隨著小笠原家在鹽尻嶺之戰、村井原之戰等戰事之中的接連戰敗，就使得築摩郡的桐原城、瀨黑城、淺間城、塔原城、青柳城、萬西城、島立城、西卷城等地的守將不是望風向武田軍投降，就是直接不戰而逃。
這就使得小笠原家所面臨的形勢更加孤立以及岌岌可危。
經過再三權衡，小笠原長時深知自己無力繼續堅守本據林城，就決定主動將林城放棄，與小笠原信定、小笠原貞種（小笠原長時之弟）、小笠原統虎（小笠原長時之弟）、藤澤賴親等人以及自己的家眷，一同前往家中重臣二木重高的居城中塔城（中洞城）來暫避武田家的兵鋒。
中塔城位於築摩郡與安曇郡的深處山谷之中，易守難攻，城中存糧更是可以兩千餘人食用數年之久。
小笠原長時打算先躲藏在中塔城之中伺機而動，並派遣使者上洛，透過擔任足利將軍家奉公眾的同族小笠原稙盛（京都小笠原家家督），來向足利將軍家獻上太刀、駿馬，意圖讓足利將軍家來介入信濃的戰事，為小笠原家斡旋調停與武田家之間的戰事。
但武田晴信在接收林城之後可不希望小笠原長時再捲土重來，他直接下令將林城破卻，將林城拆下的材料用於加固擴建位於林城西北方的深志城，意圖將深志城作為將來進出安曇郡的重要橋頭堡。
至此，築摩郡、南安曇郡大部分地區落入了武田晴信的手中，武田家與上杉家的領國正式接壤。
而從小笠原長時放棄林城的那一刻起，信濃守護小笠原家就等同於滅亡。
天文十六年，三月末。
當小笠原長時派往越後求援的使者抵達頸城郡府中御館後不久，安曇郡郡司齋藤朝信、安曇郡郡代仁科春盛（飯森春盛）、小川城城主登坂清忠等人也紛紛派遣使者前來告急。
而這時的清定才與家中重臣們一同先後參謁完米山寺、國分寺、本誓寺等位於頸城郡的諸多寺院神社，他在獲知此事後並沒有聲張，反而是做出了以下安排：長尾景虎率左龍捷備兩千餘軍勢越山南下至上野與武藏兩國的境目地帶，負責護送香沼姬至越後頸城郡；
原刈羽郡郡司、琵琶島城城主八條春綱轉封至上野平井城，領有兩萬石知行地（指出檢地），改任擔任平井金山（日野金山）奉行、綠野郡郡司等職；
鳥坂山城城主桃井義孝轉封至陸奧安積郡高玉城，領有一萬一千石知行地，並擔任安積郡郡司、高玉礦山奉行等職；
利根郡郡代八條能重於沼田松丸元服之前擔任利根郡郡司、下野足尾銅山奉行；
原川奉行、坂戶城城下町奉行樋口兼豐受封上野田部井城，領有九千石知行地（指出檢地），並擔任勢多郡郡司、檢地奉行等職，負責對上野一國進行檢地，正室直江藤（直江親綱之女，直江景綱之妹）擔任越後太郎丸乳母；
中島館館主穴澤氏清擔任上野名胡桃城城代，率三百名常備足輕進駐名胡桃城，並擔任勢多郡郡代；
巖付城城主太田資正擔任武藏守護代、琦玉郡郡司、足立郡郡司、橫見郡郡司、豐島郡郡司等職；
箕輪城城主長野業正擔任上野守護代、群馬郡郡司、片岡郡郡司、那波郡郡司等職；
足利城城主長尾憲長擔任下野守護代、足利郡郡司、梁田郡郡司等職；
國峰城城主小幡景定擔任甘樂郡郡司、碓冰郡郡司等職，小幡氏一門總領如故；
唐澤山城城主佐野泰綱擔任安蘇郡郡司；
新田金山城城主橫瀨成繁擔任新田郡郡司、邑樂郡郡司、山田郡郡代等職；
白井城城主長尾憲景擔任群馬郡郡代；
總社城城主長尾顯景擔任那波郡郡代（後由其次男長尾景總繼任，長男長尾景孝前往越後擔任上杉清定馬廻眾）；
巖櫃城城主齋藤憲廣擔任吾妻郡郡司；
羽根尾城城主羽尾幸全擔任吾妻郡郡代；
忍城城主成田長泰擔任琦玉郡郡代、大里郡郡司等職；
御嶽城城主安保泰廣擔任秩父郡郡司；
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；代郡郡樂邑任擔繁直田廣主城城生羽
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