趙勇領命返回瀋陽，立即展開了緊鑼密鼓的部署。
他深知，對付黑龍江流域的亂局，必須分清主次，雙線並進，且手段需剛柔並濟，乃至不乏機謀詭詐。
首先，他以雷霆萬鈞之勢，集中遼東、吉林兩省五萬精銳，兵分多路，對盤踞在 長白山、張廣才嶺、老谷嶺 等地的殘清勢力，發動了代號“ 犁庭”的全面清剿。
不再滿足於驅逐，而是力求徹底殲滅。
他採納了洪承疇在西南的策略，派出大量熟悉當地情況的“撫夷使”和細作，攜重金和空白告身，深入山林部落，大肆招降納叛，離間殘清內部。
對頑固不化者，則大軍合圍，用火炮轟擊其山寨巢穴，絕不手軟。
在朝廷“降者免死，擒首來獻者重賞，頑抗者族誅”的高壓和利誘下，許多原本依附殘清的小股武裝、部落紛紛倒戈。
屯齊、拜音圖等核心勢力迅速被孤立、壓縮。趙勇親率主力，窮追猛打，歷時四月，終在牡丹江上游的密林中，將屯齊殘部合圍。
屯齊拒降，戰至最後一兵一卒，最終自焚於其隱匿的木寨之中。
拜音圖則在逃亡途中，被其部下巴牙喇（護軍）出賣，綁縛送至趙勇軍前，被凌遲處死，傳首遼東各衛所。
其餘大小頭目，或死或降。
至啟明五年夏，為禍數年的遼東殘清武裝，基本被肅清。
趙勇將降眾中精壯者編為“新滿洲營”，派駐各地戍守，老弱則安置屯田，徹底剷除了羅剎人在當地最重要的“合作者”和內應。
在軍事清剿的同時，針對羅剎人的行動也已悄然展開。
趙勇並未立即大舉北上興師問罪。
他先是派出了以兵部職方司郎中 張鵬翼為首的使團，攜國書、禮品，由松花江乘船北上，前往雅克薩，試圖與羅剎人頭目進行交涉。
國書以滿、蒙、漢、拉丁文（從北京耶穌會士處獲得幫助）四種文字書寫，措辭嚴正而留有迴旋餘地，重申了朝廷對黑龍江流域的主權，要求羅剎人拆除堡寨，撤離人員，停止侵略，並提出了在尼布楚進行劃界談判的建議，同時允諾開放邊境互市。
然而，此時佔據雅克薩的哥薩克頭目哈巴羅夫，是個貪婪而狂妄的冒險家，他剛剛獲得沙皇的嘉獎和新的探險特許狀，正野心勃勃地試圖征服更多土地，獲取更多皮毛。
他根本看不起這個“南方帝國”的使者，認為其軍隊不堪一擊（從殘清潰兵口中得到的錯誤印象）。
他傲慢地拒絕了使團的全部要求，扣押了部分禮物，並將來使驅逐，揚言“哥薩克的馬鞭所指之處，便是沙皇陛下的土地”，甚至挑釁性地加強了在黑龍江中游的巡邏和劫掠。
訊息傳回，趙勇不怒反笑。
他早就預料到，對付這些信奉弱肉強食的冒險家，沒有足夠的武力展示，任何外交辭令都是徒勞。
羅剎人的反應，正好給了他動武的充分理由，也讓他看清了對方的虛實——遠來疲敝，兵力有限，極度依賴據點，且與當地土著、乃至其“盟友”殘清的關係都已破裂。
“是 時 候 了。”
趙勇對麾下將領道，“羅 剎 人 自 恃 火 器，踞 城 而 守，以 為 我 軍 不 耐 苦 寒，不 善 攻 城。
今 日，便 讓 他 們 見 識 見 識，什 麼 叫 做 ‘ 天 朝 王 師’！”
他並未傾巢而出，只精心挑選了兩萬精銳，其中步兵一萬（火銃手佔四成），騎兵五千，炮兵一千（攜各種火炮六十門，包括新式的“破虜”野戰炮和臼炮），以及水師戰船五十艘（載兵四千，負責運輸、封鎖江面、提供炮火支援）。
這支軍隊裝備精良，訓練有素，且不少軍官參與過西北、西南戰事，經驗豐富。
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