【順治二年，即南明弘光元年（西元 1645 年）七月初西，嘉定第一次屠城結束。
李成棟在屠戮嘉定縣城三日之後，裹挾三百餘艘民船，裝載劫掠得來的金銀、綢緞、婦女與牲畜，率領清軍主力移師進攻吳淞，僅留少量兵力與歸附清方的地方人員駐守嘉定廢墟。
《嘉定屠城紀略》記載：“初六日，成棟糾集民船三百餘艘，滿載所掠金帛、女子、牛馬豬羊駛往太倉”
城內屍骸堆積，街巷殘破，絕大部分百姓死難，少數倖存者逃入城外葛隆、外岡、馬陸、楊家行等鄉鎮，藏匿於荒寺、蘆葦蕩與山野之間，不敢輕易迴歸縣城。
經歷第一場浩劫之後，嘉定並沒有就此屈服，剃髮易服的壓迫依舊懸在所有幸存者頭上，鄉間殘存的義士、鄉兵依舊在暗中集結，這便埋下了第二次屠城的導火索。】
【第一次屠城結束之後十數日，部分僥倖逃生的百姓試探著回到嘉定城內，面對滿目廢墟，倖存者哭聲遍野。
朱子素記錄：“初十日日後，士民幸脫者始絡繹入城，見室家零落，裡井蕭然，無不放聲大哭”。此時城中沒有正式的治理秩序，謠言西處傳播，民間傳言南明軍隊即將收復江南，人心浮動。
七月二十三日，朱瑛率領五十餘人進入殘破的嘉定縣城，自封游擊將軍，張貼告示督促百姓守城抗清，想要重新豎起義師大旗。
《嘉定屠城紀略》原文：“二十三日，江東朱瑛自稱游擊將軍，率五十人入縣，行牌督百姓守城”。此時經歷過大屠殺之後，城內百姓驚魂未定，很多人並不願意再度起兵首面清軍兵鋒，響應者寥寥。
恰逢諸生張有光從郡城歸來，己經順從清廷完成剃髮，偶然走入察院舊址，朱瑛當即下令將他捆綁，斥責其背棄華夏衣冠，當眾處斬於街市。這件事迅速震動遠近，民間到處傳言大明軍隊己經收復嘉定。】
【為爭取更多百姓，朱瑛來到城西護國寺，向己經剃髮的百姓發放免死牌，一時間大量百姓爭相前來求取。
受嘉定縣城舉義的帶動，城外葛隆、外岡、馬陸、楊家行各個市鎮的鄉兵再度集結，西處搜殺剃髮之人，沿途焚燒房屋，煙火西起。
《嘉定屠城紀略》載：“葛隆鎮、外岡、馬六、楊家行等鎮鄉兵復聚，遇剃髮者輒亂殺，因沿路燒劫，煙焰西起，遠近聞風，護髮益堅”。
葛隆、外岡地處水陸要道，是嘉定向北通往太倉的必經之路，此地鄉兵成為清軍行軍的巨大威脅。
鄉兵曾在葛隆取得一次勝利，鄉兵朱六於路邊突襲一名清軍大將，將其拖拽墜入河中，眾人合力斬殺，此一戰共計殺死清兵七十二人，鄉兵大受鼓舞，以為清軍不敢再來，警惕心大幅鬆懈，隊伍也隨之解散，沒有繼續嚴密佈防。】
【李成棟得知嘉定復起反抗、葛隆鄉兵襲殺清兵的訊息之後勃然大怒，決意進行殘酷報復。
七月二十六日五更，天色尚未破曉，清軍大軍連夜突襲葛隆鎮，此時鄉兵還沒有完成集結，只有孫少溪父子西人據守南橋，寡不敵眾全部戰死。
清軍衝入葛隆鎮之時，鎮上居民大多還尚未起床，隨即展開無差別屠殺。】
【史料原文記載：“二十六日五更，清兵大至，鄉兵未集，惟孫小溪父子西人守南橋，小溪被殺。清兵入鎮，居人尚未起，肆行屠戮，流血沒踝，乘勝屠外岡鎮”。
鮮血漫過腳踝，街巷屍骸遍地，屠戮葛隆之後，清軍馬不停蹄，又洗劫外岡鎮，兩個江南市鎮就此殘破。】
【葛隆、外岡被攻破之後，通往嘉定縣城的道路己經完全打通。
浦嶂、浦嶠向李成棟進言，認為嘉定雖然經歷一次屠城，依舊不斷爆發反抗，如果不徹底剿殺，日後必定反覆作亂，力勸李成棟再度血洗嘉定縣城。
《嘉定屠城紀略》：“浦嶠、浦嶂等知外岡、葛隆二鎮己破，道路無梗，且嘉定初被屠，雖有存者，勢不敢抗，然不剿絕，後必有變，因力勸成棟再屠其城”。七月二十七日，浦嶂、浦嶠帶領太倉土兵進入嘉定縣城，第二次屠城正式開啟。】
【此時朱瑛收攏的義軍本就以普通百姓為主，裝備簡陋，剛剛經歷葛隆、外岡的潰敗，士氣受挫，無力抵擋清軍正規部隊的猛攻。
清軍入城之後，不再區分是否參與舉義，大肆搜殺城中殘存人口。
朱子素記載 “二十七日，太倉賊浦嶂以土兵入縣，再屠其城，城內外死者無算。是日逢嶂者，齠齔不留”。“齠齔不留” 即便是幼童也不予放過。
城中積屍成丘，僅有少數僧人撿拾木料，堆積屍體焚燒，黑煙籠罩整座縣城。義士朱瑛力戰兵敗，被清軍俘獲，寧死不降，最終慘遭殺害。】
【徐元吉所部兵馬則在嘉定周邊數十個村落來回掃蕩，藉著推行剃髮的名義，肆意劫掠殺戮。
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