在曹變蛟和王樸到了之後，崇禎皇帝正式任命孫傳庭為總督漕運山東河北軍務，原來的陝西巡撫職位由丁啟睿接任，洪承疇的三邊總督也卸任了由鄭崇儉接任，他去當薊遼總督。
清軍進入山東後，孫傳庭開始和高公公商議該如何協防山東，他認為清軍可能從德州去濟南或者是過大運河去濟南。
兩人商議後，孫傳庭讓王樸率軍去防守德州，高起潛和吳襄率軍去防守臨清州，同時讓山東各地明軍去德州防守，令山東巡撫顏繼祖，登萊巡撫楊文嶽兩人一起去德州坐鎮。
山東兵自吳橋兵變後就沒恢復過來了，前任山東總兵劉澤清此前調任通州總兵將能打仗的都帶走了，新任山東總兵倪寵上任後除了自己家丁，手上就沒有能打的部隊了。
多爾袞得知德州已經有重兵防守了，於是和嶽託商議後率軍從臨清進兵，這裡只有之前被他們打敗的高公公和吳襄的五千兵馬防守臨清，而多爾袞他們根本沒有打臨清直接繞過了這裡渡過運河直撲濟南，清軍有三萬多兵馬，高公公和吳襄根本攔不住，只得飛速上報朝廷和總督孫傳庭。
濟南作為山東的首府又是德王的藩封之地，僅有三千多臨時徵集鄉勇防守，看到清軍架設雲梯準備進攻後，全都不戰而逃，在崇禎十二年正月初二被清軍一鼓而下，鎮守濟南的山東巡按宋學朱不會騎馬，坐著轎子逃跑結果被清軍攔住然後亂刀砍死。
清軍在濟南展開了慘無人道的大屠殺，百姓被殺十三萬，濟南全城被劫掠一空，德王朱由樞被俘，隨後清軍再次攻陷東平、莘縣、館陶、陽穀、壽張，無論是士紳還是百姓都遭了老罪了。
唯一給清軍在山東行動造成損失的就是天花大將軍，代善的兒子，揚武大將軍嶽託感染天花在濟南死了。
因為劉大帥的原因，祖寬這次沒有出現在濟南，高公公和吳襄派到濟南協防的是一個叫劉國棟的參將，他帶著五百人趕到濟南時城池已經淪陷了，又被清軍重兵攔截最後隻身逃脫，事後經部議濟南失陷的第一責任人就是劉國棟，他在詔獄被蹲了半年後因陷藩罪在西市被處死。
濟南失陷後，孫傳庭再也沒辦法穩坐釣魚臺了，他帶著剛趕到的鄭嘉棟、高迎恩、李茂春、曹變蛟等人慌忙從真定府趕到德州，準備在清軍北撤時攔截，如果能救出被俘的德王朱由樞，自己罪名可能會減輕一些。
清軍此時也已經搶夠了，帶著大量劫掠的輜重還有抓的百姓北上，準備離開山東了。
多爾袞倒是沒有直接往德州撞了過去，繞了一圈從武定州往北直隸趕路，孫傳庭先派王樸出戰，在武定州王樸被打敗損失了數百人只得撤離。
老孫接著又派出鄭嘉棟等人率軍四千前往鹽山縣阻擊清軍，結果被勞薩擊敗損失慘重，一路又追擊到樂陵縣。
這一仗也是這次清軍入寇三邊官軍第一次和清軍接戰結果被打的大敗，高迎恩在此後再也沒有從孫傳庭的奏疏裡面出現了，老孫暫時不敢再和清軍正面開片了，只能學前人老辦法，派出小股部隊跟在多爾袞屁股後面襲擾。
這樣的襲擾自然沒辦法攔住清軍腳步，很快多爾袞和杜度就離開了山東轉進到了北直隸，進入北直隸後，在蔡兒莊被京營參將周遇吉截擊，周遇吉斬首十級，也算是這一路上第一個勝仗了。
