武田晴信在鹽尻嶺大勝小笠原長時後，並沒有見好就收，反而是宜將剩勇追窮寇，一鼓作氣攻入了東築摩郡之中，並接連奪取了熊井城、赤木山城、八間城、洗馬城、上野山城、高山城、妙義城等地。
武田晴信甚至還在小笠原長時的本據林城西南方村井原上，下令築城，並以免除年貢為代價，徵召了大量領民參與築城。
短短二十天的時間，武田家就在村井原築起了一座新城，命名為村井城。因為城中的設施並不完善，只有幾座箭櫓和糧藏，又被稱之為小屋城。
而村井城距離林城不過十五里的距離，使得小笠原長時如鯁在喉。
之所以武田晴信膽敢在小笠原長時的眼皮子底下開始築城，是因為他認為小笠原長時經鹽尻嶺之戰慘敗後，已經元氣大傷、威權盡喪，短時間裡不可能對自己構成什麼威脅。
然而，就在村井城剛剛竣工後不久，小笠原長時就出乎了所有人的意料，他在收攏敗軍後並沒有在林城籠城固守，反而是率軍攻向了村井城。
雖說小笠原家在鹽尻嶺之戰慘敗，但還沒有到元氣大傷、一蹶不振的地步。
小笠原長時好歹還是時任信濃守護，他自然不會容忍武田家在自己的眼皮子底下修築一座新城。
為了消除村井城這個心腹大患，小笠原長時更是親自率軍前來，意圖藉助熟悉地理的優勢，意圖將武田家的勢力逐出東築摩郡。
由於先前在鹽尻嶺慘敗，導致小笠原長時在倉促之下並沒有收攏太多的敗軍，就連派往上杉家、村上家的使者都還沒有返回。
但小笠原長時並沒有因此放棄，反而是率馬廻眾以及本隊軍勢一千餘人大張旗鼓的攻向村井城，令草間肥前守、泉石見守（小笠原家弓之名人）等將率五百餘軍勢埋伏在密林之中，隨時接應本隊。
武田晴信在得知小笠原長時率軍襲來的訊息後，第一反應是驚愕。他就不明白小笠原長時怎麼會在經歷了一場慘敗後還能拉出一支一千人以上規模的軍勢。
但驚愕歸驚愕，武田晴信還是很快做出了部署，由巖崎勝秀（一門親族眾）、栗原正清（一門親族眾、譜代家臣格）、今井虎意（一門親族眾）等部一千餘軍勢作為先陣軍勢，前去阻遏不斷迫近的小笠原軍。
巖崎勝秀、栗原正清、今井虎意等人並沒有將小笠原長時放在眼裡，在他們看來小笠原長時接連戰敗，損兵折將，丟城失地，如同喪家之犬一般，根本不足為慮。這一次必然能復刻鹽尻嶺之戰那樣，一舉擊潰小笠原軍獲得大勝。
可小笠原長時與上杉憲政不同，同樣作為武家家督，他擅長的就是弓馬之道，而上杉憲政擅長的是音律和茶道。
再加上鹽尻嶺之戰中，小笠原軍被討取者大都是足輕、農兵，武士和領主被討取者並不是很多。所以，小笠原長時還是能拉出一支近兩千人規模的軍勢。
小笠原長時經過打探後得知前方並非武田晴信本人所率的軍勢後，就當機立斷下令向武田軍的先陣軍勢發起猛攻，並下令偏師的草間肥前守、泉石見守等將對武田軍進行夾擊。
隨後，小笠原長時在戰鬥中更是身先士卒，率麾下馬廻眾猛攻武田軍先陣軍勢。草間肥前守、泉石見守等將則是從武田軍先陣軍勢的側翼發起突襲。
武田軍先陣軍勢才與小笠原軍展開近戰，側翼就在不久後遭到突襲，由於不知小笠原軍的虛實，導致武田軍頓時亂成一團，進退失據。
小笠原長時趁機縱兵擊之，盡情衝殺。
小笠原家重臣犬甘政德在混戰之中將巖崎勝秀討取，二木重高將栗原正清討取。
最後，僅有今井虎意率十餘人倉皇突圍逃往村井城，其餘人馬則是四散而逃，積屍數里。
在討取了武田軍三百五十餘人之後，小笠原長時順利將武田軍的先陣擊潰，算是在鹽尻嶺慘敗之後稍微挽回了一些顏面。
可好景不長，武田晴信在獲知先陣軍勢的敗績後怒不可遏，隨即親自排程指揮進行反擊。
畢竟小笠原軍兵力寡少，加上先前接連損兵折將、丟城失地，士氣和戰意逐漸降低。
很快，小笠原家的勇猛之士草間肥前守、泉石見守等人相繼被武田軍討取。
隨著草間肥前守、泉石見守等人的陣亡，小笠原軍士氣頓時跌落谷底，再無恢復的可能。
就算小笠原長時再驍勇善戰，也最終被武田晴信擊潰，他只帶著十餘名馬廻眾狼狽逃到其本據林城之中。
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