當朝廷忙於在煙囪與機床間調和勞資、編織脆弱的社會安全網時，另一條關乎帝國根基——人口數量與質量——的戰線，也在寂靜中激烈進行。
千百年來，瘟疫，尤其是天花（時稱“痘瘡”或“虜瘡”），如同盤旋在華夏大地上空的死神之翼，週期性收割著無數生命，無論貴賤。
皇子皇孫亦不能免，順治帝疑因天花早逝，康熙帝因出過痘而被選立，便是明證。
對於志在“啟明盛世”、追求“人丁興旺”的陳遠朝廷而言，戰勝天花，不僅是仁慈，更是鞏固國本的要務。
幸運的是，一種有效的武器早已傳入，卻長期被束之高閣或侷限於宮廷——人痘接種術。
明末清初，人痘法（取天花患者痘痂研末吹入鼻中或種於皮膚）自西域或南方傳入，雖有風險（約2-3%死亡率），但遠比天花自然感染（死亡率可達30%）安全。
此法在江南民間及部分官宦之家已有流傳，但始終未成國家。
啟明 朝對天花的防治，始於繼承與系統化。
陳遠早年即令太醫院 整理研究人痘法，篩選“熟苗”（傳遞多次、毒性減弱的痘痂），制定相對安全的接種流程，在皇室、宗室、八旗及京營將士中強制推行，效果顯著，皇室及核心武力自此基本免於天花之虞。
然而，真正帶來革命性突破的，是牛痘 的引進與推廣。
啟明二十年前後，關於英國醫生琴納（Edward Jenner）發明牛痘法的訊息，透過廣州 的西洋商人、澳門 的葡萄牙醫生以及後來的耶穌會士 和留學歸國人員，傳入中國。
格致院醫學科（隸屬格致院）的學者敏銳地注意到其報道的“取牛痘漿種人，可終身免天花，且更為安全”的資訊，大為振奮。
啟明二十五年，在首席大學士徐光啟（亦通醫學）支援下，格致院透過英國東印度公司 駐廣州商館，重金聘請了一名曾為英僑接種牛痘的外科醫生，並設法獲得了牛痘疫苗（最初以“牛痘漿”形式，儲存在捐贈的活體牛或接種後的孩子手臂上接力傳播）。
疫苗經海路輾轉，儲存極為困難，首次嘗試幾近失敗。
但朝廷決心堅定。
啟明二十七年，在多次失敗後，終於在廣州成功地為數名幼童接種了牛痘，並經過觀察，確認其安全有效，且隨後接觸天花病人亦未感染。
訊息奏報北京，陳遠立即下詔：“牛痘之法，澤被生民，功莫大焉。
著即於廣州設立 ‘ 種痘局’， 由太醫院 與格致院選派幹員，會同西醫，悉心研究，廣為傳授。
並詔諭天下，勸民種痘。”
真正的醫療改革與全民防疫體系，由此拉開序幕：
1. 建立“官痘局”體系：以廣州種痘局 為總樞和培訓中心，逐步在各省省會、主要府城 設立“官痘局”。
由朝廷撥款，選拔本地醫生入廣州學習牛痘技術，合格後回本地主持痘局。
痘局提供免費 或象徵性收費 的牛痘接種服務。
這是中國歷史上首次建立國家主導的、覆蓋全國的免費公共衛生服務網路。
2. “痘師”培訓與認證：太醫院與格致院編纂《牛痘新法全書》，詳細規定取苗、接種、護理、辨症全過程。對透過培訓考核的醫生髮給“痘師憑照”，準其行術。
禁止未獲憑照者私自施種，以防庸醫害人或使用不安全的“人痘”冒充。
3. 疫苗供應鏈的艱難維持：牛痘疫苗需要活體傳承，最初靠“臂膀傳臂膀”——將痘漿從已接種成功的孩子手臂上，取漿接種給下一個孩子，如此接力。
朝廷下令，各痘局需常年保有數名“痘童”（多為官養孤兒或貧家子，給予優厚待遇），專門用於儲存和傳遞疫苗。
。督監府由，活區地遠偏在）生醫走行的漿痘全安有持（”販苗痘“間民勵鼓，時同
。高極本但，送運船快、窖冰過並，苗疫存儲 油甘用試嘗始開，深加流洲歐與著隨，來後
。”制強半“向轉”導勸“從步逐策政廷朝：合結導勸與制強政行 .4
。錄記痘種有需，者募招軍新加參、生的舉科加參；明證痘種或”疤痘“驗查需學生學堂學式新、學；種接須必弟子其及丁兵營綠、旗八：定規
。核考”化教“納被，效的痘種行推員方地
。念觀信迷等”毒胎“、”神痘“除破，利之痘種傳宣，式形等 示告話白、人書說、堂善、約鄉用利泛廣，時同
。冊造記登並，痘種局痘赴）兒生新其尤（孩齡適區轄促督責負長甲保，合結”甲保立建“、”口戶查編“與廣推痘種將：系”甲保“與”政新“納 .5
。查核期定方地
。力阻滿充程過廣推
。）品驗實或”引藥“為怕（任信不的府對有更，見迂的”傷毀可不，母父之髮“有，疑質的”倫不誕荒，疫人防疫畜以“有間民
。行推持堅，投的續持和心耐的大極以廷朝但
。範垂先率高、室皇
。減益日劇慘”殤痘“的畏生人令日昔。降下式崖斷率亡死與率病發花天，區地的痘牛種接：現顯漸逐移推間時著隨效
。花天滅痘牛，深革改療醫
。革改濟經治政多許了越超至甚義意其，一之就煌輝最的得取域領生衛共公在朝”明啟“是，立建的系種接民全的導主家國由與進引的痘牛
。題問生衛共公對應來念理代現的 主為防預、的織組有、的 學科種一以始開國帝著誌標更，懼恐的”災痘“對間民了解緩地大極，命生的計萬百數了救拯接直僅不它
。鑑借與流限有的學醫洋西與醫中統傳了推也，驗經了累積）霍治防離隔、疾瘧療治寧奎廣推試嘗如（治防的病染傳他其為，利勝場這
。炸口人的前空上史曆國帝場一發引，加疊素因等）廣推米玉、薯番（養營的善改、濟經的展發、局政的定穩對相與將即，力長增在潛的來帶而降驟率亡死花天因口人，是的要重更
。驗考新全的臨面們者治統的”代時遠陳後“為將，力列系一等育教、食糧、業就、地土的來帶口人的增激對應何如
