不單單是三好長房、三好勝時等諸多身在山城境內的三好家同族重臣們對三好長逸、三好政康、巖成友通三人代替病重的三好長慶把持家中大權感到非常不滿，就連遠在河內、大和兩國的三好康長、松永久秀等人也派遣使者前來京都責問，並對三好三人眾施加壓力，讓他們儘快勸說三好長慶放棄京都。
可三好三人眾依舊選擇秘不發喪，並拒絕三好家同族、譜代家臣們前去覲見三好長慶。同時，他們還以三好長慶、三好熊王丸的名義下令三好康長、松永久秀等人將河內、大和之兵輸送至山城境內，協助三好軍本隊抵禦上杉軍的侵攻。
原本，三好長慶為了抗擊上杉軍的侵攻，不惜從阿波、讃岐、淡路、東伊予、丹波、攝津、河內、和泉、大和等治下領國之中調集大部分的兵力，並親自坐鎮京都。
三好長慶一開始的判斷是，上杉清定率東國之兵傾巢而出，有備而來，作為進攻方，連獲大捷，士氣正盛，又在近畿諸國作戰，因此他們與曾經的大內家類似，最希望速戰速決。若與其硬碰硬正面交鋒，一旦失利，上杉軍就將兵臨京都之外，如此一來，朝廷、足利將軍家、京兆細川家、三好家皆危矣。而他自己所率三好軍以及旗下大名、國人領主們乃是本土作戰，雖是守方，但只要守住比叡山、宇治川兩道防線，上杉軍就不敢輕易越過比叡山、宇治川兩道防線而去攻打京都或是其他地區。而己方只要固守不出，以上杉軍為主的近三十萬大軍孤軍深入，人吃馬喂每日消耗巨大，糧草補給都得從東國遠道運來，用不了多久，上杉軍的後勤補給就會跟不上。屆時，上杉軍既不能速進，又不得不消耗大量有生力量來攻堅拔點。待到軍卒疲憊，供輸不濟，其士氣必將低迷，自然就會退兵。若其退兵，三好軍只需尾隨追迫，相機反擊，上杉軍逃歸心切，破之必也。如此一來，不僅近畿諸國保全無虞，三好軍還能趁機一鼓作氣攻入北陸道、中山道、東海道諸國，亦未嘗不可。
所以，三好長慶才會選擇將東拼西湊而來的九萬餘軍勢全部壓在京都周邊，深挖濠、築城池、廣積糧，準備與上杉軍進行長期對峙。
只不過，三好長慶突染惡疾，三好軍潰敗之速，上杉軍攻勢之猛等諸多不利訊息，完全大出偽朝一方所料。
不僅比叡山、宇治川兩道防線在上杉軍的猛攻之下，皆沒能支撐一天的時間陷落，甚至連三好家視為山城北部重要屏障的丹波一國都被上杉軍的一路偏師迅速壓制，進而威脅到了播磨、攝津、山城三國北面的境目地帶。
而且，自從丹波一國被上杉軍壓制後，作為上杉家旗下大名的山名家、丹後一色家也因此消除了自身的肘腋之患，隨後就將糧草輜重、兵員大肆輸送至丹波境內，策應上杉軍本隊的行動，並進一步對支援偽朝的赤松家、播磨一向一揆眾施加壓力，以及牽制其兵力。
眼見形勢對偽朝一方是愈發不利，竹中重治再也坐不住了，他深知上杉家既然已經壓制丹波一國以及攻破比叡山、宇治川兩道防線後，下一步必將傾全力攻打京都。
在無法面見三好長慶的情況下，竹中重治就只能退而求其次，選擇勸說三好三人眾，放棄京都，退守桂川（葛野川）以西的勝龍寺城、澱城、革島城、嵐山城、峰之堂城、築山城、山崎城等易守難攻、地勢險要之地，並伺機對進入京都的上杉軍進行火攻，以此來達到大量殺傷上杉軍，並阻遏其進軍勢頭。
對於竹中重治的提議，已經無計可施的三好三人眾在經過一番權衡後還是採納了。
之所以三好三人眾會在此時採納竹中重治的提議，是因為三好軍屢戰屢敗，在失去了石山本願寺支援的情況下糧草即將告罄，人心更是產生了浮動，很難再繼續堅守在京都一帶。
再加上，京都周邊早就被三好軍濫妨狼藉多次，已經沒有油水可榨。三好三人眾認為還不如退守山城、攝津兩國境目地帶的勝龍寺城、澱城一帶，三好軍還能借助水軍優勢，從澱川獲得糧草輜重的補給，以緩解後勤壓力。
