這番質問，暗藏巨大壓力，換做旁人早已惶恐下跪辯解，崔玄暐身姿挺直，從容應答，不卑不亢：“臣今日所作所為，恰恰是報答陛下多年提拔之恩。張氏兄弟禍亂宮廷、構陷忠良，危及李唐宗廟社稷，臣清除奸邪，穩定朝局，保全陛下一生功業，便是最大的回報。”
一番話說得不偏不倚，既不否認武則天的知遇之恩，又擺明復唐清奸的立場，武則天無言反駁，沉默良久，認清大勢已去，無力阻攔眾臣。
次日，崔玄暐與一眾大臣聯名上奏，懇請武則天傳位於太子李顯。大勢所趨之下，武則天下詔退位，遷居上陽宮，長達十五年的武周政權宣告終結，大唐國號重新恢復，史稱神龍政變，亦名神龍革命。
正月二十五日，太子李顯正式登基，是為唐中宗。登基之後，論功行賞，五大主導政變的功臣全部封王：張柬之漢陽王、崔玄暐博陵郡王、桓彥範扶陽王、敬暉平陽王、袁恕己南陽王，後世合稱“五王”。
崔玄暐升任中書令，官居正宰相，加封銀青光祿大夫、上柱國，賜封博陵郡開國公，手握朝廷行政大權，一時風光無二。身居高位，他依舊不改清貧本色，府邸狹小樸素，家中無貴重器物，俸祿大多接濟貧寒親友，家中妻兒常年布衣素食，和早年做縣尉之時並無太大差別。
掌權之初，崔玄暐一心整頓朝堂，糾正武周時期遺留的諸多弊政。他再次大規模平反冤獄，恢復大批被武氏、二張打壓官員的官職；削減各地佛寺過度擴張佔用的百姓田地，減輕民間賦稅徭役；嚴格約束地方官吏，重申清廉為官准則，母親當年的家訓，成了他下發州縣官員的修身範本。
可朝堂局勢的暗流，遠比崔玄暐預想中洶湧。唐中宗李顯早年長期流放房州，性格懦弱，復位之後極度縱容妻子韋皇后，任由韋后干預朝政。而武三思作為武則天侄子，憑藉姑母遺留勢力，頻繁出入後宮，與韋皇后私下勾結，二人結成利益同盟，將五王視為眼中釘。
武三思、韋后心中清楚，五王手握再造大唐的滔天功勳，又掌控朝堂實權，只要這五人一日在位，武氏宗族、韋后外戚便無法獨攬大權，想要肆意弄權，必先削去五王權力，徹底剷除這股忠臣力量。
二人日夜在唐中宗耳邊不斷進讒言，歪曲五王初心，謊稱五王仗著擁立之功獨斷專行，有架空皇帝的野心。唐中宗本就缺乏主見，久而久之，漸漸猜忌當年拼死扶持自己復位的五位功臣。
為了不動聲色剝奪實權，武三思獻上明升暗降之計。神龍元年五月，唐中宗下旨，加封張柬之、崔玄暐五人為郡王，授予特進榮譽頭銜，下詔免去五人宰相職務，只允許每月初一、十五入朝參拜，日常政務完全不得插手。
表面上賞賜郡王爵位，極盡尊崇，實則直接奪走五人中樞決策權。崔玄暐看透這套帝王權術，心中悲涼，卻無力反駁聖旨，只能交出中書令印信。沒過多久，朝廷再次下發調令，命崔玄暐出任檢校益州長史，兼任益州都督，離開兩京核心朝堂，遠赴西南邊地任職。
離開洛陽那日，昔日一同謀劃兵變的同僚紛紛前來送別，桓彥範握住崔玄暐手臂，滿心憤懣：“我等捨生忘死撥亂反正，如今反倒被奸人排擠遠走，這大唐朝堂，當真容不下忠良？”
崔玄暐只是淡淡苦笑：“君上偏聽偏信，奸邪盤踞宮闈，多說無益。只求守住一方百姓，不負心中道義便足矣。”
抵達益州之後，崔玄暐依舊勤勉理政，整頓西南吏治，安撫邊疆少數民族，減免當地苛捐雜稅，益州百姓感念他的恩德，民間多有稱頌。但遠在西南的他，始終沒能躲開武三思持續不斷的構陷打壓。
神龍二年，西元706年，武三思新一輪構陷接踵而至。駙馬王同琪看不慣武三思與韋后穢亂宮廷，暗中謀劃誅殺二人，計劃提前洩露，王同琪被捕處死。武三思抓住這次機會，刻意捏造證詞，誣陷崔玄暐、張柬之五王與王同琪同謀作亂，意圖再次發動兵變。
唐中宗本就對五王心存芥蒂，看到偽造的供詞勃然大怒，即刻下詔貶黜崔玄暐為均州刺史。均州地處湖北，雖不算蠻荒，但相比益州都督，品級大幅跌落，明顯是朝廷貶謫懲罰。
崔玄暐接到貶官聖旨，沒有上書申辯，簡單收拾行裝前往均州赴任。他心裡明白，皇帝早已被韋后、武三思矇蔽，任何辯解只會引來更深猜忌，不如安分履職，靜待公道。
