眼見長島一向一揆軍在上杉軍鐵炮、佛郎機炮的輪番轟擊之下潰不成軍、亂成一團，但上杉定虎可不打算給出了長島一向一揆軍逃回去的機會，她當即揮舞採配，命馬廻眾高舉亂龍旗，下令配下各部軍勢發起猛攻。
由於太田資正、裡見義堯、佐竹義昭、穴澤氏清、巖城重隆、相馬盛胤、大石定久、佐野泰綱等將在隨上杉清定進入尾張境內後，一直沒能立下什麼戰功。看著八條春綱、直江景綱、山本寺定長、善宗次、長尾當長、北條高定、前田慶次、八戶治義、白井胤治等人不斷立下活躍的戰功，他們是看在眼裡急在心裡，總不能讓那些領地靠近敵境，以及新參家臣將功勞全佔了。
而山岸光重則是急於洗刷清洲城之戰被織田信長擊潰的恥辱，早就躍躍欲試。
當上杉定虎下達猛攻的命令後，上杉軍各部就如同猛虎下山、餓鷹撲食一般，從各個方向向長島一向一揆軍攻去。
因下間賴旦所率本隊已被長島一向一揆軍先手役潰兵衝散，還沒等他下令重整隊形組織反擊，上杉軍的騎馬武士就已經突進至他本隊前不足五十步的距離。
在混戰之中，上杉軍的武士、鄉士、足輕無不奮勇當先、捨生忘死、攻戰不休。
其中，上杉定虎麾下的福王寺孝重、大河戶忠繁、渡邊綱景、進藤家清、岡田重堯、宇野左馬介、村田秀賴等家臣們本就是出身於府中長尾家，且身經百戰，人人懷著必死之心上陣。所以，越是遇到強敵，他們的鬥志越是勇猛。
而且，不論越中、能登、加賀、越前、三河、近江、伊勢、攝津、和泉、河內等國之中的任何一支一向一揆眾，人員構成無一例外地是良莠不齊、裝備不全、戰力低下，僅僅是看上去烏泱泱一片，顯得人數眾多罷了，實際上依舊是一群烏合之眾。
作為一向一揆眾主要戰力的僧兵、浪人、鄉士等，人數有限，只能作為先手役或拱衛本隊來使用。一旦這些人遭到重創或者是被擊潰了，那麼其餘一向一揆眾也就不堪一擊了。
長島一向一揆軍哪裡是氣勢如虹、悍不畏死的上杉軍的對手？
很快，長島一向一揆軍就在上杉軍的凌厲攻勢下徹底崩潰，隊伍蕩然無存，上下更是互不相識，完全組織不了像樣的抵抗，大都互相踐踏、四散而逃。
作為長島一向一揆軍大將的下間賴旦更是僅以身免，一人一騎狼狽逃回願證寺之中。
不過，隨下間賴旦一同出陣的下間賴成、下間豐前法橋、下間豐後法橋、下間賴重、太田甚兵衛（原齋藤家家臣）、長島盛林坊、大木道玄等石山本願寺坊官、長島願證寺坊官就沒那麼好的運氣了，要麼是被上杉軍所討取，要麼是被鐵炮或者是佛郎機炮擊斃。
先前，被下間賴旦率領，且主動衝出願證寺，向寺外上杉軍發起佯攻的一萬餘長島一向一揆軍被俘三千餘人，被討取者更是達到了七千餘人。
對於被俘的三千餘長島一向一揆眾，上杉定虎考慮到此次上杉家是興仁義之師，行討逆之事，並沒有打算進行殺降，便下令將那些被俘的長島一向一揆眾盡數押至願證寺寺內町外示眾，以震懾願證寺之中意圖負隅頑抗之人。
不僅如此，原本負責護衛使者下間玄賴衝出上杉軍包圍的服部政光（服部政秀，原織田彈正忠家家臣）、服部興十郎父子在獲知一萬餘長島一向一揆軍在願證寺外被上杉軍全殲後，皆驚懼不已。
與原伊勢水軍眾旗頭服部友貞不同，儘管服部政光也是出自尾張服部一族，但他與其父服部政家皆是出仕於織田彈正忠家。
服部政光本人不僅迎娶了尾張熱田大宮司千秋家的庶流千秋式部少輔之女為正室，還作為織田彈正忠家水軍眾船大將，專門負責兵糧運輸之事。
只是，因服部政光信奉一向宗，便被織田信長派去為三河一向一揆眾輸送糧草輜重。
沒曾想，在上杉家的介入下，三河一向一揆眾敗亡的速度實在是超乎所有人的想象。
加上服部政光配下的兩艘兵糧船被上杉家旗下的遠江、駿河水軍眾擊沉，使得他為了避免遭到主君織田信長的嚴懲，便帶著兒子服部興十郎乘坐最後一艘兵糧船逃往長島願證寺之中。
當時，長島一向一揆眾因服部友貞率伊勢水軍眾倒向上杉家一方後，急需熟悉海運、海戰之人。願證寺證意、下間賴旦、下間賴成、下間豐前法橋、下間豐後法橋、下間賴重等長島一向一揆眾高層在經過商議後，便選擇庇護服部政光、服部興十郎父子，讓其負責建設長島一向一揆眾的水軍。
現如今，長島一向一揆眾經過石山派與長島派的混戰後，是元氣大傷，哪裡有能力去抵禦上杉軍的侵攻？
再加上，上杉家早就對伊勢灣海域進行了全面封鎖，還有志摩水軍眾站在上杉家一方，服部政光可是清楚自己有幾斤幾兩，他可沒有膽量以一艘關船去挑戰伊勢、尾張、志摩、三河、駿河、伊豆、相模等國的水軍眾。
於是，服部政光、服部興十郎父子便很快達成一致，也不繼續駛向伊勢楠木家領內，反而是調轉船頭，直接駛向了桑名郡大島，透過正出仕上杉家的同族服部友貞向上杉家投降，並將下間玄賴以及攜帶的密信交給了上杉定虎。
隨後，城外示眾的俘虜就多了一個下間玄賴。
當長島一向一揆軍在願證寺寺外慘敗，且只剩下下間賴旦一人一騎逃回願證寺後，不單單是願證寺證意，法泉寺空明（香取法泉寺住持）、三好長延（阿波三好家庶流）等人皆是對此怒不可遏。
願證寺，以及寺內町之中的長島一向一揆眾本就只有兩萬餘人，被下間賴旦一戰打沒了一半兵力。而且，其中還有不少有力坊官、僧兵、鄉士、浪人等，留守在願證寺之中的，大都是老弱婦孺，根本難以一戰。若是想要繼續堅守下去，得要有個主心骨，以及有力外援才是。
