明廷批准其請求，撥付戶部銀二千兩及帑銀二十萬兩作為募兵經費。
可惜後來因廣西巡撫何士晉稱徵調困難，未能足額調兵，僅酌量撥發泗城、南丹等處將士。
且袁玉佩留用平樂、林翔鳳留用山海關，均未能出關效力，此次募兵計劃未能完全實現。
袁崇煥赴任後，最初駐守山海關。
當時後金攻陷廣寧、義州等地後已東歸，遼西一帶被蒙古哈剌慎（喀喇沁）等部落佔據。
天啟二年六月，遼東經略王在晉命他移駐中前所。
彼時廣寧前屯衛有大量流離失所的遼民亟待安置，王在晉又命袁崇煥前往處置。
他“夜行荊棘虎豹中，以四鼓入城”，其過人膽略令將士們深感佩服。
此後，袁崇煥計劃領兵七千駐守前屯衛，卻被王在晉視為輕率魯莽之舉而拒絕。
但王在晉仍十分器重他，稱讚其“膽魄稱雄，志力並矯，且其澡滌之襟期、光明之心事，迥迥逸群”，還感嘆“今如崇煥者有幾？”，並題補他為寧前兵備僉事。
在此期間，袁崇煥與王在晉圍繞兩大關鍵問題產生激烈爭辯：
一是十三山難民救援問題，二是遼東防禦戰略問題。
王在晉主張“重關戰略”，即將山海關作為核心防禦支點，在山海關外八里鋪另修邊牆與關隘以加強防禦；
袁崇煥則堅決反對這一戰略，主張以關外的寧遠為防禦支點，同時力請救援十三山難民。
為抵制“重關戰略”，袁崇煥於六月向內閣首輔葉向高上書反映情況，葉向高本打算親自前往山海關檢視，後閣臣孫承宗主動請求前往，遂由孫承宗巡視山海關。
孫承宗在十三山難民救援與遼東防禦支點選擇上均傾向袁崇煥的主張。
八月回朝後向明熹宗誇讚袁崇煥“英發貼實，綽有擔當，自願為大將”，並計劃對其加以歷練栽培。
明熹宗隨即召還王在晉，委任孫承宗為督師主持遼事；
與此同時，山石兵備道閻鳴泰升任遼東巡撫，袁崇煥接任山石兵備道，兼管寧前兵備道事務。
天啟二年九月，孫承宗抵達山海關任職，安排袁崇煥負責修建營房與安插遼民於關外諸城堡等事務。
袁崇煥任上“內拊軍民，外飭邊備，勞績大著”，但也暴露了用法專斷的問題。
同年冬，遼東巡撫閻鳴泰令他檢閱新兵、核實虛伍情況。
袁崇煥在守備莫大功營中斬殺兩名私僱頂替者，事後卻未向上報告。
孫承宗得知後嚴厲質問，指出其“未殺不以請，既殺不以聞，其有無激變帖服不以告”，袁崇煥最終只能頓首謝罪。
天啟三年二月二十七日，孫承宗率領文武官員出巡關外，十九日抵達寧遠。
孫承宗雖認可寧遠的戰略重要性，卻未明確表態將其作為防禦支點；
接替閻鳴泰出任遼東巡撫的張鳳翼主張守山海關，山海關總兵馬世龍則主張守中後所。
恰逢茅元儀被孫承宗召至覺華島負責防守，袁崇煥希望茅元儀能勸說孫承宗確定寧遠為防禦支點。
