就在大明使團一行從小田原湊登船離開的同時，延友信光、遠山直廉、遠山景男、遠山友忠、遠山景行、遠山友信等美濃諸將，在接到上杉清定的密令後紛紛行動起來。
先前，快川紹喜、速傳崇販、慧雲宗智等人還庇護了不少武田家舊臣，甲斐飛助、甲斐六郎等原武田家旗下忍者們在獲知上杉家旗下的美濃國人領主們有異動，且正在調兵遣將後，就火速告知了快川紹喜。
此時的崇福寺、瑞龍寺、龍慶寺等臨濟宗妙心寺東海派寺院之中仍有諸角賴重、八重森家昌、橫田康景、相川甚五兵衛、伊藤玄蕃、內田監物、大村忠堯、大井攝元等武田家的舊臣在寺院裡出家為僧。
快川紹喜並不知曉上杉家已經將長禪寺住持春國光新、東光寺住持藍田惠青等甲斐臨濟宗妙心寺派高僧於小田原城外當眾進行甑刑，以及抄沒長禪寺、東光寺等寺院的寺領、寺產之事。
快川紹喜倒是絲毫沒有畏懼，他並不認為信奉臨濟宗建長寺派的上杉家高層會對自己貿然下手進行清算，先前他可是狂妄的對前任美濃守護代齋藤義龍表示：“你只是一州的太守而已，而貧僧卻是三界之中的法師。”
加上長井道利、佐藤忠能、岸信周、東胤俊、國枝正則等美濃有力國人領主們還與臨濟宗妙心寺派寺院之間有著非常密切的聯絡，使得快川紹喜認為上杉家不敢拿自己怎樣。
可是，快川紹喜還是低估了上杉清定。
之所以清定會密令延友信光、遠山直廉、遠山景男、遠山友忠、遠山景行、遠山友信等人負責率軍突襲崇福寺、瑞龍寺、龍慶寺等臨濟宗妙心寺派寺院，是因為他看重這些人曾經並沒有獲得過美濃守護代齋藤家的信賴和重用，且與臨濟宗妙心寺派之間沒有太多的利益牽扯。
再加上，清定可不希望大明使團再度於美濃境內遭到敵對勢力的襲擾。
如今扶桑境內，不論是天台宗還是臨濟宗、法華宗、一向宗、曹洞宗等佛教派系，高層僧侶們早已不再是清修的宗教從業者，而是徹底轉化為享有世俗特權的“宗教貴族”。他們的生活狀態，遠比一般的大名、國人領主過得滋潤。而原本用來供奉神佛的寺庫，也逐漸積累了難以估量的財富，成為亂世之中唯一的“富貴洞天”。
經濟特權的擴張，必然帶來武裝化的需求——這是寺院勢力在亂世中自保並進一步擴張的必然選擇，其邏輯和世俗大名建立私兵武裝完全一致。
寺院武裝化的初始動因，是保護自身的莊園和利益。隨著寺院領地不斷擴張，地方上的土豪、賊寇對其財富的覬覦與日俱增，而世俗政權既無力提供保護，甚至還有不少地方勢力，試圖趁機侵佔寺院的免稅莊園。在這種背景下，寺院不得不招募私人武裝，進行自我保護——僧兵這一特殊武裝力量，就此正式登上歷史舞臺。
寺院的武裝化，本質上是其世俗利益與宗教權威深度繫結後的必然結果。
與僧兵同步成型的，是寺院自身的“割據治理體系”。
例如比叡山延歷寺，它以比叡山的根本中堂作為政治決策核心，以山王二十一社作為軍事防禦據點，再將上百處支院、坊舍沿著山體的天然地形錯落排布，硬生生打造出了一套多層級的山地防禦體系。
而石山本願寺的割據體系，發展得更為成熟——依託著位於扼攝津、河內、山城三國咽喉的石山御坊這座古城池，逐漸形成了高度自治的“寺內町”。這片區域，不僅擁有完全獨立的自衛武裝，還擁有獨立的稅收政策、交易市場和司法審判權；在其勢力範圍之內，世俗大名的所有政令、所有權力機構，都被完全排除在外。這裡的居民，只需要向寺院繳納貢賦，不需要向世俗大名繳納任何賦稅；世俗的律法、行政、司法權力，在這裡徹底失效。
憑藉著經濟和軍事實力的支撐，寺院勢力的野心，早已不滿足於割據自己的莊園領地——他們以“佛法”的宗教權威為後盾，將觸手伸到了世俗的所有核心政治領域，強行干預所有事關國家、地方的重大事務。
隨著上杉家逐步穩固了山城、越前、若狹、丹後、尾張、伊勢等近畿諸國的統治，以及徹底靜謐近江、伊賀、大和、攝津、紀伊、和泉、河內等國後，清定自然不能容忍美濃境內出現不受上杉家法度約束的國中之國。
畢竟，強力寺院勢力的存在，本身就是對世俗大名領國制的天然破壞。這是由寺院勢力的本質屬性決定的：寺院的“不輸、不入”特權，就意味著世俗大名無法從這些免稅的莊園領地，獲取到維持軍隊、治理領地所需的稅源。而寺院對地方政務的干預，以及一揆的頻繁暴發，更是直接挑戰著世俗大名在領地內的絕對統治權威。
正當快川紹喜還在盤算著如何將美濃境內的武田家舊臣們送往西國、四國、九州等地去加入反上杉家一方勢力之際，上杉軍就已經兵臨寺外了。
雖說崇福寺也豢養了僧兵，但規模並不能與比叡山延歷寺、平泉寺等強力寺院相比，僅有一百餘人，還算上了剃髮出家，藏匿於寺中的武田家舊臣的情況下。
諸角賴重、八重森家昌、橫田康景等人深知上杉軍是來者不善，必然是藏匿於寺中之事被上杉家探知。
故而，諸角賴重、八重森家昌、橫田康景等人就率僧兵緊閉總門，據守於崇福寺之中，準備與來襲的上杉軍拼個魚死網破。
延友信光、遠山直廉等將見狀不禁大喜過望，他們巴不得崇福寺進行負隅頑抗，自己好在出兵的過程中多討取一些首級，儘可能的增加戰功。
於是，延友信光、遠山直廉等將毫不猶豫的下令將崇福寺團團包圍起來，並向寺中拋入火把、焙烙玉，以及放出火矢。
