“技術可交流，主權不能失”的方針，為帝國在思想與技術層面劃定了清晰的邊界。然而，要將對外交往的潛在利益，尤其是滾滾而來的貿易利潤，切實轉化為充盈國庫、支撐新政的白銀，則需要一套高效、嚴密且杜絕貪腐的制度保障。
前明的“市舶司”制度早已廢弛，清初的“十三行”雖有雛形，但管理混亂，弊竇叢生，朝廷所得往往十不及一。
陳遠深知，海關乃國家財賦之咽喉，洋商聚集之淵藪，治理好壞，關乎國計民生，亦關乎對外形象與主權尊嚴。
啟明九年，在初步理順與西洋諸國關係、南洋貿易日盛、國內工商業漸興的背景下，陳遠下詔，以雷霆手腕，推行海關制度改革，旨在建立一套“利權歸國，高效廉潔，便於商旅”的新體系。
改革由戶部尚書牽頭，工部（負責港口、關卡建設）、刑部（負責緝私、司法）、都察院（負責監察審計）及新設的外務通商司協同辦理。
核心是頒佈《大陳海關總章》及一系列實施細則。
首先，確立“海關”的獨立性與中央直轄地位。
詔令宣佈，在廣州、廈門（月港）、寧波、雲臺山（松江府上海縣，因其位於長江入海口、輻射江南腹地的潛力而被選為新興口岸）四處，設立直屬戶部的“海關監督衙門”，簡稱“海關”。
海關監督由皇帝特簡，通常由戶部、內務府或皇帝親信的幹練官員擔任，不受地方督撫節制，直接對戶部和皇帝負責。
其下設徵收、稽查、登記、外交（與洋商交涉）等各科，人員從原市舶司、地方稅關中擇優留用，並大量招募精通算學、律法、外語（葡、荷、拉丁語）的新進士子、吏員，經嚴格考核培訓後上崗。
海關衙署的建築、銀庫、碼頭、查驗場，均由工部統一規劃建造，務求堅固、規範、高效。
其次，推行“一口通商，劃一稅則”。
為便於管理和控制，詔令明確以上四口為對外通商正口，其他沿海港口，除福州、泉州可對東洋（日本、琉球）及南洋華人商船有限開放外，一律不得與西洋商船貿易，違者以走私論處，地方官同罪。
此舉雖有限制，但集中了資源，也避免了各口岸競相降低稅率吸引商船導致的稅收流失和內耗。
《海關稅則》的制定，是改革的重中之重。
由戶部、外務通商司會同廣州、廈門等地有經驗的行商、洋商通事反覆磋商，並參考了西洋國家的關稅制度（透過耶穌會士和荷蘭人瞭解），力求“簡明公平，便於稽徵，保護本土”。
稅則主要分以下幾類：
1. 船鈔：按商船梁頭尺寸（衡量載重量）分等徵收，取代以往按船隻數量或估價的混亂做法。
西洋大船稅重，中國商船、南洋華人小船稅輕，以示優待。
2. 貨稅：從量稅與從價稅結合。
對大宗、易計量的貨物如茶葉（按擔）、生絲（按包）、瓷器（按件）、蔗糖（按石）等，實行從量稅，稅率固定。
對高價值、品種繁雜的貨物如西洋呢絨、玻璃器、香料、珠寶等，實行從價稅，稅率一般為“值百抽五”（5%），但奢侈品（如鐘錶、香水）可抽十，本國急需物資（如西洋書籍、精密儀器、良種）可減免，鴉片等毒物嚴禁進口。
所有貨物需在海關指定碼頭卸貨，經官吏查驗、登記、估價、徵稅、貼上“稅訖”印封后，方準起岸入庫或轉運。
3. 附加稅與規費：明令廢除一切“陋規”、“火耗”、“雜派”。
但為彌補海關行政開支、港口建設及“養廉”所需，允許在正稅之外，徵收固定的、公開的“鈔關稅附加”（約為船鈔的20%）和“貨物查驗保管費”（按貨值極小比例）。
所有稅費名稱、標準張榜公佈，嚴禁官吏額外索取分文。
第三，革新徵稅與稽查手段，運用技術，打擊走私。
標準衡器與度量：由工部統一製造頒發標準砝碼、丈尺、量器至各海關，定期校驗，杜絕大小鬥、長短尺之弊。
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