侯思止為人殘暴粗俗，審訊手段陰狠歹毒，對待不認罪的官員極盡折辱。提審魏元忠時，侯思止勒令他像罪犯一樣跪在地上，拖拽著他在廳堂地面爬行，逼迫他承認謀反罪名。
魏元忠不肯屈從，平靜調侃自身遭遇：我時運不濟，如同從驢背上墜落，被驢蹄拖拽在地，僅此而已。
這番話徹底激怒侯思止，當即下令加重刑罰，威逼魏元忠認罪伏法。魏元忠抬眼直視酷吏，毫無懼色：你想要我的頭顱，直接砍下便可，休想逼我憑空捏造謀反罪名。
侯思止用盡酷刑，始終無法讓魏元忠自誣，只能將審訊結果上報武則天。武則天內心清楚又是酷吏羅織罪名，不願誅殺一眾治國能臣，再次從輕處置，將魏元忠貶為涪陵令，再度流放西南蠻荒之地。
數年之後，朝野酷吏引發民怨沸騰，武則天逐步清算周興、來俊臣、侯思止一眾酷吏，盡數誅殺，曾經被誣陷流放的大臣紛紛上書訴冤，滿朝文武都為魏元忠鳴不平，武則天順勢下旨，將魏元忠重新召回洛陽，官復原職，依舊擔任御史中丞。
一次宮廷宴席，武則天私下詢問魏元忠：你前後多次遭受誣告貶謫，屢次身陷死罪，究竟是什麼緣由？
滿殿官員都屏息等待魏元忠回答，有人以為他會哭訴委屈、控訴酷吏，有人以為他會自認行事魯莽招致禍端。魏元忠坦然作答，留下流傳千古的經典比喻：臣就如同山林之中的野鹿，那些整日羅織罪名陷害大臣的酷吏，便是一心狩獵的獵人。獵人想要獵殺野鹿，取鹿肉烹煮羹湯博取升遷資本，臣身為野鹿，又哪裡有什麼罪過？
一句話直白點破武周朝堂的扭曲規則：酷吏靠誣陷重臣換取仕途晉升，無辜大臣淪為他們升官路上的獵物。武則天聽完沉默良久，無言反駁，心中更加清楚魏元忠品性坦蕩，無半分私心雜念。
聖歷二年，武則天正式提拔魏元忠為鳳閣侍郎、同鳳閣鸞臺平章事，正式拜相，執掌宰相職權，同時兼任檢校幷州長史、天兵軍大總管，統籌北方邊防，防禦突厥入侵，文相武職一身兼掌，成為武周朝堂舉足輕重的核心重臣。
手握宰相大權的魏元忠，沒有變得圓滑世故，反而更加剛直，權貴、帝王寵臣，只要觸犯國法，他一律不留情面。
拜相之後，魏元忠又兼任左肅政臺御史大夫、檢校洛州長史，掌管東都律法治安，治理威嚴清明，權貴子弟、世家奴僕不敢肆意妄為。彼時張易之、張昌宗兄弟深得武則天極致寵愛，二人官居高位，家族子弟遍佈朝野，家奴倚仗主子權勢，在洛陽街市欺壓百姓，搶奪財物，百官全都刻意避讓，無人敢上前管束。
一日張氏家奴在鬧市當眾施暴，毆打普通百姓，恰好被巡街的魏元忠部下抓獲。旁人紛紛勸說魏元忠從輕處置，賣張易之一個情面，免得招惹禍事。魏元忠全然不顧張氏兄弟聖眷滔天，直接下令按照大唐律法，當眾杖殺這名行兇惡奴，全城百姓拍手稱快，張氏家族上下又恨又怕，卻抓不到半分魏元忠的把柄。
此後魏元忠多次直面武則天，直言張氏兄弟擾亂朝綱，勸說帝王疏遠奸佞小人。彼時太子李顯居住東宮，魏元忠兼任檢校左庶子，負責輔佐太子，他當眾向武則天進奏：臣承蒙先帝託付，又受陛下厚重恩寵，卻沒能盡到臣子本分，任由奸佞小人陪伴君主身側，這是臣的失職之罪。
這番話直指張易之、張昌宗，二張得知後對魏元忠恨之入骨，日夜在武則天身旁詆譭、構陷，伺機除掉這個眼中釘。
長安三年，武則天身體染病，久居深宮休養，張氏兄弟擔心武則天一旦駕崩，太子登基之後會清算自己，決定先發制人，捏造驚天謀逆大案。他們暗中羅織證詞，誣告魏元忠與司禮丞高戩私下結盟，密謀挾持太子，打算廢除武周、扶持太子提前掌權，圖謀長久把持朝政。
