但他在奏請前未事先與剛上任的王之臣商議。
王之臣本就反對這一安排，二人由此產生不和，袁崇煥甚至一度請求辭職。
後來在明廷的調解下，袁崇煥上疏自責，同意讓滿桂鎮守山海關，趙率教移鎮寧遠，此事才暫時平息。
但二人之間的分歧並未徹底消除。
此後，袁崇煥與王之臣在遼東治理與軍事策略上的分歧愈發明顯。
例如，袁崇煥主張貫徹“以遼人守遼土，以遼土養遼人”的構想，計劃在關外大力推行軍屯，卻遭到王之臣的反對，明廷也未批准這一方案。
此外，努爾哈赤死後，袁崇煥欲在後金汗位更迭之際“趁機進剿”。
先利用自己便宜行事的權力，派遣李喇嘛前往瀋陽，以弔祭努爾哈赤為名窺探後金虛實。
後金新汗皇太極趁機提出議和請求，袁崇煥有意答應，打算“因而間之”（趁機離間後金內部關係）。
王之臣卻堅決反對派遣弔祭使者與後金議和，認為此舉會令明朝的藩屬蒙古與朝鮮心寒。
當時當權的大太監魏忠賢支援袁崇煥的主張，於是明朝與後金從十二月起開始議和交涉。
在此期間，袁崇煥先主持修建松山、杏山二城，後又修建錦州、大淩河、小淩河三城。
為獲得更多支援，袁崇煥的立場逐漸向“閹黨”傾斜，自十月下旬起，他幾乎每次上疏都會稱頌魏忠賢一番，甚至表示“臣今春寧遠之戰，則廠臣（魏忠賢）之所謀也”。
天啟七年（1627年）二月，王之臣因與袁崇煥分歧過大，稱病請求辭職，明廷批准其請求，並空缺督師之位，由遼東巡撫袁崇煥一人主持遼東事務。
袁崇煥上疏推辭，並提出“守為正著、戰為奇著、款為旁著”的戰略方針，明廷未同意其辭職請求，仍命他主持遼事。
就在此時，後金入侵朝鮮（即“丁卯之役”）的訊息傳來。
事實上，袁崇煥此前已從明朝潛伏在後金的內應劉興祚那裡得知這一訊息，但並無證據表明他按照劉興祚的建議提醒朝鮮做好防備。
等到後金入侵朝鮮的訊息正式傳開後，袁崇煥命令水營都司徐勇曾、張斌良、汪翥各率領二十艘戰船、五百名兵士作為先鋒，東援朝鮮，然而朝鮮方面在三月初便與後金達成和議，明軍援兵未及發揮作用。
三月十一日，天啟帝聽從兵部尚書馮嘉會的建議，命袁崇煥趁後金“遠掠巢虛之時，挑選關寧精銳，擇智勇之將，輕騎入搗，大兵陳河，相機續濟，以牽奴後而紓屬國之急”。
袁崇煥隨即派遣總兵趙率教及副總兵左輔、朱梅等率領九千人精銳前往三岔河一帶執行“搗剿”任務，隨後又派參將徐璉率領一千名水兵東援朝鮮。
但這些行動僅為虛張聲勢，並未對後金形成有效牽制。
四月，袁崇煥上疏為自己辯解，稱後金“十萬掠鮮、十萬居守”，並非兵力空虛。
直接“搗剿”風險過大，只能在確保山海關與寧遠安全的前提下，讓趙率教等人伺機行動，這一說法未能消除朝廷內外的質疑。
與此同時，明朝與後金的議和交涉徹底破裂。
皇太極指責袁崇煥“詐稱和好，乘間葺城”。
認為明朝借議和之名暗中修建錦州等城，實為備戰，遂於五月親率大軍進攻新築的錦州等城。
袁崇煥迅速調整部署，命趙率教及左輔、朱梅移駐錦州，加強防守。