在清軍撤離山東後，孫傳庭無論如何也得繼續追擊，崇禎皇帝對他怯戰感到很生氣下嚴旨斥責，孫傳庭無奈只得派出自己一直捨不得派上戰場的曹變蛟以及鄭嘉棟部的殘兵敗將和王樸劉光祚等人在楊柳青附近迎戰清軍，同時讓高公公和吳襄也配合。
關寧軍的副總兵屠朝相和都司朱之鎮先接戰，孫傳庭又派了劉光祚增援，這人根本不敢接戰，直接帶著部隊跑路了，王樸見友軍跑了自己也腳底抹油，待曹變蛟趕到後，屠朝相和朱之鎮已經戰死，隊伍潰敗，然後他也跑了，杜度帶著勞薩追擊明軍至靜海縣，斬殺明軍上千，奪戰馬五百多匹。
這一仗把高公公手下的兵馬打掉了一大半，因為逃跑的全是孫傳庭指揮的將領，高公公就上奏疏彈劾了孫傳庭，同時拒絕和孫傳庭再合作，自己這點精兵不能再這麼無意義的送了。
孫傳庭也知道不好好打一仗，自己戰後絕對要進詔獄搞不好還得被砍了，於是在二月初四，他讓鄭嘉棟、曹變蛟、楊國柱在茨州黃花店一帶伏擊清軍譚泰部，譚泰發現了明軍的埋伏，同明軍三個總兵在黃花店接戰，雙方打了個不分勝負。
明軍戰後斬首七級，孫傳庭上奏說明軍作戰勇敢擊潰清軍一路偏師，譚泰上奏給皇太極說自己帶著本部和蒙古兵擊敗孫都堂和三個總兵，擊潰一萬多明軍。
這一仗沒能斬獲太多，在三天後孫傳庭又在東安縣的運河組織了一次伏擊，這次清軍沒有發現伏兵，明軍大勝擊敗清將費揚古斬首十七級，搶回清軍劫掠的四千四百兩銀子，牲畜五十頭，救回一百多被擄的百姓。
這一下讓曹變蛟信心大增，又來向孫傳庭請戰，不過搜尋幾天也沒找到合適的對手，清軍沒有再散開到處亂跑了。
就這麼樣清軍一路撤到三屯營，孫傳庭就跟著後面攆，再加把勁就能把清軍送出去了，這時候處理完了關外的事，祖大壽帶著上萬關寧軍入關勤王，在寶坻縣碰到了一支清軍隊伍，他衝進去就是一頓亂砍亂殺，也不分辨老百姓和清軍最後斬首一千級，當然有多少是老百姓的有多少是清軍的就不得而知了。
祖大壽雖然來了，但是也沒法打贏，明軍還是一路攆著清軍的屁股往長城外面送，時不時割幾個人頭，或帶著騎兵在大隊清軍後面轉一圈，在清軍反應過來前立馬跑路，就這樣終於將這幫煞神送出了長城。
當然這種戰功根本沒法打動崇禎皇帝，在清軍撤走後，馬上將孫傳庭逮入詔獄，最初的罪名是欺君，因為監督孫傳庭的劉宇亮說他耳朵不聾聽得到別人說話。
當然這次事件還沒有結束，就在祖大壽入關勤王時，皇太極抓住機會出兵圍攻松山，集結烏真超哈，讓固山額真石廷柱以及馬光遠帶著大量紅夷炮轟擊松山防線，祖大壽帶著關寧軍迅速返回錦州。
此次皇太極親自掛帥，阿濟格、碩託、尼堪、羅託以及耿仲明、尚可喜隨軍出征，此時松山只有金國鳳帶著三千兵馬在防守。
在紅夷大炮轟擊後，皇太極讓耿仲明和尚可喜率軍進攻松山東門的墩臺，石廷柱進攻南門墩臺，馬光遠進攻西南墩臺，拿下了這些城外的工事，並且俘虜了幾十名沒被炸死的明軍，清軍休整了一天準備第二天一舉拿下松山，拿下松山錦州便是一座孤城了。
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