可武三思並未就此收手，一心要將五王趕盡殺絕。當年七月，京城傳出流言，大肆宣揚韋皇后私生活不端、穢亂後宮，市井百姓議論紛紛。武三思抓住這個機會，暗中散佈訊息，對外宣稱這些詆譭皇后的流言，全是崔玄暐等五王刻意散播，刻意離間帝后感情。
這番嫁禍正中唐中宗痛處，李顯極其維護韋皇后，聽聞此事怒火攻心，認定五王心懷歹意，即刻頒佈重罰詔令。崔玄暐再遭降級，貶為白州司馬，剝奪所有郡王封爵，子孫後代不得承襲恩蔭。白州地處如今廣西博白，嶺南瘴氣密佈，在唐代是公認的流放惡地，路途艱險，毒蟲疫病橫行，被貶至此的官員十有八九難以活著返回中原。
貶官白州僅僅數月，武三思仍不罷休，持續向中宗進言，稱五王留在各州，始終是朝廷隱患，必須盡數流放極南蠻荒之地。最終聖旨下達：崔玄暐流放古州，永世不得回京。古州位於如今廣西北部，比白州更為偏遠，深山密林環繞，瘴毒極重，屬於唐代頂級流放絕境。
此時崔玄暐已是六十七歲高齡，常年操勞國事，身體本就孱弱，接連貶謫、長途奔波，早已積勞成疾。接到流放古州的詔令，他沒有崩潰抱怨，平靜與州府官吏、百姓辭別，孤身踏上南下之路，身邊僅有一名老僕隨行。
一路向南，氣候日漸溼熱，山間霧氣裹挾瘴氣，崔玄暐一路咳嗽不止，高熱反覆發作，無良藥醫治。途經荒僻山道，缺醫少糧，每日只能靠粗米野菜果腹，昔日高居相位、匡扶社稷的一代名相，拖著病體艱難跋涉，沿途百姓認出他是崔郡王，偷偷送來食物草藥，無人敢公開接濟，懼怕朝廷追責。
行至半路，病情急劇惡化，高熱不退，意識時常模糊。彌留之際，崔玄暐躺在簡陋驛站木板床上，叮囑隨行老僕兩件事：第一，家中子孫務必恪守清廉，為官不貪一分一毫，謹記祖母盧氏當年家訓；第二，若日後朝廷能夠平反，不必為他厚葬，簡單薄棺下葬即可，不要耗費百姓錢糧。
西元706年秋，崔玄暐病逝於流放途中，終年六十九歲。一代清白忠臣、神龍政變核心功臣，沒能抵達流放地，也沒能重回故土，孤零零隕落在南疆瘴癘路途之中。
訊息傳回洛陽，一同遭貶的張柬之聽聞噩耗，悲痛萬分，本就年邁體弱，沒多久也鬱鬱而終；其餘三王，同樣遭受武三思殘酷迫害，下場悽慘。曾經攜手匡復李唐的五位忠臣，短短一年之內盡數凋零，朝堂徹底落入武三思、韋后外戚掌控，大唐再次陷入動盪。
崔玄暐含冤離世後，朝中奸佞當道，無人敢為他鳴不平，罪名長期無法洗刷，家人只能悄悄派人南下，尋回他的遺骸，草草安葬於博陵老家祖墳，不敢大肆操辦葬禮。
四年之後，景雲元年，西元710年，臨淄王李隆基聯合太平公主發動唐隆政變，誅殺韋皇后、安樂公主、武三思一眾亂臣賊子，擁立相王李旦登基，即唐睿宗。新帝上位，徹底清算韋、武餘黨，當年被誣陷流放的五王冤案得以全面重審。
朝廷查證所有構陷證據，確認崔玄暐並無謀逆、詆譭皇后罪行，一切皆是武三思刻意捏造，唐睿宗下旨恢復崔玄暐全部官爵，追封原有博陵郡王爵位，賜予諡號“文獻”。文，贊其飽讀詩書、文行兼備；獻，表彰他為國獻身、安定社稷的大功，諡號高度肯定他一生忠誠與德行。
。憾的死慘冤蒙年當補彌，祀祭家皇世後，帝先配，廟宗宗中唐進奉供位靈暐玄崔將，詔下基隆李宗玄唐，年817元西，年六元開
：勳功世蓋的唐大造再暐玄崔定肯，賞恩加追斷不王帝唐大位多，間年十數
；臣功等上名一十前列位暐玄崔，臣功等一朝前定評宗代唐，年四十曆大
；等上臣功列位，師太子太為暐玄崔贈追宗德唐，年三中建
。仰瞻世後同一將名臣名等德敬遲尉、晦如杜、齡玄房與，中其列名暐玄崔，像畫臣功興中、國開位七十三製繪，閣煙凌建修宗宣唐，年二中大
。臣功代漢超遠績功的唐李定安其稱，比對周、平陳的之氏呂定平初漢與其將，高極價評暐玄崔對史，》書唐《舊新閱翻
。人之謹嚴最守、粹純最行品中之人五是暐玄崔為認遍普，王五龍神析分家史世後
