民政司的長官為“參政司馬”，掛“權同知戎州軍州事”銜，品級定為從五品，著緋袍；各廳的長官皆為“判官”，都掛“權通判懷州軍州事”的銜，品級定為從六品，著綠袍；各房的長官皆為“主事”，都掛“權知固原縣主簿事”，品級定為正八品，著青袍。
度支司是幕府的財政根本機構，總攬錢糧稅賦、物資倉儲、經費預算、賬務審計與財稅緝私等事務，是幕府的“錢袋子”。
度支司下設農稅廳、商稅廳、預算廳、審計廳、緝私廳和倉儲廳共六個廳
農稅廳掌管丈量全境田畝、核定地籍並登記造冊、核定夏秋農稅、完成賦稅徵收補繳、核算災年減稅額度、管控糧稅入庫等工作，下設地籍房、農稅房、暫押房三房。
商稅廳掌管境內鹽、茶、鐵、竹木等官榷物產的稅費，核查境內商鋪、行市、零散商貨稅費，核查市井商稅繳納情況等工作，下設核查房、雜稅房、市稅房三房。
預算廳負責編制全境軍政、民政、工程、賑濟年度錢糧預算，核定經費調撥額度、管控預算開支、稽核臨時錢糧支出等工作，下設會計房、籌計房、度支房三房。
審計廳負責核查各司錢糧出入、工程開銷、軍需支出、俸祿發放賬務，逐月逐年核對倉儲、稅收入庫、經費支出賬務，完成核銷歸檔等工作，下設稽核房、對賬房兩房。
緝私廳負責稽查隱田瞞產、商戶逃稅、官吏貪吞賦稅等舞弊行為，負責查禁私鹽、私茶、私鐵等違禁私販，打擊全境走私牟利活動的工作，下設查稅房、官稅房、緝私房三房。
倉儲廳負責收納囤放糧草、布匹、軍需、官產物資，統一撥付全軍軍餉、官吏俸祿、士卒口糧、賑災物資等工作，下設倉儲房、出納房、庫管房三房。
度支司的司、廳、房各主管的品級與民政司相同。
商務司是掌管全域商貿的專屬機構，主管境內市集、邊境榷場、跨境關稅、物價調控與商事秩序、盤活邊境商貿經濟等事務，下設有榷場廳、市易廳、商事廳和榷務廳共四個廳，是幕府的重要的經濟機構。
這一司的設立，完全是出於王凌“商稅收益遠遠大於農稅收益”的認知而設立的，主要是為了維護境內商貿活動、商貿秩序等事宜而成立。
榷場廳負責管控邊境榷場與互市市集、查驗商旅資質、核查出入境商貿物資、制定蕃漢跨境貿易規則、管控禁貿物資、規整邊境商貿秩序等工作，下設規制房、榷場房、檢疫房三房。
市易廳負責核算、收繳、入庫跨境貿易關稅、調控邊境市集物價、結算商貿交易、調解商事糾紛等工作，下設關稅房、定價房、調處房三房。
商事廳負責登記全境官私商戶、備案商事資訊、管控商戶資質、規整商事戶籍、管控境內民間商貿流轉、疏通物資流通渠道、維護市井貿易秩序等工作，下設商戶房、稽核房、轉運房和貨貿房四房。
榷務廳負責管控鹽茶鐵等官方專營貨品貿易、對接跨區域商貿、調配互通物資、維護商貿通路暢通等工作，下設鹽鐵房、茶酒房、專營房和外貿房四房。
商務司的司、廳、房各主管的品級與民政司相同。
銓敘司是幕府的人事集權核心，壟斷了全境文武官吏、軍將吏員的招錄、任免、考核、檔案與人才儲備等各項事宜，總攬各項人事大權，相當於是幕府的“吏部”，下設銓敘廳、考績廳、資序廳和辟召廳共五個廳。
銓敘廳負責全境的文武官員、幕府僚屬、邊防將佐的任免、調遣、升遷、降黜、差遣分派的工作，同時兼管登記基層吏員、雜職、幕僚、隨軍屬官名錄，管理吏籍檔案、備案任職資訊等工作，下設官任房、吏任房、檔案房三房。
考績廳負責稽核定級文武官吏、前線將佐的政績、戰功與履職成效，開展年度文武考核，評定官員優劣、裁汰冗員、追責失職、舉薦賢才等工作，下設評定房、稽查房、懲戒房和選舉房四房。
資序廳負責統一存檔管理所有文武人員履歷、任職資序、籍貫品級、蔭補資格並統籌官員輪值、戍邊差遣、輪崗調任已經官員致仕後的養老等工作，下設勘磨房、輪差房、蔭資房和致仕房四房。
辟召廳全權負責幕府僚屬、幕職官、下屬州縣文武官吏、基層佐貳官的招錄、遴選、闢除舉薦等工作，同時還要制定招錄規制、核查參選資質、選拔全境賢才並負責新晉官吏崗前核驗、實習期履職督察、考核定級，甄別才幹品行、儲備文武人才等工作，下設闢選房、試用房、考績房和儲才房四房。
銓敘司的司、廳、房各主管的品級與民政司相同。
營建司是幕府下負責全域基建的總管機構，負責城池、官道、水利、官署營房的營建修繕與工程督查等工作，下設城防廳、路橋廳、水利廳和工督廳四個廳，該司的誕生自然也是基於王凌的基建思想而創立，算是幕府的“工部”。
城防廳負責修築、加固、修繕邊境城池、堡寨、關隘牆體，新建、修葺、規整官府衙署、文武官廨、軍營營房、驛站官舍並負責日常管護等相關工作，下設有城垣房、官廨房、營舍房、驛舍房和養護房五房。
路橋廳負責修築、拓寬、養護境內主幹官道、驛路、邊防巡道，修建、修繕、管護境內渡口、橋樑、關隧設施等工作，下設官道房、津樑房、巡道房和養護房四房。
