就在上杉清定率官軍主力盡數渡過宇治川，與三好軍于山科原發生激戰之際，後方著火了。
六角家在上杉家發起大舉上洛後，因觀音寺之變所帶來的後遺症，是兵敗如山倒。不僅本據觀音寺城沒能保住，還失去了犬上郡、蒲生郡、愛智郡、神崎郡、野洲郡、栗太郡等大部分的領地，僅剩下甲賀郡大部以及伊賀一部苟延殘喘著。
六角承禎、六角義治父子狼狽逃往南近江甲賀郡與伊賀的深山老林之中，以此來躲避上杉軍的兵鋒。即便以上杉軍為首的官軍猛攻三好家佈置的比叡山、宇治川兩道防線，他們依舊是按兵不動，無動於衷，絲毫沒有配合偽朝賊軍主力行動的想法。
等到上杉清定統轄大軍攻入山城境內，與三好長逸所統轄的偽朝賊軍主力于山科原相持之際，六角承禎、六角義治父子這才認為恢復舊領的時機已至，便大舉招募舊部、浪人、鄉士、旗下國人領主等組成軍隊反擊上杉家。
當然，六角承禎、六角義治父子還不忘拉上同一陣營的伊賀守護仁木義視。
由於伊勢北畠家已被三好家所調略，這就使得六角家、仁木家實際上消除了後顧之憂，可以削減鄰近伊勢境目地帶的守軍。
再加上，六角承禎、六角義治父子在逃入甲賀郡境內的這段時間裡，可不是在隔岸觀火、坐以待斃。一方面，他們著手對倒向上杉家一方的藤林家、多羅尾家進行牽制、封鎖，以免藤林家、多羅尾家將上杉家的大軍引入甲賀郡；另一方面，他們還對先前倒向上杉家一方的家中重臣、旗下國人領主進行調略寢反。
其中，真光寺住持真光寺周揚（池田景雄之父）、山崎城城主山崎片家之父山崎宗家、久德城城主久德即時、肥田城城主高野瀨秀隆、平井城城主平井定武、福島城城主平野土佐守、北里城城主高畠源十郎、太尾城城主宮木賢祐（宮木重祐之子）、佈施山城城主佈施公保、星之崎城城主鏡兵部少輔、蒲生家家老河井利康等人先後被六角承禎、六角義治父子所調略。
而上杉清定在發兵西進之前，為了鞏固南近江諸郡的統治，以及確保己方的糧道和退路，便安排和賀義明進駐市三宅城，稗貫義時進駐上鉤寺（永正寺，原第六代室町殿足利義尚本陣），木曾義康進駐穀城，大崎義直進駐山田城，葛西晴信進駐矢島城······
但清定還是低估了六角家、仁木家僅剩且殘存的人望。
原本，六角承禎是準備坐等上杉家與足利將軍家、京兆細川家、三好家在山城打個兩敗俱傷後，自己坐收漁翁之利，還能伺機重返原先的本據觀音寺城。
可是，隨著偽朝一方的形勢不斷惡化，使得六角承禎不得不放棄這個打算。
而後，在仁木義視、三雲定持（三雲成持之父）、三井治秀、望月吉棟、山中俊好、百地三太夫、森田浄雲、植田光次、野村孫太夫、町井貞信、福喜多將監、石部家清、黑川修理進、佐治河內守、巖室大學助、高峰藏人、土山鹿之助、伴五兵衛、上野主膳正、高羽左兵衛（上野之左）等甲賀、伊賀諸將的支援下，六角義賢、六角義治父子成功聚集起一支八千餘規模的軍勢，對外號稱兩萬大軍，並煽動犬上郡、蒲生郡、愛智郡、神崎郡、野洲郡、栗太郡等南近江諸郡發起一揆反抗上杉家的統治。同時，六角·仁木聯軍還出兵渡過野洲川，將本陣設定在野洲川北岸的不遠處的菩提寺城之中。
