陸軍則在城堡南、東、西三面，挖掘壕溝，修築炮壘，將六十門火炮，包括十門重型紅夷大炮，推上前沿，對準了雅克薩的木牆。
“限 爾 等 一 個 時 辰 內，開 城 投 降，可 保 性 命。否 則，城 破 之 日，雞 犬 不 留！” 趙勇下達了最後通牒。
哈巴羅夫拒絕。
時辰一到，趙勇令旗揮下。
“開 炮！”
“轟！轟轟轟轟——！！！”
六十門火炮，其中包括專門用來轟擊城牆的重型 實心彈和爆破彈（內填火藥，延時引信），同時發出了驚天動地的怒吼！
炮彈如同冰雹般砸向雅克薩的木製城牆！實心彈將粗大的原木擊碎、打斷；爆破彈則在牆根或城內爆炸，火光沖天，破片橫飛！
僅僅半個時辰的炮擊，雅克薩那看似堅固的木牆就被轟開了數道巨大的缺口，城頭的炮臺也多被摧毀，守軍死傷慘重。
哈巴羅夫本人也被飛濺的木刺所傷。
“步 兵，進 攻！” 趙勇再次下令。
數千名步兵，在火銃齊射的掩護下，挺著長槍，推著楯車，從多個缺口湧入城內。
殘餘的哥薩克士兵進行了絕望的巷戰，但在絕對優勢兵力和火器面前，抵抗迅速被粉碎。
哈巴羅夫試圖從北面江岸乘小船逃跑，被江面上的大陳水師快船攔截，生擒。
雅克薩之戰，以大陳軍的完勝告終。四百守軍，大半被殲，餘者包括哈巴羅夫在內，盡數被俘。
趙勇下令，將城堡徹底焚燬，以儆效尤。
隨後，趙勇挾大勝之威，繼續率水師西進，兵臨尼布楚。
尼布楚的羅剎守軍聽聞雅克薩慘狀，又見大陳軍勢浩大，水陸並進，早已膽寒。
其頭目阿爾興斯基不敢再戰，派出使者，請求談判。
這一次，輪到羅剎人低聲下氣了。
趙勇接受了談判請求，但將談判地點定在黑龍江 畔 的 大陳 軍 營內，以示強勢。
在談判中，趙勇出示了哈巴羅夫等人的供詞（承認侵略）、被俘的羅剎士兵，以及展示強大的軍力，態度極為強硬。
他提出了以額爾古納河、格爾必齊河、外興安嶺（斯塔諾夫山脈）為界的劃界方案，要求羅剎人拆毀尼布楚以東、以南的所有據點，永遠不得越界。
同時，提出在尼布楚或恰克圖（待定）開設邊境互市，允許雙方商人自由貿易。
阿爾興斯基在軍事壓力和避免更大損失的考慮下，最終基本接受了趙勇的劃界要求，但請求保留尼布楚作為貿易點。
趙勇在請示北京後（陳遠授權其便宜行事），同意了這一請求，但嚴格限定了尼布楚的規模和駐軍數量。
啟明五年秋，《尼布楚條約》（雛形）以口頭協議和備忘錄形式達成。
雖然這並非後世那種正式、平等的國際條約，但在當時，無疑是以大陳的絕對軍事勝利和強大實力為後盾，迫使羅剎勢力退出了黑龍江中下游流域，初步劃定了東北亞的勢力範圍。
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