隨著上杉軍將京都各處的火災撲滅，以及將京都的治安穩定下來後，上杉清定可沒有無視到京都周邊發生饑荒的問題。
於是，清定便下令從若狹、越前、越中、美濃、尾張等治下領國之中的存糧調出，用於借貸給京都周邊的百姓。
清定的決斷下達後，宇佐美定滿、長野業正、新發田長敦、直江景綱、大熊朝秀、樋口兼豐等家中重臣們紛紛表示反對，並表示京都周邊百姓貧苦，恐怕不能償還。
對此，清定並沒有採納，反而解釋道：“洛陽、長安既然收復，那麼周邊之民那都是餘的孩子啊！哪有孩子倒懸而父不為之解救的！誰說要他們必須要還的？！”
清定深知京都遭到頻繁的兵燹後，周邊百姓早已是衣不蔽體、食不飽腹，幾乎是每天在生死的邊緣掙扎著。真要讓他們如數歸還那些借貸出去的糧食，難度是堪比登天。
當然，也有人質疑清定此舉，他這般高風亮節，為什麼不直接送呢？反而是要以借貸的方式放糧呢？
在清定看來，直接送就救不了那麼多人了。
只有知道借貸需要還，才會借恰到好處的糧食，才會省著吃，才會讓糧食救更多的人。
實在還不上是可以免的，但白送的糧食會遭到巨大的浪費，也起不到賑濟的作用。
順應人性，別挑戰人性，北宋時期的王安石就不懂這個道理。
隨後，上杉家就開始對俘虜的偽朝高層進行清算。
偽關白二條晴良、偽內大臣九條稙通、偽大納言今出川公彥、偽右大臣花山院家輔、偽權大納言高倉永相、偽大納言廣橋國光、偽權大納言庭田重保、偽陰陽頭勘解由小路在富等偽朝高位公卿們因協助三好家、六角家行謀朝篡位之事，並支援伏見宮一族入主禁裡御所，清定便下令將這些人盡數押至加茂川東岸，當著三好家重臣巖成友通的面斬首示眾，以此來警示世人，這就是依附、親近三好家謀朝篡位的下場。
要知道，京都一帶從未有過如此規模遭到處刑的天潢貴胄、公家名門，甚至是皇室旁系。放在整個扶桑歷史上都是極為罕見的。
之所以清定不選擇將行刑之處設定在禁裡御所應天門外的朱雀大街上，是因為官軍的兵鋒與三好家所佔據的山城一隅之地只隔著一條加茂川。
加上三好軍已經在山科原之戰中遭到重創，連山城都快保不住了，哪裡還有餘力去管伏見宮一族以及偽朝的高位公卿？
在宇都宮定綱的一聲令下，這些往日衣著光鮮、身份尊貴之人在轉瞬之間紛紛人頭落地。之後，首級還被放置在加茂川東岸附近示眾。
固守在勝龍寺城的巖成友通看得是心驚肉跳，幾乎肝膽俱裂。
巖成友通深知僅憑勝龍寺城中的近千殘兵敗將根本不是挾大勝之餘威的上杉軍敵手，便在處刑當天夜裡帶著三好長慶的屍體棄城逃往攝津越水城。
眼見巖成友通都棄城而逃後，三好祐長、三好盛長、三好盛政、三好遠江守等三好家同族重臣們也紛紛效仿，緊隨其後，一矢不發的就放棄了嵐山城、革島城、澱城、山崎城等鄰近山城、攝津兩國境目地帶的城池兵砦。
即便上杉家已經處決了以二條晴良、九條稙通、今出川公彥、花山院家輔、高倉永相、廣橋國光、庭田重保、勘解由小路在富等人為首的偽朝高位公卿，但依舊沒有放過他們的家眷，清定直接將這些逆臣的家眷子嗣盡數流放至蝦夷地，交由松前家進行看管。
起初，正親町天皇是有意赦免那些偽朝高位公卿的。若是這些人真被上杉家盡數處決了，那麼之後的朝廷豈不是為之一空？將來朝廷裡不就只剩下親上杉家的公卿了嗎？
為此，正親町天皇還特意讓近衛前久出面，準備讓清定赦免一些偽朝高位公卿。
沒曾想，近衛前久還是因南近江諸郡爆發國人一揆後晚到一步，沒能從上杉軍的刀下救出一些偽朝高位公卿。
儘管薄諸光、土御門久修等人也是一度站在偽朝一方，但他們在想方設法出面斡旋後，還是保全了親上杉家一方公卿的生命。
故而，清定並沒有去追究薄諸光、土御門久修等人的責任，反而是將功折罪，保留他們的官位。
當然，清定對自己的所作所為還做出解釋，就讓側近山崎秀仙作為佑筆，進行上奏：“開匣出虎，孔宣父不責他人；當路斬蛇，孫叔敖蓋非利己。專殺不行於閫外，先機恐失於彀中。”
清定的意思非常簡單，自己先斬後奏完全是為了維護皇室、朝廷的尊嚴罷了。
