隆慶元年二月，高拱正式上任吏部尚書。
他一到任，便雷厲風行地推行整頓。
首先是考核。高拱規定：各州縣官每月需呈報錢糧徵收、刑獄審結等情況，按季彙總，年終考核。優者升，劣者降，貪者罷。
其次是選官。高拱主張“進士與舉人並用”，打破了過去進士獨大的格局。他常說：“舉人中也有能人，進士裡也有庸才。只看資歷，不看能力，遲早要壞事。”
再次是考察。高拱要求吏部官員深入地方，實地考察官員表現，不能只看文書。他說：“文書可以作假，政績做不得假。”
這些舉措，雷厲風行，效果顯著。但也得罪了不少人——那些靠資歷混日子的，那些在地方上盤剝百姓的，都被高拱一個個揪了出來。
彈劾高拱的奏疏，雪片般飛向御前。隆慶帝一概留中不發，只對沈默說了一句話：“高鬍子辦事，朕放心。”
與此同時，張居正在內閣也開始嶄露頭角。
他分管戶部，第一件事就是整頓漕運。漕運是大明的命脈，每年從江南運糧四百萬石到北京，供養著京城百萬軍民。但漕運積弊已久——運軍剋扣，胥吏盤剝，沿途關卡層層收費，到京的糧食常常損耗過半。
張居正提出“官收官兌”之法：由官府統一徵收漕糧，統一組織運輸，統一兌付給運軍。減少中間環節，杜絕層層盤剝。
此法一齣，漕運效率大增，損耗率從三成降至一成。
隆慶帝大喜，賞張居正玉帶一條。
沈默居中協調，總攬全域性。
他與高拱配合，推行吏治整頓；與張居正配合，推進財政改革。一條鞭法在順天府繼續試點，成效顯著，開始向南直隸推廣。
他還主持開海禁，允百姓下海貿易——這是隆慶新政的重頭戲。福建月港開放後，商船雲集，稅收大增。東南沿海的經濟，開始復甦。
軍事上，沈默繼續重用戚繼光、俞大猷。戚繼光在薊州練兵，修築邊牆，訓練車營，防禦蒙古；俞大猷在廣東、福建沿海佈防，鞏固海防。北方邊境，隆慶四年與俺答達成和議，封貢互市，結束了長達幾十年的戰亂。南方海疆，倭寇餘孽被徹底肅清，沿海恢復安寧。
朝野上下，氣象一新。
史稱“隆慶新政”。
但改革的路上，從來不會一帆風順。
隆慶二年春，一條鞭法在南直隸推行時，遇到了巨大阻力。
南直隸是富庶之地，官紳地主勢力龐大。一條鞭法將賦役合併折銀，按田畝徵收——田多者多交，田少者少交。這對普通農戶是好事，對擁有大量田產的官紳地主，卻是切膚之痛。
松江府首先發難。當地鄉紳聯名上書，稱“折銀之法，名為便民，實為苛政。農民賣糧換銀，倍受盤剝；官府折價過高，民不堪命”。
接著，蘇州、常州、鎮江紛紛響應。一時間，彈劾沈默的奏疏堆滿了御案。
隆慶帝召沈默入宮，問：“沈卿，此事如何處置？”
沈默跪奏：“陛下，臣請派人核查。若真如他們所奏，臣願承擔責任，修改細則；若有人蓄意阻撓，則當嚴懲不貸。”
隆慶帝點頭：“准奏。”
沈默派周啟新南下核查。周啟新在松江、蘇州等地走訪農戶，查閱賬冊，最終查明真相：所謂“農民賣糧換銀倍受盤剝”，純屬捏造。真正的原因是——官紳地主田產多，按新法要多交銀子，他們不願意。
調查報告呈到御前，隆慶帝大怒：“這些鄉紳，口口聲聲為民請命，實則為一己私利！傳朕旨意：松江府帶頭鬧事的幾個，革去功名，永不錄用！其餘人等，罰俸一年，以儆效尤！”
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