十月下旬，天京城內的新政令推行進入了第二週。
城門口和街巷的告示欄前依然有人駐足，但圍觀的人群比最初幾天少了許多，取而代之的是每天固定來讀報的幾個識字人，他們把報紙上的新政內容和各府反饋帶回茶館和碼頭，在人群中逐條擴散。各府的善後處已經進入了日常運轉的節奏，新政令的推行、田畝的登記、戶籍的編造、糧倉的盤點和驛站的恢復，都在按部就班地推進。
但軍事方面還有一件大事沒有落定。
十月二十三日的傍晚，石達開到了天王府。他在正殿裡坐下來，面前攤著那幅新繪的太平天國全境軍事態勢圖。圖上標註了各部駐防和兵力分佈，也標註了清軍在安徽、江西方向的殘餘據點和增援路線。石達開看了很久，然後把圖折起來放在桌角，開口說了一句話。
“部隊的整編，不能只換槍換炮。打仗是靠人打的。太平軍從金田起義到現在，打了這麼多年仗，靠的是一股氣。但這股氣現在散了——天京事變死了那麼多人，老弟兄們心裡有疙瘩。換上新槍容易，但光有槍，沒有規矩，沒有制度，還是打不好仗。”
洪啟明在他對面坐下來：“你的意思是？”
“我在安慶起兵討韋的時候，身邊那幾個老部下就跟我提過一件事。他們說，現在的太平軍跟以前不一樣了，以前是為了活命打仗，現在是為了什麼，底下的人搞不清楚了。軍令不像軍令，軍餉不像軍餉，誰說話管用、誰該聽誰的，各營各隊各行其是，沒有統一的排程和制度。”石達開在桌上用手指畫了一條豎線，“我在安慶的時候，自己擬了一套臨時辦法——每營設一名文書官，負責登記人員、清點物資、傳達軍令；每隊設一名軍法官，管紀律和賞罰。但這些東西都是臨時湊起來的，沒有專人負責，也沒有統一的章程。”
洪啟明在桌邊坐了片刻。石達開說的這個事，他之前也在想。太平軍各部加起來還有近十萬人的兵力，分佈在皖南、贛東北和蘇南沿江地帶。這些部隊的戰鬥力參差不齊，老部隊底子好、經驗足，但舊制度遺留下來的問題多；新收編的部隊裝備差、訓練少，但可塑性強。如果不加以整編，將來跟清軍打仗的時候，各部之間難以協同，甚至會因為指揮不統一而出現互相推諉、各自為戰的情況。
“你有什麼具體的想法？”洪啟明問。
石達開用手在桌面上比劃了一下：“我建議，太平軍各部學習浙江新軍統一設立兩個新的建制。第一個是參謀部。每個軍設一名參謀長，下設幾名參謀官，負責制定行軍路線、佈置陣地、排程兵力、繪製地圖、標註敵情、計算糧草和彈藥的消耗。參謀長不直接指揮部隊，但所有的作戰計劃都要經過參謀部擬定，由主將稽核後執行。第二個是政治委員。每軍設一名政委，負責傳達政令、監督軍紀、協調軍民關係，確保全軍的行動聽指揮。政委不直接指揮戰鬥，但有權否決違反軍令和政策的命令，有權向上級直接報告部隊內部的異常情況。”
洪啟明在桌上坐了一會兒，把石達開說的這兩個建議在心裡過了一遍。參謀部管作戰計劃，政委管軍紀和政令，兩者一武一文，互為制衡又互為補充。他在桌面上畫了一條線，線上的兩端各畫了一個圈，在圈裡分別寫了“參謀”“政委”四個字。
“太平軍各部統一設立參謀部和政治委員。”他把筆擱下，“參謀長和政委的任免由天京統一負責，所有人員必須經過培訓之後才能上崗。第一批參謀長和政委從浙江調來的文吏、快速反應部隊的參謀人員和東王府舊部中熟悉軍務的文書裡選拔，集中培訓半個月之後分配到各軍。”
石達開聽完之後補了一句：“這件事可以由我來領銜。我在安慶起兵的時候，手下的幾位參謀和文書已經做了不少準備工作，我先帶個頭，讓翼王帳下的部隊先設立參謀部和政委，其他各部看到實際效果之後，自然會有反應。”
洪啟明點了點頭。當天夜裡，他讓文書房擬了一份關於設立參謀部和政治委員的通知，通知的內容包括建制的具體職責、人員選拔標準、培訓計劃和首批分配方案。通知在第二天上午發往太平軍各部駐地和天京的各衙門。
訊息傳開之後，反應比預想中來得快。
石達開首先在安慶的翼王帳下落實了參謀部的建立，把原先在安慶起兵時臨時設定的幾個參謀官正式編入了參謀部的序列，並任命了一名參謀長。他還從翼王帳下的文書和書記官中挑選了三名熟悉軍務的人員，作為第一批政委的候選人，送往天京參加培訓。這件事在安慶駐軍中傳開之後，翼王帳下的將領們議論了一陣，有人不理解，有人表示可以試試看，也有人沒有多說，等著看實際效果。
陳玉成在接到通知後的第三天給天京回了一封信，內容簡短，但措辭認真。他在信中確認自己的部隊同意設立參謀部和政治委員，並請求天京派一名參謀長和一名政委到他的部隊中去，同時希望能多派幾名參謀官和文書官協助建立參謀部的日常工作。信的末尾附了一句：“我已經跟營中幾位老弟兄談過了，他們都說，只要參謀部和政委能幫著把糧草算清楚、把地圖畫明白、把隊伍管好，那就該辦。”
