楊再興沒有立即攻城。他陳兵城外，舉行盛大的閱兵。
背嵬軍鎧甲鮮明，步伍嚴整；遊奕軍鐵騎如林，氣勢如虹；更令人膽寒的，是那一門門昂首向天的火炮，在陽光下泛著冷冽的金屬光澤。
尤其是那些曾讓蒙古鐵騎聞風喪膽的“飛雷”、“霹靂”，被特意展示在前列。
閱兵之後，楊再興派使者入城，下達最後通牒： “大宋天子，撫有四海，今遣天兵，恢復漢唐舊疆，弔民伐罪。撒馬爾罕，本漢之屬，唐之康居都督府所在。爾等若能順天應人，開城迎降，保境安民，則官祿依舊，生靈免遭塗炭。若執迷不悟，欲以彈丸之地，抗天朝雷霆之師，則城破之日，玉石俱焚，悔之晚矣！”
威壓之下，城內的抵抗意志徹底崩潰。 經過一夜的激烈爭論，以撒馬爾罕大伊瑪目（宗教領袖）和幾位最有聲望的大商人、貴族為首的代表團，於次日清晨，手捧戶籍冊、城門鑰匙和降表，出城十里，跪迎楊再興大軍。
光啟十四年七月中旬，宋軍北路軍兵不血刃，進入撒馬爾罕。
這座歷史悠久的古城，在經歷了西遼末期和混亂的過渡後，再次迎來了東方大國的軍隊。
楊再興入城後，立即下令張貼安民告示，嚴明軍紀，派兵維持秩序，並接管府庫、城防。
訊息傳回別失八里和汴京，朝野振奮。
撒馬爾罕的歸附，不僅意味著宋軍徹底控制了費爾幹納盆地及錫爾河以東的富庶之地，更標誌著自安史之亂後，中原王朝的軍事和政治影響力，在時隔數百年後，重新回到了中亞的核心區域。
汴京，紫宸殿。 接到捷報的趙構大喜。朝議之後，一道詔書以六百里加急發往西域：
“西征將士，克建殊勳，恢復舊疆，功莫大焉。著即於撒馬爾罕故地，復置康居都督府，隸安西大都護府。以楊再興暫領康居都督，總攬軍政，撫綏諸部。韓常等有功將士，各有封賞。命安西大都護岳雲，統籌規劃，穩固地方，通商惠工，廣佈王化，使我大宋聲教，覆被蔥嶺以西”
“康居都督府”的恢復，不僅僅是一個名稱的復古。
它標誌著大宋正式將這片土地納入行政管轄體系。
楊再興迅速著手組建都督府架構，任命隨軍文官處理民政，統計戶口，清理田畝，安撫本地貴族和宗教人士，恢復秩序。同時，他以撒馬爾罕為核心，重新部署兵力：
撒馬爾罕駐重兵，成為西征軍新的西線指揮中心和前進基地。
怛羅斯、白水城、塔什干等要地，分設鎮戍，駐軍把守，控制交通線。
繼續派兵清剿錫爾河以東、天山以西的零星反抗勢力，招撫游牧部落。
與西邊的花剌子模帝國保持警戒接觸，並派出使者，遠赴波斯、大食、乃至更西的拂菻等地，宣示大宋的存在，試探通商往來。
軍事上的勝利，迅速轉化為政治和經濟上的收益。
絲綢之路中段基本打通，來自中原的絲綢、瓷器、茶葉，與當地的馬匹、玉石、毛皮、瓜果等貿易迅速恢復並繁榮起來。
撒馬爾罕的市集，在宋軍維護的秩序下，比以往更加熱鬧。許多被戰亂阻斷的商隊，開始重新走上這條連線東西方的黃金商路。
而在北方，被迫退回七河地區的鐵木真，聽聞撒馬爾罕易主、康居都督府復立的訊息後，沉默良久。
他失去了富庶的費爾干納，失去了對絲綢之路部分節點的控制，更重要的是，他親眼目睹並切身感受到了宋軍那令人恐懼的、仍在不斷進化的戰爭能力。
他知道，正面挑戰的時代或許暫時結束了，但草原的狼從未真正屈服。
“派人去南方，去印度，去更西邊，尋找能工巧匠，尤其是懂得火器、冶鐵、築城的匠人。”
鐵木真對最信任的弟弟合撒兒和最得力的將領木華黎低聲吩咐，眼中跳動著不屈的火焰，“宋人有他們的飛雷、霹靂，我們蒙古人，也要有自己的雷霆！告訴各部，收緊爪牙，舔舐傷口，但眼睛要睜大，耳朵要豎起。長生天不會永遠眷顧南方人。等待，然後一擊必殺！”
佔領撒馬爾罕，恢復康居都督府，是宋軍西征的一個里程碑。
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