對於佈施淡路守、伊佐野上野介、筱山景春、毛枚太郎等六角家降將，上杉定虎看在他們主動縋城而下向上杉軍投降，並告知城中的情況，就赦免了他們，暫時劃歸木下秀吉節制，擔任木下家的與力。
鑑於近江、大和、伊賀、和泉等國的地理位置非常重要，且在戰後不能造成長時間的權力真空，上杉定虎隨後就開始著手使用被主君上杉清定授予的暫定知行權、便宜行事之權，對上杉家新兼併的領地進行相關的人事安排：
雨乞山城城主藤林正保，協助上杉家靜謐伊賀一國有功，加封伊賀阿拜郡田矢城五千石知行地，兼任仁木館城代，伊賀守護代、阿拝郡郡司、伊賀郡郡司等職入故；
小川城城主多羅尾光吉，協助上杉家壓制甲賀郡、攻滅六角家，並討取朝敵六角承禎、六角義治父子有功，加封甲賀郡三雲城一萬石知行地，改任甲賀郡郡司，山城相樂郡郡代入故；
霧山城城主沼田祐光，壓制伊賀一國有功，加封伊勢度會郡三瀨城兩萬石知行地，改任伊勢守護代，山田奉行、大湊奉行以及飯高郡、多氣郡、一志郡、度會郡四郡郡司等職入故；
久居城城主藤田氏邦，在參陣攻略伊賀過程中屢屢立下一番乘、一番槍等戰功，從伊勢一志郡轉封至伊賀山田郡植田城，領有兩萬五千石知行地，並擔任山田郡郡司；
伊勢國司北畠家家宰鳥屋尾滿榮，協助上杉家靜謐大和、伊賀兩國有功，受封大和葛下郡信貴山城，領有兩萬八千石知行地，並擔任葛下郡郡司；
平井城城主木下秀吉，協助靜謐近江，以及及時奪回上杉軍糧草輜重，加封愛知郡鯰江城一萬六千石知行地，並擔任愛知郡郡司；
筒井城城主筒井定慶，因福住順弘、森好之、松倉秀政、島清國等家中重臣們協助上杉家靜謐大和、伊賀兩國有功，加封多聞山城兩萬石知行地，並擔任大和守護代兼添下郡、添上郡、平群郡、廣瀨郡四郡郡司；
柳生城城主柳生宗嚴，協助上杉家靜謐大和、伊賀兩國有功，從大和添上郡轉封至伊賀名張郡比奈知城，領有兩萬五千石知行地，並擔任名張郡郡司；
木津城城主穴澤氏清，協助靜謐大和、伊賀、近江三國有功，加封大和添上郡柳生城七千石知行地，仍擔任綴喜郡郡司、黑雲備軍奉行等職如故；
四手井城城主八戶治義，協助靜謐攝津、和泉有功，從山城宇治郡轉封至大和高市郡貝吹山城，領有三萬五千石知行地，解任宇治郡郡代，改任高市郡郡司；
興福寺大乘院門跡大乘院尋憲，協助上杉家靜謐大和、伊賀兩國，以及為上杉軍籌措糧草輜重有功，擔任興福寺別當；
若江城城主畠山在氏，協助靜謐河內、大和、伊賀三國有功，從河內丹北郡若江城轉封至大和宇智郡今井城，領有兩萬石知行地，解任丹北郡、八上郡、涉川郡三郡郡司，改任河內守護代兼大和吉野郡郡代；
大寶寺城城主三好笑巖，協助靜謐河內、大和、伊賀三國有功，加封大和葛下郡岡城一萬石知行地，並擔任葛下郡郡代；
飯盛山城城主大館晴光，協助靜謐河內、大和、伊賀三國有功，加封讃良郡三箇城八千石知行地，仍擔任讃良郡郡司如故；
增地城城代大館義實，協助靜謐伊賀有功，受封伊賀阿拜郡增地城，領有一萬兩千石知行地，仍擔任阿拜郡郡代入故；
多喜山城城主細川藤孝，封鎖甲賀郡境目地帶，以及討取河端義政一行人有功，加封甲賀郡石部城七千石知行地，栗太郡郡代如故；
十市家庶流十市遠長，協助上杉家靜謐大和、伊賀兩國有功，繼承十市家家名，領有三萬四千石知行地，並擔任十市郡郡司；
貝塚寺城城主河田元親，堅守岸和田城，以及協助靜謐和泉有功，加封岸和田城一萬五千石知行地，仍擔任泉南郡郡司如故，中村高次、加地久勝、和久宗是等原松永家家臣作為與力；
藤堂城城主藤堂虎高，協助靜謐近江有功，加封犬上郡久德城七千石知行地，並擔任犬上郡郡代；
肥田城城主金津義舊，堅守肥田城、協助靜謐近江有功，加封犬上郡高宮城七千石知行地，仍擔任犬上郡郡司如故；
佐生城城主後藤高治，協助靜謐近江有功，加封甲賀郡三雲城一萬五千石知行地；
和泉守護細川常元，協助靜謐和泉有功，受封和泉大鳥郡陶器城，領有一萬石知行地；
和泉松浦家家督松浦虎，協助靜謐和泉有功，受封和泉日根郡雨山城，領有兩萬石知行地，並擔任日根郡郡代；
和泉上守護細川家末裔細川政清，協助靜謐和泉有功，受封和泉日根郡高井城，領有一萬石知行地，並擔任日根郡郡司，繼承細川淡路守家家名，遙領淡路津名郡郡司，石津右馬允、井上四郎左衛門尉、大鳥新次郎、成田式部丞等原細川刑部大輔家家臣作為與力；
瀧野城城主大江貞清，協助上杉家靜謐伊賀一國有功，享有本領安堵待遇；
正覺寺、正明寺等伊賀境內一向宗寺院寺領安堵入故；
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