李秀成在城內的守備部隊中也設立了參謀部，由他手下的幾名熟悉城防和後勤排程的文書組成。他在同一天給洪啟明寫了一份簡短的彙報，提到城內守備部隊的參謀部已經開始運轉，負責繪製城防圖、登記各門守衛的輪換和彈藥消耗。
楊輔清在長江沿岸的駐軍中也開始了參謀部和政委的籌備工作。他在給天京的回信中寫道：“我在東王府的時候，楊秀清手下的幕僚就有分管文書和糧秣的人，但那時候沒有正式的建制，都是臨時指派。如今把這些人統一編入參謀部和政委序列，反而是把原來的事正式化了。”李世賢在贛東北方向的駐軍中同樣啟動了籌備工作，由他手下的文書和從景德鎮調來的行政人員組成參謀部的初步班子。
但並不是所有部隊都積極響應。
天京城北面有一支原屬韋昌輝舊部的守備部隊，人數約三千人，在事變後收編入天京防務序列。這支部隊的幾名將領在接到通知後沒有立即回應，拖了好幾天才由一名副將出面，向天京遞交了一封信。信中沒有明確拒絕，但措辭含糊，提到“部隊成分複雜、人員素質不一，參謀部和政委的設立可能需要更多時間準備”。洪啟明看完信後沒有立即批覆。他讓趙四派人去這支部隊的駐地進行一次實地走訪，瞭解部隊的實際狀態和官兵的情緒。
趙四派出的聯絡官在兩天後返回天京，帶回了一份詳細的報告。報告中說，這支部隊計程車兵大多是皖北和豫東一帶的農民，在天京事變前被韋昌輝收編入伍，編入北王舊部。事變後，這支部隊被調離了原來的駐地，安置在城北的一處舊營房裡。士兵們的軍餉已經拖欠了兩個月，糧食由天京統一配給，每人每天領到的米比原先少了兩成。部隊的幾名將領對參謀部和政委的設立持觀望態度，主要是擔心參謀部和政委的人進駐之後，會接管部隊的實際指揮和排程，他們自己在部隊中的權力會被架空。
報告末尾附了一段話：“這支部隊的基層士兵對參謀部和政委的設立並不排斥，甚至有人表示歡迎，因為參謀部和政委進駐之後，軍餉和糧食的發放可能會被納入統一的制度中去，不會再被拖延和剋扣。”
洪啟明在收到這份報告後，在燈下坐了一會兒，然後讓文書給趙四回了一封信，讓他在三天之內先把這支部隊拖欠的軍餉補發到位，然後拆散分配到各部
就在各部隊的參謀部和政委建制陸續鋪開的同時，安徽北部的捻軍也傳來了新的訊息。張樂行在收到天京方面關於新政令和軍隊建制的通報後，派了一名信使快馬趕到天京，遞上了一封親筆信。信中說，捻軍各部已經完成了歸附的準備，目前駐紮在皖北和蘇北一帶，兵力約三萬人，分屬十餘個分支。張樂行在信中寫道：“貴部新政，合天理，順人心。我等本為飢寒所迫，聚眾自保，非為爭權奪利。今貴部開明如此，我等願率部歸附，聽候調遣，共同抗清。”信末附了捻軍各部的兵力規模和駐地分佈，以及各首領的姓名和職務。
洪啟明把信看了兩遍，在燈下坐了一會兒，然後讓文書給張樂行回了一封信。回信不長，寫明瞭三點：第一，捻軍各部歸附後，仍保持原有編制，不拆散、不打亂；第二，捻軍各部官兵與太平軍原有部隊享受同等供給標準，火器彈藥按編制配發；第三，捻軍各部的駐地不變，負責當地的巡邏和防務，並派聯絡員到天京參與協同排程。他還在回信中加了一句：“天京正在舉辦參謀和政委培訓班，捻軍可派一批人來參加。學成之後，回捻軍各部建立參謀部和政治委員制度，與太平軍各部保持一致。”回信當天夜裡發出，由信使快馬帶回皖北。
張樂行在幾天後回信確認，捻軍將派出二十名年輕識字、有帶隊經驗的骨幹前往天京參加培訓。這些人將在培訓班裡學習軍令傳達、紀律監督、作戰計劃擬訂和糧秣排程等內容，學成之後回到捻軍各部，建立與太平軍一致的參謀部和政委制度。
到十月月底，太平軍各部中已經有五支部隊完成了參謀部和政治委員的設立和人員配置，捻軍的二十名骨幹也已經在趕赴天京的路上。天京城內的第一所參謀和政委培訓班也在天王府側殿里正式開課，第一批學員共四十餘人，分別來自石達開、陳玉成、李秀成、楊輔清、李世賢的部隊和城內的守備部隊，以及捻軍派來的二十名骨幹。培訓班的課程包括軍令傳達和紀律監督、軍民關係協調、作戰計劃擬訂、糧秣和彈藥排程、地圖繪製和敵情標註，以及參謀部和政委職責範圍的具體劃分。授課由趙四、鄭文遠和何錦堂輪流擔任，課程安排緊湊，上午講理論，下午分組討論和實地演練。
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