隨著新疆行省體制的確立與西藏“改土歸流”的推進，帝國的邊疆治理進入了精細化、制度化操作的新階段。
對於西藏，強化後的駐藏大臣 成為中央意志在雪域高原的核心體現與執行樞紐；而對於地域更為遼闊、部族關係複雜的蒙古地區，則需在承認其傳統社會結構的基礎上，構建一套既能維護朝廷權威、又能穩定地方、並可逐步滲透影響的治理框架，其核心便是完善並活用蒙古王公制度。
首先，是駐藏大臣制度的權威化與系統化。
啟明四十九年，朝廷在總結前期經驗基礎上，頒佈《欽定藏內善後章程二十九條》（仿歷史《欽定藏內善後章程》而更詳備），以法律形式確立了駐藏大臣的至高地位與權責：
1. 地位與任命：明確規定駐藏大臣“辦理西藏事務，地位與達賴喇嘛、班禪額爾德尼平等”，共同處理藏務。
駐藏大臣由皇帝特簡，通常從理藩院 資深大臣、熟悉邊情的軍機章京或蒙古王公 中遴選，均為二品以上大員，賦予“欽差”頭銜。
任期三年，可連任，但需定期向皇帝和軍機處詳細奏報。
2. 職權明細：
人事權：噶倫、代本（藏軍軍官）等重要僧俗官員的任命，需由達賴喇嘛或噶廈提名，最終由駐藏大臣會同達賴喇嘛共同選定，奏報朝廷批准。
駐藏大臣有權考核、彈劾、罷黜 不稱職的噶廈官員。
外交權：西藏一切對外交涉，必須經由駐藏大臣辦理。
禁止噶廈或地方頭人私自與廓爾喀、布魯克巴（不丹）、哲孟雄（錫金）及英屬印度 等往來。
駐藏大臣衙門設立“夷情章京”，專司外交。
軍事權：駐藏大臣直轄一支約兩千人 的駐藏綠營兵，駐防拉薩、日喀則等要地。
藏軍的規模、裝備、調動，需報駐藏大臣核准。駐藏大臣有權巡視各地防務。
司法權：涉及漢人、蒙古人 的案件及藏族內部的重大命盜案件，由駐藏大臣主持或派員會同噶廈審理。
駐藏大臣擁有終審權 和死刑複核權。
財政監督權：噶廈的財政收入（地租、貿易稅、罰沒等）與支出，需造冊報駐藏大臣稽核備案。
朝廷賞賜達賴、班禪及各大寺的財物，也由駐藏大臣監督發放。
宗教事務監督權：達賴、班禪及各大呼圖克圖的轉世靈童認定，需按“金瓶掣籤”制度進行，由駐藏大臣親臨監督，並報朝廷批准。防止上層貴族操縱轉世。
3. 保障措施：駐藏大臣衙門配備通譯、文牘、衛隊，並設驛站、電報房，確保與北京聯絡暢通。
朝廷撥付專款，用於駐藏大臣衙門的開支及賞賜、賑濟之用。
透過《二十九條》，駐藏大臣從以往的“監軍”或“協調者”，真正轉變為代表朝廷、總攬西藏軍政外交的最高長官，達賴喇嘛的世俗權力受到相當制約，中央政府對西藏的統治得到了空前強化。
其次，是蒙古王公制度的完善與運用。
對於廣袤的漠南（內蒙古）、漠北（外蒙古喀爾喀各部）、漠西（青海蒙古、新疆蒙古）的蒙古各部，朝廷採取了與西藏不同的策略。
鑑於蒙古地區地域過於遼闊，完全實行流官統治不現實，且蒙古部落傳統強大，朝廷選擇在保持其札薩克旗制度（世襲旗主）和盟旗 組織的基礎上，透過一系列制度安排，將其牢牢納入帝國統治體系，此即“蒙古王公制”的精髓。
1. 爵位封授與朝覲制度：朝廷對歸順的蒙古王公（汗、親王、郡王、貝勒、貝子、公等）重新釐定爵位，世襲罔替，但需朝廷正式冊封（頒發誥命、印信）。
規定各王公需定期赴北京朝覲皇帝，或赴熱河行圍，以示臣服，並接受賞賜。
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