很快，亂成一團的淺井軍就被長野勢的騎馬武士衝散。
在混戰中，長野勢上下無不奮勇當先，死戰不退。隨海北綱親、雨森清貞、赤尾清綱三人主動出擊的不少武士雖然悍勇，但畢竟兵力寡少，根本難以抵擋如同潮水一般蔓延而來的上杉軍。
而淺井軍還沒支撐多久，海北友成（海北綱親長男）、海北助左衛門、赤尾清冬（赤尾清綱長男）、赤尾四郎兵衛（赤尾清綱次男）、赤尾伊豆守（赤尾清綱三男，一說次男）、赤尾與四郎、赤尾筑後守、赤尾孫三郎、雨森清良（雨森清貞長男）、雨森清廣（雨森清貞次男）、雨森藤次等海北、赤尾、雨森三族之中眾多有名武士們紛紛被討取。
其餘淺井軍在看到己方一名接著一名有名武士被討取後，士氣和戰意很快就喪失殆盡，迅速崩潰，進而四散而逃。
海北綱親、雨森清貞、赤尾清綱三人知道大勢已去，但仍然沒有就此向上杉家低頭的想法，他們便率殘部一百餘人繼續向長野業正所在的中山道上杉軍本陣發起突擊。
只是，小穀城南的遭遇戰已經演變為痛打落水狗。
僅剩下一百餘人的淺井軍怎麼可能在士氣、戰意盡喪的情況下突破層層上杉軍的圍追堵截？
結果毫無疑問，海北綱親、雨森清貞、赤尾清綱三人先後在混戰之中分別被長野家與力上泉信綱、長野家筆頭家老藤井友忠、長野家譜代家臣青柳忠家所討取
隨後，遠藤直經、海北綱親、雨森清貞、赤尾清綱等淺井家重臣們的首級與朝倉景鏡、朝倉景健、栂野吉仍、印牧美滿等叛臣們的首級一同被送到清定所在的上杉軍本陣報捷。
雖然本丸、大嶽城兩地已經被孤立起來，但並不代表守軍不知曉小穀城其餘地區以及城外的戰況。
百百內藏助、巖脇定政、田那部式部丞、黑田伊予守等淺井家重臣們在登上本丸、大嶽城中的箭櫓，看到了己方一次又一次決死突擊失敗的情景是面如死灰。他們很快就意識到繼續堅守本丸、大嶽城兩地已經毫無意義了。
在經過了一番商議後，百百內藏助、巖脇定政、田那部式部丞、黑田伊予守等人便達成了一致，讓本丸之中的侍女和老弱病殘之人盡數向上杉軍投降，其餘人等則是各謀生路，不予以阻攔。
至於百百內藏助、巖脇定政、田那部式部丞、黑田伊予守等淺井家重臣們，則是放棄了生路，選擇了切腹自盡。
由於遠藤直經、海北綱親、雨森清貞、赤尾清綱等淺井家重臣們接連陣亡，使得淺井·一向一揆聯軍再也無法抵擋上杉軍的凌厲攻勢。
不僅一度被淺井·一向一揆聯軍奪回的出丸、山崎丸再度易手，就連福壽丸、金吾丸、小丸等地也先後被上杉軍壓制。高宮右京亮、野村孫太郎、田井重兵衛、柳之瀨重介等淺井·一向一揆聯軍之中的有名武士也紛紛被討取。
淺井長政在萬般無奈之下，只得與淺井政元、淺井政之、淺井惟安、淺井亮親、淺井政澄等同族重臣們率殘部三百餘人退守赤尾曲輪。
萬念俱灰、無力迴天的淺井長政在赤尾曲輪堅守至第二天後，便讓庶流的淺井惟安擔任介錯，於赤尾清綱的府邸之中切腹自盡。
淺井政元、淺井政之、淺井惟安、淺井亮親、淺井政澄等淺井一族之人深知無路可逃，也緊隨淺井長政先後切腹自盡。
至此，自大永三年（1523年）淺井亮政崛起以來的淺井家，歷經三十五年三代人後宣告滅亡。
被世人稱之為“北江之鷹”淺井長政，一生如流星般只有短短的十五年，北近江大名淺井家，也在他的手裡終結。
淺井長政並非是無能的闇弱之人，他也曾豪情萬丈，也曾意氣風發，但俗話說“時勢造英雄”。
而淺井長政的時勢則太差了。北近江大名淺井家出身京極家被官、旗下國人領主，先天基盤太弱，又夾在強力大名如六角家、朝倉家、齋藤家之間，戰略迴旋餘地太狹窄，既然不願意仰人鼻息，那麼就只能選擇轟轟烈烈地滅亡。
當然，淺井長政最可貴的，不是他身為君主的能力，而是一種在那種亂世裡難得一見的質樸真誠的感情。
在小穀城即將陷落之時，淺井長政沒有像大部分失敗的大名、國人領主們那樣，殺死正室、側室與子女，而是將女眷送出，希望他們好好地活下去。
淺井長政也許不是一位多麼出色的君主，他的身上確實欠缺那種殺伐果斷的氣質，但他是個真正的人，是個好丈夫，他的生和死的抉擇，也為那個冷酷灰暗的時代，用生命留下了光亮的一筆，即使轉瞬即逝。
如果為了在這亂世裡存活，連做人最基本的底線都喪失的話，即便活下來，怕也是了無生趣了吧。
上杉清定鑑於淺井長政已與其原先正室平井御前離緣，也就沒有對其進行為難，反而是讓其作為自己的信使前往六角家本據觀音寺城，告知六角承禎、六角義治、六角義定父子三人，若是意圖負隅頑抗的話，那麼淺井家就是最好的前車之鑑了。
對於被木下秀吉俘虜的京極高清、京極高廣父子，清定原本是打算將他們作為偽朝方的支持者進行嚴懲。
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