第二路，由宇佐美定滿為大將，節制水谷正村、長尾當長、一栗放牛等將，以八千餘軍勢配置五門佛郎機炮，從川守城東南方的上南城出陣，在經水口丘陵後，攻向甲賀山中城；
第三路，由蒲生賢秀為大將，蒲生定秀為副將，率一千餘軍勢負責攻打音羽野城、土山城、平子城等地；
第四路，由後藤高治為大將，節制青地茂綱、山岡景隆、馬淵宗綱、永原重虎等將，以五千餘軍勢從青地城出陣，攻向石部城西面支城多喜山城；
第五路，由八條定繁為大將，節制穴澤氏清、八戶治義、曾我助乘、大館義實、大館晴光等將，以五千餘軍勢配置三門佛郎機炮，從山城木津城出陣，與藤林家一同夾擊伊賀眾的增地家、田矢家；
······
面對上杉軍的多路攻勢，認為上杉清定喜得一子而放鬆警惕的六角家是猝不及防，甲賀郡與野洲郡、蒲生郡、栗太郡境目地帶的防線在短時間內就被攻破，進而全線崩潰。
櫻田景親所節制的藤堂虎高、河田元親、吉田重高等將皆是出自南近江諸郡，且對六角家的底細非常熟悉。這一路軍勢在越過八重谷後，就迅速迫近石部城北面的支城菩提寺城、青木城。
雖然菩提寺城、青木城兩城的守軍很早就在城外佈置了大量的逆茂木、亂杭（佈置不規則的密集尖銳木樁纏繞藤蔓）、撒菱（四角都有尖刺，其中一角固定朝上）、柵欄等大量阻遏行軍以及攻城之物，但上杉軍的攻城戰術早就不使用蟻附攻城了。
隨著櫻田景親的一聲令下，三門佛郎機炮在架設好後就朝著菩提寺城、青木城兩城展開猛烈炮擊。
即便菩提寺城、青木城兩城連成一體，還是修築于山谷之中，剛好坐落於野洲川中郡橋以北，是上杉軍南下攻向石部城的必經之路。
可六角軍用於守城的大都是傳統守城器具，連鐵炮都少得可憐，就更別說火炮了。
上杉軍所配置的佛郎機炮是配備了七個子銃，在短短幾分鐘內就能傾瀉出上千發乃至數千發不等的彈丸。
當接二連三的轟鳴聲不斷響起，上杉軍陣地更是硝煙瀰漫。
等微風逐漸吹散硝煙後，上杉軍上下這才發現菩提寺城、青木城兩城的大手門、箭櫓、板屏等大部分木質城防設施已經在炮擊之下千瘡百孔。
其中，最為誇張的是，大手門更是被佛郎機炮轟得滿是彈孔。
至於菩提寺城、青木城兩城的守軍被佛郎機炮轟得是鬼哭狼嚎，只好躲在角落之中，連頭都不敢抬。守將建部秀清、建部秀信等人見此情景是驚懼不已，面如土色，完全失去了繼續籠城固守的底氣。
還沒等建部秀清、建部秀信等人想好應對之策，上杉軍陣地上就吹響了進攻的法螺聲。
菩提寺城、青木城兩城的守軍在聽到上杉軍的法螺聲後，還以為他們又一次要遭到炮擊，倖存的足輕、農兵也不顧武士的訓斥、叫罵，紛紛不約而同地丟盔棄甲而逃。
不過，這一次建部秀清、建部秀信等建部一族之人沒有選擇隨守軍一同棄城而逃，反而是退入菩提寺城的本丸大廣間之中。
因為，建部秀清、建部秀信等人在箕作城之戰中，眼見以上杉軍為首的官軍勢大，就拋棄同僚棄城而逃。而後，他們又在長光寺城之戰中擁兵自重、儲存實力。
若非以百地三太夫為首的伊賀眾加勢和監視，建部秀清、建部秀信等人還打算拋棄主君六角承禎繼續南逃。
此時的建部秀清、建部秀信等人自知就算率殘部逃入伊賀，也無法讓主家像曾經那樣扭轉敗局、奪回舊領。
不論是伊賀國還是甲賀郡，通往山城、伊勢、大和等國的交通要道皆被上杉軍設定了關所封鎖起來，就算是手無寸鐵的百姓透過都要嚴加盤查，更別說武士、忍者了。
再加上，上杉軍在過去的二十幾年中幾乎一直在打仗，是百戰精銳；而六角家、仁木家的軍勢來源非常複雜，有臨時招募的浪人、山伏、盜賊等，也有旗下國人領主、忍者、徵召農兵等，大部分人甲冑不齊，有不少人甚至未經訓練、第一次上戰場。
這麼一對比，孰強孰弱就一目瞭然。
在人數、裝備、士兵素質、指揮官素質都不佔優的情況下，六角家和仁木家要是能打得贏，那除非獲得八幡大明神的相助，或是讓源義經、木增義仲、源義經、北畠顯家等猛將死而復生。
最後，建部秀清、建部秀信等人沒有再度棄城而逃，更沒有背叛自己的主君，反而是帶著建部一族武士以及郎從一百餘人齊聚在本丸大廣間之中，或是切腹，或是自刎。
至於鄰近菩提寺城、青木城兩城的穀城守軍在聽聞兩城在半天之內就被上杉軍攻落後，無不感到驚恐萬分，黑川與四郎（黑川修理進之子）、芥川七郎兵衛（芥川左京亮之子）等守將麾下軍勢大都是由忍者組成，並不擅長守城，他們自知不敵，就毫不猶豫的選擇率麾下軍勢棄城逃往石部城。
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