長江水師與夔東諸軍會合後，稍事休整便溯江而上，直指重慶。一場戰鬥下來，清軍的重慶水師大敗，殘餘艦隻逃入嘉陵江，從而使重慶清軍基本喪失了對夔東基地的威脅。
之後長江水師分為兩部，一部繼續監視牽制重慶，一部則配合討朔軍作戰。而監視重慶的分艦隊便由段智英率領，在重慶至奉節的江面上來回巡弋警戒。
永曆十二年，順治十五年（1658年）七月，十二月，夔東十三家為牽制清軍南下雲貴，曾兩次圍攻重慶。第一次因為兵力不足，被率領主力回防重慶的吳三桂擊敗；第二次則因為仁壽侯譚詣刺殺涪侯譚文，率部降清，導致戰役全域性逆轉。
儘管夔東十三家兩次攻擊重慶失利，但重慶清軍並沒有太大的優勢，而清廷用兵的主攻方向始終被西南崛起的明軍所牽制，無論是在兵員，還是在物資上，都不可能給予重慶以支援。
而對清廷來說，走甘陝，經保寧，來保障對重慶的補給本身便是個沉重的負擔。如果重慶駐紮的軍隊不是現在的兩、三萬兵馬而是十萬大軍的話，那麼清廷的積蓄就會在這裡被大量地消耗，無法在其他戰線上與明軍作戰。
所以，重慶的清軍沒有多餘的糧餉，既不能對夔東十三家展開戰略進攻，也無法跨越荒蕪的地區，抵擋緩緩逼來的川中明軍。加上無法抵擋長江水師的大艦重炮，重慶清軍反倒要擔心被切斷嘉陵江水道，糧餉被徹底截斷。而吳軍於黔省反正後，重慶清軍又面臨著明軍由遵義、桐梓來攻的威脅，形勢進一步惡化。
明軍艦隊溯流而上，緩速而堅定地接近了重慶，四川巡撫高明瞻帶領文武官員登上城樓，緊張地望著開來的明軍艦隊。
“看敵軍的艦隊數量，肯定載兵不多——”高明瞻捻著鬍鬚，煞有介事地分析道：“這次又是前來威嚇。不是來進攻我們的……”
“巡撫大人高見。”
“大人一語中的，敵人只仗水上優勢，哪敢登陸進攻？”
一片奉承聲中，大家心中一塊石頭落地。面色也舒緩下來。自擊敗重慶水師後，明軍艦隊便經常來往巡航，估計是不想讓重慶再建水師，以便一直保持水上的優勢。
只是這一次，明軍船隻在金湯門城樓的視野範圍內落錨了，重慶諸官員立時噤聲。
重慶的城樓在明軍的長炮射程之內，但長江水師為了節省彈藥，一直沒有進行這種無謂的轟擊。但這次——
火光一個個閃亮，騰起了團團白煙，明軍艦隊以一次威猛的齊射掀開了震懾重慶的帷幕。
“開炮了——”一個清軍將領瞪著江面。傻傻地嘀咕了一句。
站在城樓的重慶官將一時間也沒有反應過來，等聽到震耳欲聾的炮聲時，炮彈已經呼呼地砸了下來。
到處都是巨響，到處都是煙塵，城樓上磚瓦亂飛。周圍碎石迸飛，慘叫和哀嚎全都被淹沒其中。
炮火停止了，但混亂卻還在持續，城上城下，清兵驚慌地喊叫著，四處亂跑。侍衛親兵趕忙衝上城樓，在一片瓦礫中搶救著各位官將。
炮轟雖然威猛。可那個時代的準確率不敢恭維，幾十顆實心炮彈雖然都是瞄準著城樓，但只有四分之一命中目標，其餘的不是打在城牆上，便是飛進了城內。
城樓被炸得悽慘，但卻並未全部坍塌。這使得不少官將得以倖存，巡撫高明瞻便是其中之一。
這位重慶的最高長官被親兵搶救出來，官帽沒了，額頭上鮮血直流，身上滿是土塵。臉上更是沒有血色，目光呆滯，嘴唇哆嗦，連話都說不出來。
驀然間，江面上又是連聲的雷霆響起，重新裝填的火炮又是一輪轟擊。高明瞻身子一顫，嘴裡發出不知什麼意思的怪聲，拼命向前跑，可腿腳不聽使喚，差點摔倒。虧了有親兵扶持，趕忙連架帶攙，將高明瞻帶至安全地帶。
轟的一聲，城樓終於倒塌了下來，木料、磚瓦成了一堆廢墟，騰起了濃重的煙塵，將城門都籠罩起來，什麼也看不清楚。
“起錨，返航！”段智英放下了望遠鏡，經此震懾，應該可以放心東下，參加荊州戰役了。
明軍艦隊已經駛離了很長時間，重慶清軍才從混亂中恢復過來。高明瞻頭纏白布，失魂落魄地坐在椅中，聽著同樣大難不死的官員武將在訴苦哀求爭吵。
“大人，重慶守之無益，應上奏朝廷，退至保寧。”
“大人，應上奏朝廷，速派援兵。”
“派援兵，派多少援兵？這不是援兵的問題了，而取決於水師，大量的戰船，能與敵軍抗衡，同時還需要湖廣的全力配合。”
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