人性如此，他不能承認你好，因為那樣就說明他前面的選擇就做錯了。讓人承認自己錯了這事對人性屬實是超綱了。這東西就得不斷的拿利益威懾和戰力威懾去打打屁股，一頓大嘴巴子呼臉上比啥注重方式方法都治病。
但是，還沒等三好三人眾做好撤出京都的準備，上杉軍方面的攻勢並沒有停下。
上杉清定在將本陣移至膳所城後，就開始實施破襲騷擾戰術。令宇佐美定勝、甘糟景持、金津義舊三人率本部騎馬武士，在多羅尾光俊、藤林正保所率的御庭番眾引導下，每天晚上都趁夜色從小道繞過三好軍的防守陣地，深入京都之中，大肆襲擾破壞縱火燒燬三好軍糧藏，又殺傷一部分三好軍，甚至是燒燬偽朝高位公卿的宅邸，使得三好軍各部受其襲擾，非常慌張。
由於京都各地燃起的熊熊烈焰，把夜色裡的京都照得有如白晝一般。在上杉軍的大肆襲擾下，京都之中流言四起，人心惶惶，周邊地區更是盜匪橫行，到處在趁火打劫。
京都周邊頓時動盪不安和緊張慌亂起來，莫名的恐慌惡疾一般，迅疾傳入朝堂和深深禁裡御所之中，每個人都惶惑不安，不知所措。偽上皇伏見宮邦輔帶著二條晴良、九條稙通、今出川公彥、花山院家輔、高倉永相、廣橋國光、薄以緒、庭田重保等偽朝高位公卿，看著禁裡御所周邊升起的滾滾濃煙與滔天烈焰，不禁面面相覷，難掩懼色。
見局勢動盪，人心不安，偽朝之中的大部分人都開始質疑三好家的應對之策。大家都紛紛上奏伏見宮貞敦、伏見宮邦輔父子，認為上杉軍人多勢眾，三倍於三好軍，又有山名家、丹後一色家等鄰近近畿的大名支援，三好軍卻龜縮在京都周邊的城池兵砦之中，任由上杉軍挑釁襲擾卻無所作為，這要不就是膽怯無能，要不就是有放棄京都的意圖，應儘快西狩阿波，以此來躲避上杉軍的兵鋒。
不久後，上杉軍本隊先陣八條房繁趁著三好軍本隊被宇佐美定勝、甘糟景持、金津義舊三部，以及北陸道上杉軍主力所牽制之際，以五千餘軍勢突入位於京都東南方的宇治郡山科一帶，僅僅用了一天的時間就將京都外圍重要支城之一的山科音羽山城攻落。自守將四手井家保、四手井家武、巨勢兵庫助等人以下六百餘人被討取。
而後，八條房繁更是馬不停蹄地，向宇治郡腹地進發，又接連攻落了逢坂山城、大塚城、小山城等城池兵砦，討取了安威兵部少輔、赤塚家清、朝日新三郎、栗津甚三郎、有馬源次郎、飯尾為忠、飯田左吉、木村小四郎諸多等足利將軍家奉公眾、奉行眾，還將大谷口、小關越這兩個進出山科的必經之地壓制。
如此一來，上杉軍的兵鋒距離禁裡御所僅剩下不足八里之地。
上杉軍亮出的太刀已經離偽朝高層的腦袋不遠了。
獲知上杉軍本隊已經由大谷口、小關越兩路大舉攻入宇治郡境內，三好三人眾只得痛罵足利將軍家的奉公眾、奉行眾無能，並令三好長房、三好勝時等將堅守八瀨城、松之崎城、北白川城、巖倉上藏城等地，想方設法牽制北陸道上杉軍，使其無法與上杉軍本隊進行合流。
同時，三好三人眾只得改變計劃，集中現有的三好軍本隊、足利將軍家奉公眾、京兆細川家被官眾，以及前來勤王的一萬一千餘河野軍，打算以這八萬餘軍勢在山科盆地擊退上杉軍本隊。
畢竟，進行西狩之事可不是那麼簡單的。
首先，偽法皇伏見宮貞敦、偽上皇伏見宮邦輔等伏見宮一脈皇族之人就需要準備好牛車、護衛，還需要在保密狀態下進行，以免造成京都之中發生恐慌；
其次，足利義輝、細川氏綱、二條晴良、九條稙通、今出川公彥、花山院家輔、高倉永相、廣橋國光、薄以緒、庭田重保等偽朝高層也需要為他們準備馬匹、牛車、護衛，將他們護送至攝津或和泉的海港之中乘船；
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