崇禎當即傳旨兵部：“魏忠賢擅竊國柄，草菅人命，本當凌遲處死，姑從輕發往鳳陽。今其攜亡命之徒隨行，勢若叛逆，著錦衣衛差官扭解，沿途撫按派兵護送，所有從犯，一律擒拿！”
錦衣衛千戶吳國安領旨後，星夜追趕，在阜城縣新店追上了魏忠賢的隊伍。
魏忠賢從心腹李永貞口中得知崇禎的旨意，知道自己難逃一死。
便在夜裡宿於尤克簡家時，與李朝欽一同自縊。
次日清晨，劉應選發現魏忠賢的屍體，怕被追責。
竟捲走了他隨身攜帶的金寶，謊稱“魏忠賢逃脫，我去追趕”，一路南逃。
鄭康升則嚇得魂不附體，忙報知阜城縣令，將魏忠賢的財物入庫，隨從關押。
訊息傳到京城，崇禎站在文華殿上，望著窗外的雪景。
緩緩道：“天下脂膏，被此奴刻剝殆盡，今雖死，亦難贖其罪。”
他命人將魏忠賢的屍體磔於河間，曝屍三日。
魏忠賢一死，崇禎便開始清算閹黨餘孽。
十二月，崇禎去贓罰庫檢視魏忠賢的家產，見金銀珠寶堆積如山。
不禁嘆道：“這都是天下百姓的血汗啊！”
忽然，他瞥見一塊金字賀屏，上面的字跡竟出自次相張瑞圖之手，內容全是吹捧魏忠賢的諛詞。
崇禎大怒，當即下旨，將張瑞圖削職回籍。
與此同時，崔呈秀在蘇州家中得知朝廷要將他押赴京城會審。
他知道自己難逃一死，便與寵妾蕭靈犀痛飲一場，隨後自縊。
蕭靈犀見他死去，也拔劍自刎。
崇禎得知後，仍命人將崔呈秀的屍體斬首示眾，籍沒其家產，其弟浙江總兵崔凝秀、子崔鐸也被處死。
大理寺卿姚士慎上疏彈劾錦衣衛指揮使田爾耕、鎮撫司使許顯純，稱二人“為魏忠賢爪牙，草菅人命，所殺忠臣不下百人”。
崇禎准奏，將二人押赴西市處決，百姓圍觀時，紛紛投擲瓦石，罵聲不絕。
李永貞被斬首，劉若愚則被打入大牢，終身監禁。
客氏的下場更慘。
崇禎命太監王文政嚴訊客氏，查出她出入掖庭時，竟帶了八名懷孕的宮女，欲效仿呂不韋“移花接木”之計，讓自己的人誕下皇子，掌控朝政。
崇禎怒不可遏，下令將客氏押赴浣衣局，活活掠死，其子侯國興也被斬首。
清除閹黨的過程中，崇禎還發現了魏忠賢蠱惑君主的手段。
他在宮中藏了“迷魂香”，一觸之，便會心神盪漾；甚至在殿角藏小閹人，燃香惑主，讓君主耽於聲色。
崇禎當即下令銷燬所有香方，處死藏香的小閹人，還告誡近侍：“皇考、皇兄皆為此誤，朕豈會重蹈覆轍？”
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