但是斬首記功也有其缺陷。
首先，首功非常地不公平。
軍隊參加的戰爭、戰鬥不是地痞無賴的群架鬥毆。
是非常強調組織性和相互配合、協作的團體互搏。
敵人明明是全隊士兵通力配合，一起流血流汗消滅的。
為什麼論功勞的時候就成了有首級的人獨享呢？
這種記功方式很容易就會讓將士們將注意力從打仗轉移到獲取首級上。
所謂“仗打得好不如首級搶得好”。
於是戰場上各種故意不出力，一旦出現人仰馬翻立馬一擁而上搶人頭，甚至不惜自相殘殺。
更嚴重的是這會導致己方陣型混亂、隊伍失去組織性。
而軍隊一旦陣型混亂，基本就只有潰敗這一個結局了。
蒙古人、倭寇就常常利用明軍的這個弱點，用死屍或幾個落單士兵誘使明軍主動亂陣後，反殺大敗明軍。
其次，首功會誘發一種極端的惡行“殺良冒功”。
因為首功只看重結果（有沒有首級），並不怎麼關心過程（朝廷也沒能力去監督過程）。
首級怎麼來的、從哪裡來的難以被監管。
那麼一個很現實的問題就擺在了明軍將士們面前，敵軍和平民誰的腦袋更容易取？
答案是非常殘酷的。
明朝九邊一帶的乞丐、流民相對於內地要少很多，不是九邊富庶。
而是他們中的很多都莫名其妙地成了軍功人頭。
當時很多被蒙古人擄到塞外的漢人，就算是蒙古人不看管，他們也大多不敢跑回去。
因為到邊關的時候他們很有可能被駐守的明軍變成軍功人頭。
嘉靖年間，俺答汗數次派出使者前往明朝申請稱臣開貢。
大同巡撫龍大有卻將蒙古使者騙入城中殺掉並將他們的首級送到京師為自己請功。
蒙古人除了認為明朝想往死裡打，還能怎麼理解明朝方面的行為？
可以說“俺答封貢”被人為地拖延了二十多年。
明朝九邊地區還有兩種殺良冒功的方法。
一種是以開放互市為由，把蒙古牧民忽悠過來殺了報功。
一種是主動去偷襲弱小本分的蒙古小部落（大的打不贏）然後報軍功。
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