此次，六角承禎、仁木義視二人是下了血本，將僅剩的財物都散發出去，不僅召集了鄉士、退隱老臣、地頭武士、旗下國人領主，還招募了大量浪人、山伏，就為了一舉切斷以上杉軍為主的官軍主力退路以及糧道，讓官軍主力陷入首尾難以兼顧的窘境之中。
於是，六角承禎、仁木義視二人便發揮出麾下軍勢熟悉地理，且大都由忍者、鄉士組成，意圖扼住官軍主力的咽喉。他們頻繁派遣一組又一組的甲賀眾、伊賀眾去襲擾駐紮在市三宅城、上鉤寺、穀城、永原城、巖倉城、山田城、矢島城等地的守軍，還專門挑上杉軍的軟肋下手——小荷馱隊、糧藏、各種府庫等。
不僅如此，六角·仁木聯軍麾下的甲賀眾、伊賀眾還趁著夜色的掩護，潛入市三宅城、上鉤寺、穀城、永原城、巖倉城、山田城、矢島城等地縱火，將這些城池兵砦的長屋、柵欄、逆茂木等諸多設施焚燬，而後又大搞夜襲，鬧得南近江諸郡各地的上杉軍是人心惶惶、士氣低落。以至於南近江諸郡之中的上杉家守軍都不敢輕易出城，生怕哪天自己前腳出了城，後腳就成為失蹤人口。
這就好像有一群蒼蠅，在留守在上杉軍諸將耳朵邊上不停的嗡嗡作響，搞得眾人是心煩意亂。可謂是飯也吃不好，覺也睡不香。
最為氣人的是，留守的上杉軍諸將對這群來無影、去無蹤，且神出鬼沒的六角·仁木聯軍麾下甲賀眾、伊賀眾是毫無辦法。
若是發兵追擊、搜尋，就有可能出現敵軍趁虛而入的情況。若是投鼠忌器，那麼負責留守的上杉軍將會被六角·仁木聯軍切斷與外界的一切聯絡，最終被困死。
留守於觀音寺城的上杉定虎在獲知六角·仁木聯軍北上，且煽動了南近江諸郡爆發國人一揆的訊息後，並沒有立即率本部軍勢從觀音寺城出陣彈壓，反而是選擇堅守不出。
在上杉定虎看來，六角·仁木聯軍的聲勢浩大，已經聯合南近江國人一揆眾將市三宅城、上鉤寺、穀城、永原城、巖倉城、山田城、矢島城等城池兵砦圍困，就連居城鄰近觀音寺城的高野瀨家、平井家、山崎家、高宮家、久德家等南近江國人領主們也先後舉兵響應六角·仁木聯軍的行動。
若是上杉定虎率軍從觀音寺城出陣，很難確保吉田家、後藤家、進藤家、目賀田家等其餘尚未叛離的南近江國人領主們是否還會忠於上杉家。
更何況，若是六角·仁木聯軍真的志在必得、所向披靡，那麼何必要弄得如此雷聲大雨點小？至今連一座重鎮要地都沒有攻落？
經過再三權衡後，上杉定虎為了不增大主君上杉清定處的壓力，並沒有向其請求任何援軍，反而將原先陸路運輸的糧草輜重改為了從琵琶湖上運輸。同時，她還命麾下的軒轅眾去傳令南近江諸郡的留守諸將，要去他們堅守不出，不要受六角·仁木聯軍的挑釁而擅自出戰。
畢竟上杉家家大業大，還是經得起折騰的。
而且，上杉家所掌控的城池兵砦大都沿琵琶湖，或是沿宇曾川、愛知川、野洲川、芹川、天野川，還掌控著朝妻湊、今浜湊、松原湊、堅田湊、和彌湊、舟木湊、勝野湊、木津湊、海津湊等琵琶湖沿岸的所有重要港口。
這就使得六角·仁木聯軍就算對南近江留守的上杉軍造成很大麻煩，但仍無法徹底切斷他們與上杉軍本隊之間的聯絡，以及糧草輜重的補給。
