當移民的足跡踏遍河西走廊，漢人的村落如星點般散佈在天山北路，朝廷對新疆 的實際控制力與日俱增。
然而，其行政體制卻仍延續著清朝舊制與本地並存的混亂局面：伊犁將軍 統轄北疆軍務並節制全疆，參贊大臣、辦事大臣、領隊大臣 分駐各城，管理駐防八旗、綠營及部分民政；南疆（回部）則主要由伯克（當地頭人）制度管理，高度自治，僅受參贊大臣（駐喀什噶爾、葉爾羌等）監督；東部哈密、吐魯番等地則有回王 世襲。
這種軍府制與伯克制並存的多元管理，效率低下，政令不一，且易於滋生地方勢力尾大不掉，難以適應“啟明”朝加強中央集權、直接治理邊疆的戰略需求。
與此同時，在帝國西南的西藏，情況更為特殊。
自前明及清初以來，西藏實行政教合一體制，達賴喇嘛 與班禪額爾德尼 為宗教領袖，噶廈政府（由噶倫等僧俗貴族組成）處理世俗政務，清朝則透過駐藏大臣 進行監督和一定程度干預。
然而，駐藏大臣權力有限，且常受制於本地貴族和宗教勢力。
西藏內部農奴制 盛行，社會停滯，外部則面臨廓爾喀（尼泊爾）、英屬印度 的潛在威脅。朝廷在西藏的統治，更多是“羈縻”，而非直接管理。
面對新疆與西藏的不同情況，朝廷採取了“因俗而治，漸進改革”的總體方針，但具體路徑迥異。
對於新疆，最終目標是“改土歸流”，建立與內地一致的行省制度。
啟明四十五年前後，隨著北疆漢人移民社群日益穩固，南疆社會經濟因與內地貿易（絲綢、茶葉、瓷器）而更加密切，且沙俄在中亞擴張步伐加快，朝廷認為徹底解決新疆行政體制問題的時機趨於成熟。
在多次朝議和實地考察後，皇太子陳弘緒力主推動新疆建省。
新疆建行省的過程，可謂“步步為營，水到渠成”：
1. 輿論與人才準備：透過《京報》等渠道，宣傳新疆“土地廣袤，物產豐饒，實為西北藩籬”，強調直接治理對於鞏固國防、開發資源、惠及各族的重要性。
同時，提前數年開始在京師大學堂、西北大學堂 培養通曉蒙古語、維吾爾語、熟悉邊情的官吏，儲備人才。
2. 軍事威懾與政治分化：在伊犁、烏魯木齊 保持足夠軍事存在，震懾可能的地方反對勢力。
同時，拉攏分化回部伯克 和蒙古王公，對願意合作者，允諾在建省後保留其部分特權、授予虛銜爵位、其子弟可入京學習；對頑固者，則逐步削弱其權力，或以“貪腐”、“不法”等名目撤換。
3. 漸進式行政改革：首先，在漢人聚居、統治基礎較好的北疆（烏魯木齊、伊犁、塔爾巴哈臺等地），試行設立府、廳、州、縣，派流官治理，建立戶籍、徵收賦稅、審理詞訟，與內地制度接軌。
取得經驗後，逐步向南疆推廣。
在此過程中，逐步將原伊犁將軍 的民政權力剝離，使其專司邊防軍務。
4. 最終建省：啟明四十八年，朝廷正式下詔，裁撤伊犁將軍等處舊制，設立新疆省。
省會定於烏魯木齊（迪化）。
全省劃分為鎮迪道（北疆）、伊塔道（伊犁、塔城）、阿克蘇道、喀什噶爾道 等數道，下設府、廳、州、縣。
任命巡撫總攬全省軍政，下設布政使（管財政民政）、按察使（管司法）、提督學政（管教育）等。
伯克制被正式廢除，原伯克可經考核轉為流官佐貳或給予閒職。
回王制度保留，但僅限於哈密、吐魯番等極少數地區，且權力大為縮減。
駐防八旗、綠營改編為新疆陸軍，歸巡撫節制。
同時，在格致院協助下，開始全省土地清丈、人口普查、驛道整修、礦產勘探。
新疆建省，標誌著帝國對新疆的統治進入了直接、有效、與內地一體化的新階段，極大地加強了中央對西域的控制，有力遏制了沙俄和英屬印度的滲透野心，也為進一步開發新疆資源、鞏固西北邊防奠定了堅實的制度基礎。
。”革變進漸，督監化強“為實，”流歸土改“的統傳重注、緩和為更了取採則，藏西於對
。革改會社推步逐，制控和督監的央中強加，上礎基的制有現用利和認承在擇選是而，”化省行“行推然貿有沒廷朝，大強的量力教宗和殊特的一合教政藏西於鑑
：”制奴農制限，廈噶革改，權職臣大藏駐化強“是，心核的”流歸土改“藏西
。務事要重藏西理同共，等平位地尼德爾額禪班、嘛喇賴達與臣大藏駐定規：力權與位地臣大藏駐高提 .1
。力權等）件案大重核複（法司、）歸收分部權揮指軍藏（事軍、）往等克魯布、喀爾廓與（外、）倫噶如（命任事人要重廈噶 准核終最有擁臣大藏駐
。通暢令政保確，房報電和隊衛型小備配並，制編大擴，屬設增門衙臣大藏駐
。務政報彙臣大藏駐向期定需其定規，權可許其確明，組改行進廈噶對，下持主臣大藏駐在：府政廈噶革改 .2
。力勢族貴統傳衡平以，廈噶進 員俗僧的廷朝於忠、務事藏漢通量引試嘗
。核稽臣大藏駐報需算預政財廈噶求要
。步一的難艱最也敏最是這：制奴農革改與制限 .3
。係關濟經有舊擊衝，素因濟經的新來帶，易貿藏人商地勵鼓；”民由自“為，主領原離，後件條定一足滿在奴農許允；限上的賦貢、役勞奴農定規；奴農殘傷、害殺意任主奴農止，令法佈頒臣大藏駐過但，制奴農除廢佈宣有沒廷朝
。心人層底取爭，民藏苦貧濟救接直，助捐地和廷朝由，”所診施“、”倉義“立設地等薩拉在，時同
。通善改，道 藏青、藏川築修：滲化文與濟經 .4
。易貿範規，司馬茶辦立設 薩拉、）定康（爐箭打在，易貿藏漢勵鼓
。員的文語藏曉通養培，”館文藏“立設地等都、京北在
。流化文教宗強加，學講地到僧高藏西請邀也，經學寺大三藏西到人僧地許允
。歸土改藏西，省行建疆新
。略策理治疆邊的化異差了取採，況狀會社、教宗、族民、史歷的同不藏西與疆新據廷朝
。主為制舊革改進漸、力權臣大藏駐化強以則，藏西在；治統接直現實省行立建以，疆新在
。件條造創展發遠長其為併，家國族民多一統固鞏，制控的疆邊對央中強加：致一標目者兩
。活靈的”治而俗因“了現則，式模進漸的藏西而；本樣的”革改進激“了供提題問疆邊他其理為，功的省建疆新
。系理治的疆邊部西與部北個整蓋覆、的整完套一形，係關公王部諸的古蒙——域區袤廣個一另的關相切理治藏西與好理並，化威權、化度制 臣大藏駐——角鍵關的中”式模藏西“將要需廷朝，來下接