謀逆挾持太子是十惡不赦的重罪，武則天病中心智恍惚，聽信張氏兄弟讒言，下旨將魏元忠、高戩打入詔獄，當庭對質審訊，召集太子、相王與一眾宰相旁聽。
庭審之上，張昌宗買通官員張說作偽證，逼迫張說當庭指證魏元忠曾經商議謀反。張說起初畏懼張氏權勢，打算順從作偽，可朝堂之上魏元忠正氣凜然，一番慷慨陳詞打動張說，張說當庭翻供，坦言自己是受張昌宗脅迫，所謂謀反對話全系捏造。
偽證被戳穿，張氏兄弟的陰謀敗露，可武則天依舊偏袒自己的寵臣，不願徹底治罪二張，只能各打五十大板，既不處死魏元忠，也不留在朝堂重用，下旨貶魏元忠為高要縣尉，遠赴嶺南端州，這是魏元忠人生第三次遭受流放貶謫。
臨行之前，魏元忠入宮覲見武則天，做最後一次君臣對話。他直言：臣年事已高，此次遠赴嶺南，恐怕再無歸來之日，陛下日後務必分清忠奸，切莫被小人矇蔽。說完轉身離宮，沒有半句求饒。滿朝正直大臣心中惋惜，卻無力挽回。
貶謫嶺南數年，魏元忠在地方安撫百姓、整頓邊防，依舊勤懇履職，不曾荒廢政務。神龍元年，張柬之等人發動神龍政變，誅殺張易之、張昌宗，武則天被迫退位，唐中宗李顯復位，大唐國祚重回李氏手中。
李顯當年身為東宮太子，全程知曉魏元忠因維護太子遭張氏誣陷流放，登基第一道詔令，便是將遠在嶺南的魏元忠火速召回長安，官復原職，再度拜相，提拔兵部尚書、中書令，加封齊國公，給予最高規格禮遇，軍國大事全部交由魏元忠統籌決斷。
歷經武周半生風波，兩度拜相，魏元忠終於迎來屬於李氏朝廷的高光時刻，朝野百姓全都期盼這位直臣整頓朝綱，肅清此前酷吏、奸黨遺留的弊病。
唐中宗李顯復位初期，對魏元忠極度信任，大小政務必先詢問魏元忠意見。可李顯性格懦弱，皇后韋氏野心勃勃，一心效仿武則天把持朝政，安樂公主謀求皇太女之位，武三思、宗楚客等外戚奸佞逐步掌控朝堂，新舊勢力再度激烈纏鬥，朝堂風氣重新變得渾濁。
步入暮年的魏元忠，心性悄然發生細微變化。半生四次流放、數次瀕死，見過酷吏酷刑、帝王涼薄、奸佞構陷，他不再像壯年時事事硬碰硬，偶爾選擇折中隱忍，避免朝堂大規模動盪，可骨子裡堅守忠義的底色從未更改，依舊不願依附韋后、武三思集團。
韋氏、武三思一黨視魏元忠為奪權路上最大阻礙，屢次暗中排擠、詆譭，不斷在中宗面前進讒言，只是忌憚魏元忠朝野聲望，不敢直接捏造謀逆重罪。
景龍四年七月，太子李重俊不堪忍受韋后、安樂公主欺辱，聯合羽林衛將領發動兵變，率先誅殺武三思、武崇訓父子，隨後率軍闖入皇宮，打算除掉韋皇后與安樂公主，最終兵變失利，太子出逃途中被殺，朝野震動。
兵變爆發時，魏元忠之子魏升被太子強行脅迫跟隨軍隊行動，並未主動參與謀劃。兵變平定之後，宗楚客、紀處訥等韋后黨羽抓住把柄，聯名上書，大肆彈劾魏元忠，聲稱魏元忠暗中教唆太子起兵謀反，父子同謀，罪該滅族。
唐中宗起初不願處死魏元忠，感念他三朝功勳，可韋后一黨日夜逼迫，滿朝依附外戚的官員紛紛附和彈劾，輿論壓力之下，中宗只能降旨，免去魏元忠中書令宰相官職，貶為渠州員外司馬，不久再度追加貶謫，流放思州，這是魏元忠人生第四次流放，彼時他已是年近七十的垂暮老人。
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