隨著願證寺開城投降，以及長島一向一揆眾盡數遣散後，上杉定虎就在長島城、願證寺等地繳獲了不少長島一向一揆眾與伊勢北畠領境內商人自治團體山田三方（三方寄合、三方老若）往來的書信。
山田三方分別是江坂方、須原方、巖淵方，三方其實是指南伊勢會度郡沼木鄉山田村的三個保。因三方和三保讀音近似，世人也就稱之為山田三方。
原本，山田三方所在的山田村是隸屬於伊勢神宮的神領。
可山田三方的豪商們並不願意上繳賦稅給伊勢神宮或是伊勢北畠家。
因看不慣山田三方的所作所為，第五代伊勢北畠家家督北畠政鄉就於伊勢神宮下轄的山田、宇治兩門前町設定了代官，意圖將山田、宇治兩門前町納為伊勢北畠家的直領，這就導致伊勢北畠家與山田三方之間的關係瞬間惡化。
等第七代伊勢北畠家家督北畠晴具在位時期，伊勢北畠家與山田三方之間的關係更是降至最低。北畠晴具還在天文三年（1534年）之際大舉發兵攻向山田村，將山田三方所招募的軍勢擊潰，進而壓制了山田町、宇治町兩地，並納為伊勢北畠家治下。
只是，山田三方的豪商們儘管實力不濟，被伊勢北畠家擊敗，但依舊不願向伊勢北畠家俯首稱臣，他們的最終願望是要像堺町會合眾那樣，不受任何一家大名、寺院神社的控制，且完全實現商人自治，並擁有戰船、武裝，可以與僧俗勢力進行抗衡的資本。
為了達成這一目的，山田三方甚至不惜與長島一向一揆眾、六角家等各方勢力進行暗中勾結，企圖引以為援。
當下間賴旦、下間賴成等石山本願寺坊官下向至長島願證寺後，山田三方的豪商們為了藉助長島願證寺的影響力來與伊勢北畠家進行抗衡，便屢屢向長島願證寺輸送弓矢、彈丸、火藥、糧草等戰略物資。
得益於長島願證寺發生了內訌，說不準上杉家也要像另一個次元的織田家那樣，在討伐長島一向一揆眾之時付出了非常慘痛的代價。
鑑於長島一向一揆眾盤踞在伊勢桑名郡的時間不長，且大部分有力坊官、分寺住持被討取，以及旗下僧兵遭到重創，對上杉家已經不會構成太大的威脅。
上杉清定在經過一番權衡後，便將願證寺證意、法泉寺空明等人桑名郡境內一向宗寺院住持們流放至伊豆下轄的大島之中，安排願證寺顯忍來繼任長島願證寺住持之職，僅保留一萬石願證寺寺領。
在清定看來，自己已經給過長島一向一揆眾機會了，只是他們沒有好好珍惜機會罷了。
而三好長延因其子三好親崇（大島親崇）是木下秀吉的姐夫，便免於流放，與其子三好親崇一同至木下秀吉處效力，待之後將功贖罪。
至於暗中勾結長島一向一揆眾的福島新助、村山掃部助、奧山二郎右衛門等山田三方豪商們，清定並不打算輕易放過他們。
眼下方仁親王即將進入美濃境內，清定還打算從伊勢神宮之中迎出神器八咫鏡，他可不希望出什麼岔子，讓方仁親王的踐祚儀式受到任何影響。
於是，清定也不顧忌伊勢北畠家，直接命間宮康信、山本家次、服部友貞等旗下水軍眾諸將，發兵山田村，將福島新助、村山掃部助、奧山二郎右衛門等山田三方豪商們盡數擒殺，還查抄他們的所有資產，以供軍需，並將他們的家眷盡數流放至陸奧三戶郡三戶城，交由安保泰廣來進行看管。同時，他還下令上杉定虎，讓其繼續率偏師南下，與千種忠治、楠木正忠等己方諸將一同討伐臣從於六角家的神戶家、關家、鹿伏兔家、國府家等大名、國人領主們。
不過，關於伊勢北畠家家老井上專正暗通長島一向一揆眾之事，清定倒是沒有親自進行懲處，反而是交由北畠晴具、北畠具教父子去進行處置。畢竟，井上專正是伊勢北畠家的家老，怎麼處置是伊勢北畠家的內政。
迫於上杉家的巨大壓力，北畠晴具、北畠具教父子只得將井上專正誘殺，隨後將其首級送至尾張古渡城，交由上杉清定去進行首實檢。
至此，伊勢北畠家治下再無親近一向宗之人。
很快，願證寺向上杉軍開城投降的訊息就傳遍伊勢一國全境。
再怎麼說長島願證寺也是北伊勢諸郡之中影響力較大，且一度信徒達到了十餘萬，以及長島願證寺寺領水路密佈，易守難攻，鄰近大名、國人領主無不感到忌憚。
現如今，長島一向一揆眾卻在自相殘殺中迎來了末路，而且上杉家幾乎沒有遇上什麼阻力，就攻至長島一向一揆眾的根本之地願證寺外。
這就使得神戶家、關家、長野工藤家等六角家旗下大名、國人領主們感到極為驚駭。
其中，神戶家家督神戶長盛更是在獲知上杉定虎所率的八萬餘上杉軍偏師即將南下經略伊勢一國後，憂懼不知所為，隨後竟然暴斃而亡。
這還沒完，原本體弱多病，準備繼任神戶家家督之位的神戶利盛還沒辦完其父神戶長盛的葬禮，就在內憂外患的情況下鬱鬱而終了。
如此一來，神戶家還沒等上杉軍攻入治下領國，就面臨斷絕家名的窘境。
雖說神戶家是出自桓武平氏關氏，在鼎盛時期領有鈴鹿郡、河曲郡兩郡二十四鄉之地，但素來與伊勢北畠家之間的關係較為親密。
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