五月十二日，後金軍首次攻城，趙率教等人率領守軍頑強抵抗，成功擊退後金攻勢。
此後，皇太極改變策略，對錦州採取圍而不攻之策，試圖耗盡城內糧草。
袁崇煥見狀，抽調寧遠兵力，派滿桂、尤世祿等將領率軍兩次救援錦州，卻均被後金軍阻攔，未能抵達錦州城下。
五月二十七日，皇太極在留兵繼續包圍錦州後，親率數萬大軍轉而進攻寧遠。
面對後金的突襲，袁崇煥與滿桂在守城方略上爆發激烈衝突：
袁崇煥主張沿用寧遠之戰“堅壁清野、憑城固守”的打法，依託城池與紅夷大炮的優勢消耗敵軍；
滿桂則認為應主動出城迎戰，挫敵銳氣，二人爭論愈發激烈，滿桂甚至在爭執中折斷袁崇煥的令箭。
最終，雙方各退一步，袁崇煥坐鎮寧遠城中統籌排程，滿桂、尤世祿、祖大壽等將領率領精銳出城，在城外列陣迎敵，紅夷大炮則從城上提供火力支援。
二十八、二十九兩日，後金軍多次發動猛攻，明軍將士奮勇殺敵，加上大炮的威力，後金軍傷亡慘重，始終無法突破明軍防線。
皇太極見寧遠久攻不下，又擔心錦州守軍出城夾擊，只得率軍撤回，轉而再次圍攻錦州。
六月初，趙率教率領錦州守軍抓住時機反擊，後金軍久攻錦州、寧遠皆失利，士氣低落，皇太極無奈之下，只得下令撤軍。
撤軍前還拆毀了尚未完工的大淩河、小淩河兩城，此次戰役即“寧錦之戰”。
寧錦之戰結束後，袁崇煥於六月二十二日以身體抱恙為由上疏請求辭職。
與此前拒絕其辭職不同，天啟帝此次並未挽留，於七月初一日下旨准許他“回籍調理”。
隨後任命王之臣復任督師，主持遼東事務。
袁崇煥此次辭職獲准，實則與戰後的爭議密切相關：
此前他與後金議和、後金攻朝鮮時未能有效“搗剿”牽制，以及寧錦之戰中援錦行動失利等事，已引發言官多次彈劾；
加上天啟帝對他的不滿逐漸累積，尤其對議和一事耿耿於懷，認為其“好誇海口”。
前期與後金議和，後期在後金攻朝鮮時未能“搗剿”以及援錦失利，成為他辭職獲准的真正原因。
在戰後敘功時，天啟帝下旨規定前線文武官員均加銜二級、恩蔭後代。
唯獨對袁崇煥僅給予“加銜一級，賞銀三十兩、大紅紵絲二表裡”的微薄賞賜，這一差別對待足以體現天啟帝對他的態度。
當時“閹黨”官員霍維華認為賞賜過於不公，上疏為袁崇煥鳴不平，請求將朝廷加給自己的一級官銜移給袁崇煥，卻遭到天啟帝嚴厲斥責。
天啟帝明確表示，袁崇煥“暮氣難鼓”，在遼東任上雖有寧遠之功，但後續舉措失當，議和誤國，未加處分已屬寬容。
霍維華此舉是“好生不諳事體”，堅決駁回其請求。
至此，袁崇煥的第一次遼東任職生涯暫告一段落，帶著天啟帝“好誇海口，暮氣難鼓”的評價，返回故鄉。
一語成讖，幾年後袁崇煥最終還是死於自己的“好誇海口，暮氣難鼓”之上。
