在溝口長友與宇佐美定滿進行接觸交涉的同時，上杉清定也沒有閒著，他直接率軍將仁科城重重包圍起來，並切斷仁科城與外界的一切聯絡。
正所謂凡興師深入敵境，若彼堅壁不與我戰，欲老我師，當攻其君主，搗其巢穴，截其歸路，斷其糧草，彼必不得已而須戰，我以銳卒擊之，可敗。
故兵法雲：“我欲戰，敵雖深溝高壘，不得不與我戰者，攻其所必救也。”
雖然仁科盛能收縮兵力，固守仁科城不出，但仁科家重要的幾座屯糧支城皆被越後上杉軍所奪取。
這就導致仁科城之中僅有供給城兵、協防領民不到三個月的糧草。
而且仁科盛能深知自己兵力寡少、士氣低落，根本不敢出城與越後上杉軍進行交戰，就派遣使者趁著深夜之際縋城而出，向青柳家、丸山家、涉田見家等庶子家進行求援。
但仁科盛能所派出的使者基本上都被越後上杉軍發現而擒殺，沒有一人能活著抵達目的地。
不僅如此，清定還下令越後上杉軍各部在仁科城外挖掘蚰蜒壕，同時還在仁科城外四面設定犬鋪，以犬守備，又在越後上杉軍大營的四面設木架，掛鈴於木架之上，凡是一有動靜，立刻就能發現。
清定打算以此嚴密的手段隔絕仁科城與外界的一切聯絡。
在人力與物力上，越後上杉家無疑是使出了絕對的大手筆，可見清定對這次兼併北安曇郡的軍事行動，可謂是志在必得。
仁科盛能見形勢愈發危急，不得不率軍出城與越後上杉軍進行交戰，以求打破嚴密的封鎖。
隨後，仁科盛能就集中兵力，以一千五百餘軍勢夜襲城南的越後上杉軍，急攻齋藤朝信所部。
可齋藤朝信又不是個軟柿子，他就算睡覺都沒有將鎧甲卸下。當他得知仁科軍向自己發起突襲後，直接率麾下馬廻眾與之交戰，並派遣使者前往越後上杉軍本陣進行求援。
在混戰之中，齋藤朝信就算身上受了十多處傷，但仍死戰不退，繼續奮勇作戰。仁科盛能見自己啃不動這塊硬骨頭，只得退回仁科城之中。
兩天後，仁科盛能再度大舉出兵，與越後上杉軍軍激戰於城外，可他依舊未能佔得一點便宜。反而在傍晚收兵時，差點被一路尾隨而來的越後上杉軍趁亂攻入仁科城的大手門。
此後，仁科盛能就再也不敢主動出城了。
就當仁科盛能還在盼星星盼月亮的等待小笠原長時的回覆之際，小笠原長時卻對越後上杉家的提議心動了。
自從仁科家倒向武田家一方後，小笠原長時不管出兵何處都會受到牽制，無法傾盡全力，反而還要擔心自己的本據林城是否會遭到仁科家的突襲。
若是與越後上杉家達成瓜分仁科領的協議，那麼小笠原家就能瞬間消除這個心腹大患，再也不會受到仁科家的牽制。
再加上，小笠原家還能因此獲得不少直領，能瞬間增強自身的實力。可謂是一舉多得
隨後，小笠原長時就打算與越後上杉家互換起請文，不但要瓜分仁科領，還要兩家結為攻守同盟。
對於，小笠原長時要求兩家締結攻守同盟的提議，清定並不打算拒絕。
因為清定一開始就不打算在信濃一國過快的開疆拓土。
奧信濃的高梨家、長沼島津家、須田家、泉家、井上家等國人領主早已臣從了越後上杉家，若是越後上杉家繼續向信濃一國的腹地延伸勢力，那麼難免會迫使村上家、小笠原家、木曽家等大名、國人領主忌憚和敵視。
為了避免信濃一國的大名、國人領主倒向武田家一方，清定就打算點到為止，在奪取安曇郡半郡之地後就準備派遣使僧教庵前往武田家進行出使，並讓其告誡武田晴信，若是不與北條家達成停戰議和的話，那麼越後上杉家將會在攻滅仁科家之後聯合小笠原家一同出兵武田家治下的諏訪郡、伊那郡等地。
當越後上杉家介入信濃一國局勢，並出兵進入安曇郡的訊息傳至駿河白鳥山城外的武田軍本陣之時，原本準備與今川義元合兵一處的武田晴信暫時停止了出兵攻打河東北條領的想法。
武田晴信先前還是小看了越後上杉家的實力，他原本以為越後上杉家沒有足夠的實力去發起兩線作戰。
但事實卻狠狠給了武田晴信一巴掌。
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