雖說以菅谷政貞為首的小田家譜代重臣們拼死奮戰，但依舊架不住上杉軍的輪番猛攻。
最終，為了能讓主君小田氏治得以逃出生天，菅谷政貞、手塚石見守、赤松凝淵齋、飯塚美濃守、江戶山城守、野中瀨入道、關刑部少輔、友部主膳、平塚自省、沼尻又五郎等小田家重臣們自發率本部軍勢與不斷追擊而來的上杉軍展開交鋒。
然而，小田軍敗局已定，並不是靠人力就能得以扭轉的。
而且，負責追擊小田軍敗軍的還是上杉定虎麾下作戰經驗豐富且驍勇善戰的左龍捷備。
左龍捷備所配置的戰馬比例是左控鶴備的兩倍以上，鐵炮裝備的比例則是一比一。
再加上左龍捷備所配置的戰馬大都是出羽馬、木曾馬，質量比常陸一國的戰馬要高出不少。
故而，前來阻遏上杉軍追擊的小田軍各部很快就被擊潰，菅谷政貞、手塚石見守、赤松凝淵齋、飯塚美濃守、江戸山城守、野中瀨入道、關刑部少輔、友部主膳、平塚自省、沼尻又五郎等人也先後被討取。
小田氏治、天羽源鐵等人最後僅帶著十餘人是丟盔棄甲的狼狽逃回小田城，而土岐治英、大掾慶幹、羽生義治、芹澤義實等其餘南常陸諸將們在見勢不妙後，就不再管小田氏治的死活，倉皇拋棄各自的軍勢就逃回了本據。
上杉軍在筑波山一戰大獲全勝後，便挾大勝之餘威乘勝進軍，兵鋒直指小田城，大掠小田領各地，常陸全境皆大為震動。
這小田家也是常陸一國之中數一數二的大名，其實力不弱於佐竹家，其先祖還是追隨源賴朝的八田知家。
現任小田家家督小田氏治的正室還是出身於佐竹家旗下有力國人領主江戶家。
原本，江戶忠通還盤算著派遣一小部分軍勢加入小田家一方參戰。
可沒曾想，小田家竟然敗的如此之快，僅僅一天不到的功夫，佔據筑波山且擁有地利的七千餘軍勢就被上杉軍打得慘敗。
這就使得江戶忠通立即放棄了派兵參戰的想法，他可不願眼下去火中取栗。
再加上現任佐竹家家督佐竹義昭已經臣從於上杉家，並被上杉清定授予常陸守護代、下總守護代、評定眾等役職，若是江戶家直接表態支援小田家，那麼佐竹義昭將會毫不猶豫的出兵討伐江戶家。
為了確保自家的家名存續以及本領安堵，江戶忠通便決定再觀望一段時間的局勢再行動。
而另一邊，小田氏治原本還想著收攏敗軍後再戰，但直到上杉軍即將兵臨城下，他才只收攏了不到兩千人的軍勢，根本無法與近三萬之眾規模的上杉軍相抗衡。
儘管如此，小田氏治依舊不願放棄祖祖輩輩傳承下來的小田城。
因小田氏治繼承小田家家名以來，一直在領內實行仁政，輕徭薄賦，使得不少人還是願意繼續追隨小田氏治的。
再加上田土部政秀、小幡中務少輔、岡見治廣、柿岡式部少輔、北條治高、宍戶安藝守等小田家同族重臣在逃回各自的居城後，也紛紛開始進行籠城固守，擺出一副準備與上杉家抗爭到底的樣子來。
上杉定虎見小田氏治如此冥頑不靈後，自知難以勸降小田家的眾人，便安排水谷正村、真壁宗幹、金子為廣、笠間時廣等西常陸諸將負責攻打穀田部城；甘糟景持、發智長芳、大關親信等魚沼郡將負責攻打柿岡城；長野業正、和田業繁、山吉豐守等部分上野諸將負責攻打板橋城；自己則是節制其餘各部軍勢圍攻小田家的本據小田城。
雖說小田城的守軍眾志成城，堅守了小田城整整三天三夜，但還是兵力寡少、力不能支，最後被上杉軍攻破了大手門。
在小田城的大手門陷落後，小田家軍師天羽源鐵便意識到大勢已去，就勸說主君小田氏治趁著上杉軍尚未攻落二之丸、本丸之前逃出城去，畢竟留得青山在不愁沒柴燒。
見大手門已被上杉軍所奪取，三之丸、二之丸等地的陷落也只是時間問題後，小田氏治此時也不再堅持，便採納了天羽源鐵的建議，帶著自己的家眷、子嗣、親信家臣等一行人棄城逃往鄰近江戶崎土岐領的木原城，以躲避兵鋒正盛的上杉軍。
而天羽源鐵則是與鈴木因幡守、橫山丹後守、柴播磨守、仁平對馬守等守將掩護小田氏治等一行人的逃離奮戰至最後一刻。
小田城被攻落後，上杉軍的參陣諸將皆建議總大將上杉定虎對小田城的城下町、鄰近周邊的村落進行大肆殺戮，以此來警示尚未臣從的常陸諸將。
不過，上杉定虎並沒有同意這個提議，反而下達了禁止在小田城周邊濫妨狼藉、濫殺無辜等禁制。同時，她還不忘做出仁義之舉——下令將小田軍陣亡的將士進行妥善安葬。
在上杉定虎看來，若是將小田城周邊都燒成一片白地，那麼就算佔據了有何意義？而且，過度的殺戮只會讓怨氣凝結，甚至還會對上杉清定的聲名造成影響。
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