作戰司是王凌的新幕府體制下的全域戰事指揮中樞，專司邊防戰略、軍情諜報、兵力排程與邊境守備等工作，屬於王凌的作戰指揮、參謀、情報中心。
因此，作戰司雖然是掛在軍務院下面的，但是長史是由王敢這個武將擔任的，且直接向王凌負責，與軍政司、教練司只有協同關係。
於此同時，王敢還掛了“戎州都知兵馬使”銜，成為整個王凌體制下的最高級別武官。
作戰司下設參謀廳、情報廳、排程廳和守備廳四廳。
參謀廳，不說大家也都理解，這個廳的判官也由王敢兼任，是整個幕府的核心戰略謀劃機構機構，專司全域邊防戰略推演、戰事謀劃、攻防預案制定、戰局統籌研判，為所有戰事提供全套的戰術、戰略方案，下設有參謀房、推演房、戰研房、應急房和測繪房。
情報廳，也是一個顧名思義的部門，是全域的軍情偵查、諜報預警專屬機構，總領敵後刺探、邊境巡查、烽燧預警、密情彙總，是作戰司的耳目核心，為戰事決策提供全部情報支撐，下設有偵諜房、烽警房、巡探房和密檔房。
排程廳是一個負責全軍的兵力機動、戰場排程、行軍佈陣的專屬機構，專司駐軍換防、野戰集結、戰時排布、多營協同等工作，掌控了全域兵力調動的許可權，下設有屯調房、野戰房、馳援房和陣紀房四個房。
當然，排程廳所謂的掌控全域兵力調動的許可權，也是在王凌授權之下的，王凌的意志和命令是高於整個幕府的。
守備廳是負責二線部隊建設、邊境守備、關隘戍守、疆域維穩的專屬機構，主司固定防區管控、邊境門禁、城池堡寨值守、境內邊患肅清事宜，下設有巡防房、戍守房、隘防房和清野房。
作戰司的司、廳、房各主管的品級與民政司相同。
教練司是負責低階軍官培育、全境動員、全軍訓練、兵員甄選、精銳培育與蕃兵專項教習的機構，下設官訓廳、武技廳、汰選廳、蕃訓廳、訓紀廳和動員廳五個廳。
教練司的判官由楊開萬擔任，他在訓練團結兵方面有著十分獨到的見識和能力，在安置軍戶和整訓團結兵的時候做出了很突出的成就，所以王凌將其擢升為了教練司判官，同時把自己名下的“懷戎軍教練使、戎州團練使”的頭銜也給加到了楊開萬的頭上，讓其能夠著緋袍，也算是補償。
之所以說是補充，是因為王凌和楊開萬談過了，教練司交給他之後，他本人就要退出野戰軍序列，以後就專司新兵訓練，就算是再高升，也不會往野戰軍調動，只能再軍務院系統內打轉。
沒辦法，一個掌管低階軍官培養、新兵培養的人再執掌一支部隊的作戰指揮權，那實在是太讓人擔心了。
你說是吧，蔣校長？
楊開萬在幾經思慮之後，還是捨不得放棄王凌這條大船，決定接受王凌的安排，卸下效義軍指揮使的職務，出任教練司判官：反正自己都已經三十多了，晉升五品官的機會可不多了，而且家中也不是沒有子侄，就當是給後輩鋪路了。
官訓廳就是負責都頭、營指揮等基層軍官培訓的機構，主要負責搭建完整的基層軍官培育體系、規整基層將官戰力與治軍水平、補足軍旅中層骨幹人才缺口的工作，下設選才房、教習房、韜略房、論訓房和官考房共五個房。
官訓廳的作用相當重要，因為只有搭建起完善的培訓體系，才能避免後續青黃不接的情況發生。
武技廳專司全軍單兵武藝、兵團陣法、協同戰法的常態化教習與集訓，旨在統一全軍作戰技藝標準，打磨基礎戰力與兵團協同能力，下設有單技房、陣技房、精訓房和戰技房。
選汰廳總領全軍新兵招募、入伍集訓、戰力考核、兵員定級、冗兵裁汰的一應工作，下設募兵房、集訓房、考核房、汰換房。
蕃訓廳專職管控蕃部兵員選拔、專項特訓、軍紀規整、戰力考核，統一蕃漢兵馬的作戰標準，其核心目的是實現蕃兵與漢軍戰力、軍紀、戰法協同適配，下設有蕃選房、蕃訓房、蕃紀房和考核房。
訓紀廳總管全軍的訓練章程、督查訓練風氣、規整訓練紀律等事宜，相當於後世的“糾察”，下設有規紀房、督查房、特訓房和檔案房。
訓紀廳和營務廳一樣，需要廳內的官吏派駐到軍隊當中，核查、稽查和記錄軍紀的執行情況，選拔人才也要遵照“文武全才”的標準才行。
動員廳是幕府體制當中唯一一個執行全域動員的專屬機構，平時代儲後備人力、規整鄉勇團練；戰時則全權負責全境人力登記、兵員徵召、民力排程、後備動員、全域備戰、規章制定，銜接軍民力量、補齊戰時的人力缺口。
簡單來說，幕府下轄的兩州之地內的所有適齡的兵員和適齡的青壯，都要接受動員廳的登記和管理。
動員廳下設規制房、登記房、備兵房、團練房、動員房和統籌房共六個房。
教練司的司、廳、房各主管的品級與民政司相同。
……
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