錢謙益第二天一早又拿出了書稿。
他把稿子重新分成三摞——第一摞是還沒開始改的，第二摞是需要改但還沒有想好怎麼改的，第三摞已經改完了。分好之後，他先開啟需要改的那一摞中屬於第三章第二節的部分，對照著匿名信的第一條建議重讀了一遍原文。原文寫的是官以信立，則民信之，一共九個字，放在整段的中間位置，篇幅不大但位置重要。他看了片刻之後拿起筆，把那一句劃掉了，在旁邊重寫了一行新的：官信民，民信官，官信官，三者互為表裡，缺一則信不立。寫完之後他停了片刻，又在那行字後面補了一句：民信官者，官之所行可見也。官信民者，官之所聞可憑也。官信官者，政之所傳可達也。三者合，則為信之全貌。
他放下筆，把這句新寫的內容唸了一遍，又對照原文的前後文讀了一遍，確認它與上下文銜接得上，沒有突兀的跳躍感。然後他把這一頁單獨折了一個角，算是已改完的標記，放進了第三摞裡。
第二處修改比第一處需要更多的調整。因為這個詞在全書裡出現了不止一次，它貫穿了多個章節，是錢謙益構建全書框架時有意選定的核心概念。現在要將替換為，意味著他需要把所有相關的段落逐一修改，並確保替換之後整部書的比喻體系不會出現斷裂。
他沒有急著動筆，而是先把整部書中涉及二字的地方全部翻出來過了一遍，確認了自己究竟在哪些地方引用了這兩個字，才鋪開紙開始逐段調整。寫到第七章第一節經義為體、實務為用時，他把這一句改成了經義為根、實務為葉，然後在那一段的末尾加了一段新的論述：體用之分，易使人誤解兩者可分置兩端而各存。然根與葉不可分置——根在土中養，葉在光中展。土中之養不顯，則葉無以長。光中之展不達，則根無以繼。新學之說，非以實務代經義，乃以經義之根養實務之葉，以實務之葉歸經義之根。
他寫完這一段之後停了一會兒，看了看剛才那句修改之後是否還保留了他想說的意思——它沒有丟失原意，只是在表述上換了一個更接近生長的框架。他擱下筆，繼續把後面幾處逐一替換，每替換一處都在頁邊加一行小注，寫明原句的出處和修改時間，像是為了讓自己在修訂完成後仍能追溯自己的修改軌跡。
第三處修改是最短的一處，也是最難的一處。第十五章第四節原文只有兩節——財政之耗人力之損。匿名信建議補入第三節被改革者之信。錢謙益翻到那一頁，看了很久自己的原文，然後在新的一頁紙上寫下了一整段新的文字，比前兩處修改都長得多。他寫道：改革之途，算糧算銀易，算信難。糧銀之賬可查可對，信之賬不查不可見，查之亦未必可見。然改革所損之物，不止於糧銀人力，更在於改革之前被改之人所存之信。彼等信朝廷不會妄動，信規矩不會驟改，信自己之所持有所憑。今一朝改之，信者失其憑、疑者坐其實，則賬冊之上雖見盈餘，賬冊之外已失人心。故改革者當於算糧銀、算人力之外，算信之得失。損信之改革，雖成亦危。益信之改革，雖緩猶安。此節當為全書第十五章之第三節。他寫完之後沒有立刻放下筆，他又讀了一遍，然後在這段話的末尾加了一行注：此段內容源自匿名來函之建議，非謙益原創，特此註明。
三處修改全部完成之後，他把第三摞稿子重新整理了一遍，從頭翻到最後一頁，確認每處修改在上下文中的銜接是完整的。他翻了大概半個時辰，翻完之後把整部書稿重新疊好，放在書架中層那排書脊旁邊。那三處被改過的頁面上，折角的痕跡在書頁邊緣形成了一道細微的凸起，合上之後像三枚書籤一樣微微突出於書口。
當天下午，錢謙益把第二稿的序言部分重新寫了一遍。他在序言末尾加了一句話：此書成稿之際，有未具名者以三函見教。謙益按其言易三章，改數處，增一節。此書若非彼函，不及此稿。謙益在此向未具名者致謝——若閣下見書，知謙益已閱，已改，已記。他寫完序言之後放下筆，把那頁紙晾乾，夾進了書稿的第一頁前面。整部書稿在合攏之後從側面看過去，第二稿比初稿略微厚了一些——不仔細量的話看不出來，但頁數確實增加了。
他對著那摞已經合攏的書稿看了很久，沒有說可以了還需要改。他站在書架前面，抬手觸了一下書脊的位置，指腹沿著那排略微突出的折角依次滑過，在第三處折角的邊緣停了一瞬，然後收回手，轉身走出了書房。那部書稿安靜地靠在書架上，封面上非經非傳四個字的墨跡已經完全乾了，紙頁被重新壓平過，但那些被加進去的內容已經嵌入了原來的位置，像一個從未露面的輪廓，藉由三封信的三張紙，已經在紙頁間找到了一條落腳的路。
