水利廳負責清淤疏浚河道、溝渠、陂塘等水系、防範水患、整治全域水域、修建屯田配套水利、佈設灌溉溝渠、修繕農田水利設施、規整水土資源等工作，下設疏浚房、水系水利房、營田水利房、防汛房、修繕房和養護房六房。
工督廳負責核驗工程用料、督查工期進度、驗收工程質量、登記營建臺賬、定期巡檢全域公共基建、報備破損設施、統籌基建修繕維護等工作，下設物料稽核房、錢糧審計房、巡視房和修護房四房。
營建司的司、廳、房各主管的品級與民政司相同。
農牧司是統籌農耕生產、農技推廣、草場畜牧與蕃部農牧治理、保障軍市民生糧畜供給的機構，下設只有農政廳、畜牧廳、農儲廳這兩個廳，相當於後世的“農業部”，也是國朝歷史上出現的第一個專管農業和畜牧業生產發展的部門。
農政廳負責規整全境農田、核查耕地、指導農耕時序、推廣糧食作物、督導春耕秋收、整治撂荒土地、推廣農耕技藝、改良農具、普及沃土技術、指導災年補種、落實農業增產舉措、蓄養耕牛等諸項工作，事情雖雜，但是相當的重要，基本上決定境內每年能有多少產出、有多少人能吃得上飯。
同時，農政廳還要配合度支司，做好夏秋兩稅的徵收工作；在農業生產遇到災害的時候，農政廳需要統計受災田地與減產損失，制定災後補種、免耕、補救方案，督導災後農耕復產，安撫受災農戶，並及時的向上回報各地的受災情況，請度支司酌情減免農稅。
因此，農政廳下設的部門也最多，共計有農技房、農具房、耕牛房、糧種房、規劃房、耕督房、田籍房、防災房和田賦房，總計共九個房。
畜牧廳負責劃分邊境草場、養護草場資源、落實禁牧輪牧規制、管控蕃漢放牧區域、統籌牛羊馬匹繁育、畜禽防疫、規範放牧秩序，儲備軍需畜力、管理民間畜牧產業等工作，下設馬政房、草場房、育種房、儲料房、防疫房和肉供房共五個房。
農牧司的司、廳、房各主管的品級與民政司相同。
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軍務院，顧名思義，就是主管軍事方面的相關工作，長史由李彥擔任，他出身於王氏部曲，從王凌入仕之日起，就一直在軍中擔任書吏工作，在周寧等人為追隨王凌之前，就能夠將軍中的各項雜務打理的井井有條，是一個被埋沒的人才。
讓李彥擔任軍務院長史，能夠被各方所接受：在王虎、王敢等人的眼裡，他是同出一脈的一家人；在周寧等人的眼裡，他是士子文吏群體的一部分；在楊開萬、野利萬奔的眼裡，他是追隨王凌的元老，也能服從管理。
當然，以王凌“絕不虧待追隨自己的人”的性格，擢升李彥為軍務院長史，也是一種酬功的舉措，也能與周寧形成制衡。
因為軍隊還是掌握在王凌的手裡，所以軍務院的工作主要還是集中在軍隊文職和後勤工作上，下設的部門也比較少，只有軍政司、作戰司和教練司三個司。
軍政司是全軍的文案、後勤、行政方面事務的總管部門，主要負責軍務文書、軍械製造、蕃兵管束、老兵優撫與軍營日常庶務，保障軍旅運轉，下設文印廳、甲仗廳、蕃務廳、撫卹廳、營務廳和戰馬廳共六個廳。
文印廳負責草擬、修訂、備案全軍的軍務公文、軍令、軍政條例並核驗軍務文書、籤批用印、歸檔政令、管控官印啟閉等相關工作，簡單來說就是管理文書、印信的部門，下設有文書房、檄令房、簽押房和檔案房共四個房。
甲仗廳負責全軍甲冑、兵器、器械的製造、儲備、養護和分配工作，下設有鍛造房、器械房、修護房、物料房、軍儲房和稽查房共六個房。
蕃務廳負責整編規範蕃兵、劃分蕃兵建制、登記蕃兵兵員、排程協防任務、管束蕃軍軍紀、規整蕃兵戰力等工作，下設編伍房、協戍房、蕃紀房和蕃籍房共四個房。
撫卹廳負責軍中退役安置、傷殘撫養、陣亡撫卹、軍士優養等工作，下設歸籍房、榮養房、安置房和慰亡房共四個房。
營務廳負責制定制定軍營軍紀、規範營區秩序、管控宿營規制、處置軍中雜務、編排軍營值守班次、管控軍營門禁、督辦營區安防與庶務等工作，下設營規房、值守房、雜務房和巡紀房共四個房。
需要注意的事，營務廳並不僅僅只是在幕府衙署當中工作，不管是駐防還是出征，營務廳都要派人進入軍中，負責並監管各項事務，所以這個廳的官吏，哪怕只是一個小小的三等書吏，也要選拔哪些可以稱之為“文武全才”的人才行。
戰馬廳，顧名思義，負責的就是全權負責全軍軍用戰馬、馱馬的良種選育、繁育育種、飼養培養、優劣甄選、統一分配與日常管護，統籌官營馬場運維，保障騎兵、行軍、輜重全程畜力供給等工作，在這個時代，這個部門也是尤為重要的。
這個部門的設立，既是因為各朝各代都有專門負責馬政的部門，也是出於王凌渴望獲得大批戰馬、擴大起兵規模的心理。
如果，僅僅只是如果，如果王凌的麾下有兩萬騎兵，他都敢跟西夏進行全國動員的戰略決戰！
戰馬廳下設有育種房、飼育房、選駿房、配調房、馬醫房和牧監房共六個房，雖然現在人才難尋，但率先把架子給搭起來，相對來說，這個體系流程，要比國朝的馬政體系還要完善一些。
軍政司的司、廳、房各主管的品級與民政司相同。
