報表需列明船隻數目、貨物品類數量、應收實收稅款、開支細目等，力求透明。
強化稽查：各海關配備緝私船隊和巡丁，由熟悉水性的沿海民壯、退伍水師士兵組成，在口岸附近水域及沿海要道巡邏，嚴查繞越偷漏。
鼓勵商民舉報走私，查實後以沒收貨物價值的三成重獎。
對抓獲的走私犯，無論華洋，一律按《大陳律》嚴懲，洋商走私則加倍罰款，屢犯者吊銷貿易執照，驅逐出境。
“保商”與“行商”制度改造：保留並規範廣州原有的“十三行”制度，但將其納入海關管理體系。
行商需向海關繳納鉅額“行帖”保證金，並承擔為其擔保的外商納稅、行為的連帶責任。
行商不再是簡單的中間商，而是協助海關管理外商、評定貨價、辦理交涉的半官方機構。
其利潤來自官府允許的合法佣金，而非盤剝外商或勾結走私。
第四，改善口岸設施與服務，以便商為本。
陳遠強調，海關不僅是收稅機關，也是“柔遠人，通有無”的視窗。
詔令各海關衙門：
修建專用碼頭、貨棧、驗貨場，避免風雨損失，加快裝卸檢驗速度。
設立“夷館”（外商居住區），但需整潔安全，由官府管理，收取合理租金，並提供基本生活服務，禁止外商隨意出入城內。
明確辦事流程與時限：規定船隻抵港後查驗、徵稅、放行的最長時間，減少商船滯港成本。
設立“申訴箱”和“接訴官”，外商對海關處置不滿可按規定程式申訴，但必須服從最終裁定。
提供必要通譯、經紀、醫療服務（有償），減少外商因語言不通、人地生疏帶來的不便與糾紛。
改革推行之初，阻力巨大。
原有市舶司、地方衙門的既得利益集團（胥吏、包稅商、地方豪強）極力阻撓破壞，散佈謠言，甚至慫恿部分行商、洋商鬧事。
一些地方督撫也對中央直接派設海關、分割其財權人事權感到不滿，陽奉陰違。
沿海走私勢力更是瘋狂反撲，襲擊緝私船隻。
陳遠對此早有預料，他任命以鐵面無私、精通錢穀著稱的戶部右侍郎靳輔（歷史人物，以治河、清廉著稱，此處借用其名）為欽差大臣，總督海關事務，賜尚方劍，巡察各口岸。
靳輔到任後，雷厲風行，查處了一批貪墨舞弊的舊官吏和地方保護傘，當眾處決了數名走私首惡，並強力推行新制。
同時，朝廷透過《京報》大力宣傳海關改革的意義，揭露舊制弊端，爭取商民支援。
對新海關中表現優異、廉潔勤能的官員，破格提拔，重獎厚賞。
經過近一年的強力整頓與磨合，至啟明十年，新的海關制度在四大口岸初步站穩腳跟。
儘管仍有不盡如人意之處，但相比從前，關稅徵收明顯規範、透明、高效，稅額大幅度增長。
而更重要的，是它向中外商賈傳遞了一個清晰訊號：大陳朝廷有決心、有能力建立一套公平、穩定、可預期的貿易規則，這對於吸引長期、大規模的合法貿易，至關重要。
海關，這個帝國的財富閘門，在制度的約束下緩緩開啟，預示著白銀滾滾而來的時代，即將到來。
