朝鮮高層，已成常例——弘治二年（嘉靖三十五年）四月也按照常例向朝鮮報告了關於王直的情報。這一年的四月與王直到達豐後的同時，對馬宗家的使者到達朝鮮，報告叫作五峰的明國人（王直）作為阿波、伊予、贊岐、土佐與五島賊倭的首領，將入寇明朝與朝鮮。報告中還陳述了去年五月到七月襲擊朝鮮南部沿海達梁浦與濟州島，直至攻陷兵馬節度使總部的乙卯達梁倭變的海賊集團根據地是五島，中心人物是王直，並告知有兩位大人從明朝帶敕書來到扶桑。很明顯兩位大人是指蔣洲與陳可願。
對馬宗家在弘治三年（嘉靖三十六年）三月又向朝鮮報告，蔣洲還給對馬宗家送來了要求必須努力禁賊的諮文。
當然，王直還將實力遠超大友家、大內家、對馬宗家等西國、九州大名，且佔據扶桑東半國之地的上杉家部分情報告知蔣洲。
原本，蔣洲還對上杉家佔據扶桑半國之地將信將疑，可隨著出使大內家本據山口館的使僧返回後，他才意識到，若想有效遏制倭寇的行為，必須要藉助上杉家的力量。
於是，在王直的安排下，蔣洲得以渡海北上至上杉家治下的外海飛地鬱陵島。
鑑於蔣洲的特殊身份，弘中方明、冷泉元豐、小原隆言、蒞戶政喬、平岡重政、小倉家房等上杉家家臣們可不敢擅自做出任何決斷，便將蔣洲與先前大內家派來的使者內田托馬一併經海路送往越後頸城郡直江津，再走陸路南下至上杉家本據小田原城。
另一方面，新任兵部左侍郎兼都察院左僉都御史、直浙總督的胡宗憲在穩住王直之後，就著手開始對付徐海了。
儘管徐海本人是有意接受大明朝廷的招撫，但是陳東、葉麻和倭寇頭目等不願歸降，決定返回扶桑，在臨行前，雙方在分贓問題上產生了爭執。
加上之前葉麻和徐海圍繞一個叫做祝婦的女子爭風吃醋，使得徐海懷恨在心，在羅龍文等胡宗憲派出間諜的教唆下，徐海在七月三日的餞別宴上，將洪東岡、黃侃等大明出身的倭寇頭目捕獲，送至胡宗憲處。同時以討賞的名義，逮捕了葉麻的幾百名部下，移交給明軍。
而後，徐海又誘捕了倭寇頭目陳東，並轉交給明軍。
之後，徐海入平湖城向胡宗憲請降。城中的官員和百姓聽說徐海進城都嚇得驚慌失措，唯胡宗憲鎮定自若。徐海向胡宗憲謝罪，胡宗憲走下大堂，用手摸著徐海的頭頂說：“你為害東南很久了，既然歸順，朝廷暫且赦免你，不要再做壞事了。”
末路其後，徐海率眾屯於平湖城外的沈家莊。
雖說胡宗憲有意招撫徐海，但是在趙文華等人的勸說之下，最終決定將其消滅。
胡宗憲一邊穩住徐海，一邊加緊部署兵力。而徐海也感到官軍可能會出爾反爾，便大肆招攬附近的青壯年，充當部下，決心與明軍決一死戰。
嘉靖三十五年，八月。胡宗憲發起了剿滅徐海的最終戰役。
徐海等人佔據沈家莊後，沈家莊有新舊二宅，徐海居沈家莊舊宅為“東巢”，葉麻等人居新宅為“西巢”。
八月二十二日，兵備副使劉燾率部包圍西巢，下令將發熕炮十二門排列水邊，或打敵臺，或打門牆，可謂是聲勢震天。
第二天二更時分，葉麻麾下的倭寇支撐不住，被迫放棄西巢而逃，明軍趁勢攻入西巢，並將其焚燬。
隨後，劉燾又督兵搭橋過水，進逼東巢。
然而，據守在東巢的徐海所部火器眾多，並在東巢南門架設發熕炮。
據明人採九德《倭變事略》載：“二十四日，軍門（胡宗憲）督諸路主客兵凡二十餘支，圍徐海數重。賊放發熕，以銀塞熕口，火發銀如星飛，中人中土中水，如雨鳴。眾皆不能進。”
徐海的火力是十分猛烈，明軍絲毫不敢靠近。
就在這時，劉同尹親率輕兵七十人進攻南門，被倭寇使用發熕炮壓制，炮彈甚至落在離劉同尹一尺多的距離，但劉同尹不為所動，反而是向倭寇連發三矢，迫使使用發熕炮的倭寇逃離，這才攻破了南門。
八月二十五日，各路明軍正式發起總攻，徐海力不能支而戰敗，部眾被官兵擒斬一千兩百餘人，燒死者不計，倭寇頭目辛五郎等人也被明軍擒獲。
最終，徐海與倭寇數十人，因抵抗無望，投水而死。徐海的愛妾王綠姝、王翠翹則是被俘。
由於王翠翹曾經一再勸說徐海棄暗投明，但最終卻讓徐海死於非命。她在萬念俱灰的情況下，於深夜裡乘人不備投海自盡了。
