當西域的烽煙暫熄，帝國的視線轉向另一個同樣複雜、充滿瘴癘與叛服的邊疆——西南。
雲貴高原及川、湘、桂等省交界地區，歷來是土司制度的天下。
這些世襲的少數民族首領，擁兵自重，割據一方，對朝廷時叛時服，形同獨立王國。
明朝中後期雖有“改土歸流”之議，然阻力巨大，成效不彰。
明末清初的戰亂，更使得許多土司坐大，中央權威幾乎蕩然無存。
大陳立國後，雖陸續有土司上表歸順，接受朝廷的宣慰使、宣撫使等虛銜，然其內部治理、兵權、稅收、司法依舊自成體系，甚至不時劫掠漢民州縣，阻隔商路，成為西南大患。
其中，以雲南的黔國公沐氏餘部（已與當地土司結合）、貴州的水西 安氏、四川的永寧 奢氏、湖廣的容美 田氏等勢力最為強大難制。
啟明四年夏，朝廷正忙於消化西北戰果、推行內部新政之際，西南邊陲接連傳來急報：
雲南 車裡宣慰司（西雙版納）土司刀氏，因不滿朝廷新設的“茶馬司”監管茶葉貿易、限制其私下與緬甸交易，勾結境內孟艮等土目，起兵叛亂，攻陷普洱府，殺害流官，劫掠漢村，並煽動周邊土司響應。
貴州 水西 宣慰使 安坤，藉口朝廷清丈田畝、推行“士紳一體納糧”觸及其在漢民地區的“莊田”利益，聚集苗、彝兵馬數萬，封鎖道路，襲擊官軍哨所，並暗中聯絡四川 永寧 宣撫使 奢崇明（歷史上於天啟年間叛亂，此處延後），圖謀不軌。
湖廣 容美 宣慰使 田舜年，則對朝廷在其轄地附近開礦、移民屯墾深感不安，雖未公然造反，但厲兵秣馬，對過往商旅課以重稅，屢次驅逐朝廷派去的宣慰使，態度極為桀驁。
訊息傳至北京，朝野震動。
一些官員主張“懷柔”，認為西南瘴癘之地，用兵耗費巨大，勝負難料，不如多給賞賜，承認其特權，羈縻了事。
但以陳遠、兵部尚書孫傳庭、以及剛從西北歸來的秦玉鳳（雖不直接主政，但發言權極重）為代表的強硬派則認為，土司之患，已成國瘍，非徹底解決不可。
武英殿內，陳遠指著西南地圖，對重臣們道：“諸卿，西南土司，恃其險遠，挾其部眾，時降時叛，視朝廷如無物。
明代奢安之亂，禍連數省，教訓深 刻。
今我大陳新立，若不趁國力方張，以雷霆手段，革除此弊，則西南永無寧日，國家賦稅、人丁、礦產，皆受其制，後患無窮！”
“然則，西南山高林密，瘴癘橫行，土人悍勇，熟知地形。
若一味強攻，恐重蹈前明覆轍，師老兵疲。”
有老成官員憂慮道。
秦玉鳳出列道：“陛下，諸位大人。
西南用兵，確與塞北、江南不同。
然 其 弊 在 ‘ 土’， 其 利 亦 在 ‘ 土’。
土 司 之 所 以 難 制，在 於 其 能 集 合 部 眾，憑 險 自 守。
若 能 ‘ 改 土 歸 流’，廢 其 世 襲，設 立 流 官，編 戶 齊 民，則 其 根 基 自 潰。
用 兵 之 道，不 在 於 與 其 在 山 林 中 糾纏，而 在 於 ‘ 擒 賊 擒 王’，打 掉 幾 個 最 強 橫、最 跳 梁 的 大 土 司，以 儆 效 尤，同 時 輔 以 政 治 分 化、經 濟 收 買、移 民 實 邊 等 策，方 為 長 久 之 計。”
陳遠深以為然，最終定策：“西 南 之 事，當 以 ‘ 改 土 歸 流’為 根 本，武 力 為 後 盾，區 別 對 待，分 步 推 行。”
他下達了一連串命令：
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